CTan使用说明

CTAn使用手册(版本1.10)目录1.引言22.程序的首次启动23.设置参数34.打开文件44.1.切面图像窗口84.2.数据集栏124.3.投影栏135.图像查看模式：摘要165.1.调色板栏166.原始图像查看模式176.1.轮廓栏186.2.最大强度投影(MIP)206.3.量角器工具216.4.手动测量工具227.兴趣区域查看模式257.1.“保存兴趣区域为数据集”功能307.2.ThereferencelevelROItool318.二元图像查看模式338.1.柱状图栏339.形态测量计算查看模式409.1.分析栏4010.自定义处理查看模式5010.1.插件程序栏5110.2.批处理模式5411.印制报告57附录：60附录A：用户自定义插件说明61附录B：CTAn的命令行格式79附录C：CTAn手册中用到的专业词汇表801.引言CT-分析者(CTAn)利用SkyScanMicro-CT扫描所得的数据图像集，分析得到定量参数和构建视觉模型。SkyScanCT-Analyser用户手册v.1.1020102.程序的首次启动CTAn程序不需要安装，是一个绿色软件，在任何目录或者网络硬盘上直接启动“CTAn.exe”即可运行，首次运行需要拥有管理员的权限输入license，以后运行没有此限制，根据输入的license，程序分为以下几种工作模式：•示范模式：缺少一些功能；•30天限制(当前版本全部功能30天使用限制)；•无限制；要获得一个有限或者全功能的license需向SkyScan注册此程序，需将以下个人信息mail到[e-mail]：•用户名；•组织名称；•程序认证码(在下载并第一次运行CTAn时能看到此信息)在这些数据的基础上，你会收到SkyScan的license文件“CTAn.lic”，此文件需与“CTAn.exe”放在同一目录，运行CTAn将出现一个对话框，要求输入你的个人信息和程序认证码，对应输入即可，以后运行CTAn将不再要求输入。请妥善保存您的个人信息及认证码，当程序检查license或者安装CTAn到其他电脑时，需要重新输入此信息。你可以在Help/AboutCTAn对话框中看到程序认证码（ProductID）和程序版本信息。下载升级CTAn和CTVol不需再次激活程序，只需覆盖“CTAn.exe”文件即可。但是此时AboutSkyScanCT-Analyser用户手册v.1.102010窗口中的ProductID已经不同于原始程序ID，所以不能用于其他电脑CTAn程序的安装。你可以去下载最新版本的CTAn。2.1.不同用户的授权情况输入CTAn的license时，需要使用管理员身份运行程序，点击鼠标右键，选择“runasadministrator”运行程序，输入license，见下图：如想让所有用户均可运行CTAn，在选项中，选择“高级”，在底部有一个选项（下图），勾选后即可。上面项打勾后，需要以管理员的身份重新运行程序，并重新输入用户名称、序列号等信息，完成后，任何用户都被许可运行CTAn程序而无需管理员身份。3.设置参数要改变程序参数，调整CTAn设定选项以适合特定应用，点击File/Preferences，打开参数选择窗口，几个标签页中有许多的设置和选项，如下：选项卡简述：常规选项卡：2维和3维参数测量的输出选项，包含名称、单位、标记法和报告文件的扩展名等；其他选项支持导入的不同图像格式；JPEG的压缩级别。动画：此栏可以调节视频显示和输出AVI文件的动画播放速度。兴趣区域：包含选择的兴趣区域（ROI）的默认形状－正方形或圆形；保存兴趣区域数据集的尺寸选项；加载ROI（.roi）文件的选项（详见第8章）。直方图：此选项卡用于骨密度（BMD）的校准。请注意，其他非骨物质的BMD也可以在此校准（详见第9章）。体积：CTAn中所建3维模型的分辨率水平，当然，分辨率的瓶颈取决于显卡配置。工具：在此输入SkyScanCTVol程序路径，以便自动打开在CTAn中创建的3维模型。