高斯以及GV的基本操作

高斯和高斯view的基本操作Gaussview的使用必须要进行高斯的安装,高斯的安装直接点击安装程序中的SETUP.EXE，按照操作进行，安装过程中按照要求输入PIN.txt文件中的pin码，然后安装GV，操作不走和高斯雷同。1、前期的准备：结构优化1、在Chemdraw里面画好分子，然后copy到Chem3D运用mm2进行初步的优化。将静态位阻能相对较低的构型保存为pdb或者mol格式(mol更好)；2、Gaussview打开mol文件，保存gjf文件；3、用Editplus软件打开gjf，进行修改并写入结构优化命令其中注意：1、mol文件保存路径（英文）；2、从单晶gif文件里面copy的结构，注意：双键和氢的数目，检查键角的合理性，并手动完善后，然后保存为gjf的格式。如左上图所示。3、Gaussview打开mol文件，保存gjf文件时，将writecartesians的(√)去掉。如左下图所示Editplus修改命令行如图所示，1、第一行为chk行，也就是计算中对于分子轨道猜测的文件。书写为：%chk=文件名.chk；2、第二行为并行核的设置，8核写8。，4核写4:%nproc=4;3、第三行为内存的设置：一帮情况下结构优化内存设置大约为50MW到200MW，体系大可以适当增加内存：%mem=400MW；结构优化：内存不大光学性质：内存稍微大点Editplus修改命令行4、第四行为命令行，b97d指的是方法，tzvp指的是基组opt指的是任务关键字，例如opt表示这个任务为结构优化#b97d/tzvpopt；其中：方法选择：具有弱相互作用选：b97d,D3，M06-2X一般情况下，没有金属选：b3lyp基组选择：（用数学的方式描述分子轨道）具有弱相互作用选：tzvp不具有弱相互作用选：6-31g（d）或6-31g*5、第五行和第七行空置6、文件名5、第八行0表示分子带的电荷，1表示自旋多重度自旋多重度：2s+1原则中性分子（0，1）、阴离子自由基（-2,5）、三线态（3）Editplus修改命令行注意事项新建立的gjf文件在最后一般都会有一段参数描述，如果保存为Z矩阵模式则需去掉后面的参数，如上图为去掉参数后的形式；下图为笛卡尔坐标且未去掉参数的形式，分子结构输入完成后要有1-2个空行过渡金属配合物的优化%chk=文件名.chk；%nproc=8;%mem=1000MW（不要超过2000mw—机器最高线）#poptb3lyp/gen（自定义基组）pseudo=read5d。。（坐标）空格一行CHON0(零)6-31g*（所有CHON都为这个基组计算）****M0（M—金属的元素符号，0-零）lanl2dz（所有的M用lanl2dz计算）****空格M0lanl2dz空格2、前期的准备：自己的电脑与工作站的连接计算机账户与密码10.20.156.1988核艮泰：rootMSOSIAMiam(常用软件以及计算账户)MSOSMSOSgentaigentaijiewei未知10.20.156.1994核京峰：rootgmsosGMSOSgmsosxie(常用软件以及计算账户)Jf未知taiqwerty常用连接软件XSHELL,XFTP连接上之后，如果想看工作站正在工作的情况，在命令行中输入：top后回车在PIDUSER中看cpu的使用情况3、开始计算：文件传输通过Xftp软件将，写好的gjf文件传输到工作的计算机上，如上图。然后在工作计算机上建立在sh文件，可以拖到自己电脑上，通过Editplus软件打开修改，格式为：nohup文件名.gjf文件名.log&。然后打开上面菜单栏，红色的Xshell，进入命令输入模式，任务结束的两个判定标准Normal！！！！结构优化的任务中前两个yes，后两个最好有2个yes4、结构优化可以得到的内容1：前线分子轨道；2：分子能量；3：电荷与静电势分布1）、建立f.chk文件2）、在Gaussview中打开fchk文件计算前线分子轨道3）、a：在Gaussview中打开f.chk文件看分子能量3）、b：在EditPlus中打开log文件看分子能量搜索文本中最后一个能量参数:SCF对应的E即为分子能量，单位：Hartree1Hartree=27.2114ev=2625.49962kJ/mol=627.509 469kcal/mol4）、在Gaussview中打开f.chk文件看电荷5、利用结构优化做其他计算1：将log文件用GV打开保存为gjf文件2：用Editplus软件打开修改命令行3：td指进行紫外吸收的计算，tdopt指进行激发态优化6、紫外吸收光谱的计算一、原理：计算激发吸收，即为紫外吸收光谱二、gjf文件的书写在优化结构的gjf文件基础上修改%chk=文件名#optgeom=connectivityb97dtzvp改为#td（root=1，nstart=15）geom=connectivityb97dtzvp其中重金属：nstart=50计算完的log文件绘图三、绘图1、用GaussSun.exe软件打开文件名.log文件，选：Electroictransions,UV-visable,然后点击右边的图标，同时会在log文件所在的文件夹，生成GaussSun2.2的文件夹，记载这个谱图的数据。2、将数据导入orgin8.0中，归一化将计算激发态的log文件在Gausssun.exe中打开同时生成一对应文件夹gausssum2.2中有相关的紫外谱图数据Energy—能量Wavelength—波长Osc.strength—振子强度：在给定的谱线内，和一个原子的吸收作用相等效的谐振子的数目表征原子的吸收或发射的重要物理参数。经典电动力学把辐射或吸收的基本单元看作是谐振子。电磁波的发射或吸收是由谐振子作简谐运动引起的。由此可以计算出一个振子的吸收系数。在确定的谱线内通常把一个原子的吸收作用用等效的振子数表达，这个数就叫作振子强度,常用f来表示。fik表示从分立能级i跃迁到k的振子强度。已知振子强度，就可求出原子吸收系数。另一文件:UVSpectrum.txt拖入origin软件，作图，归一化。如果直接不行，就先将数据拷贝到EXECL中，在origin软件。7、荧光发射光谱的计算一、原理：将激发态优化后，在到激发态，即为荧光发射光谱二、gjf文件的书写1、优化激发态在激发态的gjf文件基础上修改#td（root=1，nstart=15）geom=connectivityb97dtzvp改为#空格opttd（root=1，nstart=3）geom=connectivityb97dtzvp2、从优化的激发态跃迁到激发态#空格opttd（root=1，nstart=3）geom=connectivityb97dtzvp改为#td（root=1，nstart=15）geom=connectivityb97dtzvp三、绘图1、用GaussSun.exe软件打开文件名.log文件，选：Electroictransions,UV-visable,然后点击右边的图标，同时会在log文件所在的文件夹，生成GaussSun2.2的文件夹，记载这个谱图的数据。2、将数据导入orgin8.0中，归一化8、势能面扫描一、原理固定分子中的某个参数：如二面角、键角、键长，沿着旋转的过程中能量的变化，找出最稳结构二、计算过程1、修改坐标打开GaussView，点击出现对话框，点击ADD，之后选择旋转的条件:如图：选择bond选择相应的键长选择scancoordinate，多少step，多少步长。2、点击Submit3、results---scan出现图Savedate4、或者将数据导出用orgin8.0作图拟合：Analysis-fitting-polynomialfit-opendial出现对话框polyorder2（一般）或者4拟合，找出对应的数学公式常用的一些口令Xshell中grep“Normal”*.out(看计算的文件是不是正确的)ls*.fchk(查看所有扩展名为fchk的文件)mv*./section1/serial3(将section1的数据移到serial3中)mv*.文件扩展名/serial3(将文件扩展名的数据移到serial3中)Ctrl+Z（中断当前指令）kill+PID号（结束当前命令）