目录：在此指定临时文件目录和用户自定义的插件目录（详见第11章）.高级：选项包括：（a）三维模型的表面渲染算法；（b）行间距平均的截取长度（MIL）和SkyScanCT-Analyser用户手册v.1.102010各向异性分析；（c）三维形态运算的多种选项；等等。4.打开文件程序支持三种类型的文件(BMP,JPG,TIFF)，但这三种类型并不都能进行分析：•BMP-文件：所有bmp类型的文件均可打开查看，但只有1位（单色）和8位的图像才能用于分析；•JPG-文件：所有jpg类型的文件均可打开查看，但只有8位（灰色）的图像能用于分析；•TIFF-文件：程序只支持查看和分析SkyScan设备和软件产生的8位和16位图像。彩色图像CTAn可以打开RGB格式的BMP或JPG图像，但是不能执行分析功能，须转换为灰度格式图像，才可以进行分析。(详见下面的4.1节)不同位深度的图像：在打开16位的TIFF图像时，CTAn会出现转换16位图像到8位图像对话框，跟据直方图的亮度选择转变成8位图像的灰度范围，并提供预览。可以用键盘输入亮度限制的范围。默认情况下，此范围映射亮度的指数。如果该文件包含密度校准信息，可以指定亮度范围为Hounsfield单位。按下“Apply”按钮可以使选择的范围实时的显示在直方图上，按下“OK”就使选择的参数生效并执行转换。定位每个图像文件都需要一定时间，因此当打开数据集较大或者从网络驱动器打开数据集文件时，就得花费较长时间，如果本地硬盘有足够大的空间，可以通过激活缓存选项来减少定位文件时间。SkyScanCT-Analyser用户手册v.1.102010激活此选项后，原始文件将在缓存区建立相应的临时文件，以后CTAn调用此文件时，会到缓存空间调用临时文件，而不是每次都浪费时间去调用原档。要激活此选项，点击File/Preference，在Advanced标签页中选择激活Cacheimages。CTAn中打开数据集的方法CTAn中，有几种方法加载和打开数据图像文件：•拖放一个数据图像文件到CTAn程序，此操作将打开一个CTAn程序实例并自动载入所有相关数据图像；•拖放一个数据图像文件到一个已经打开的CTAn实例窗口部分，此操作将使刚打开此拖放的图像数据集，并取代任何已经打开的数据图像集，因为一个CTAn实例只能同时打开一个数据图像集。•在命令行中指定完整的路径和数据集（参阅附录A）。这种模式一般用于程序调用或文件批处理（BAT）。此操作将打开一个CTAn程序实例并自动打开指定的数据集。•在CTAn程序中使用open菜单打开数据图像集。要打开数据集文件，在CTAn菜单中选择命令File/Open….Ctrl+O,在打开的对话框中除标准功能外，CTAn还提供了一些额外并实用的功能，选定的图像可以在预览区显示预览，控制预览开关可以打开或者关闭预览。如果想加载特定类型的文件，可以在“文件类型”菜单框中选择特定类型，这样，选择的类型显示，而其他类型将全部隐藏。“Openas”下拉式菜单框中可以选择打开图像的两种模式：1.Dataset，此模式将自动载入整个数据集图像文件；2.Singlefile，此模式只打开选择的一个图像文件。SkyScanCT-Analyser用户手册v.1.102010“Resizeby”开关控制图像的缩放，如果不选择此开关，CTAn打开的图像为原始尺寸，如果选择此开关，CTAn打开的图像为原始尺寸的1/X(X为选择的数字)。新的尺寸会在此开关下方显示。缩小图像尺寸会减少分析处理的数据量，加快分析处理速度。定位图像需要时间，因此，当利用网络从远程驱动器获取规模较大的数据集时，加载时间问题就尤为重要。如果有足够的本地磁盘空间，可以设置缓存目录，这样，访问原始文件只需一次，再次访问，就是访问缓存目录中的临时问题，大大缩短了访问时间。要进行此设置，选择File/Preferences…，在Advanced选项中选择Cacheimages项即可。对于一个已经打开的数据集，选择缓存图像选项后，必须重载此数据集才能激活此数据集的缓存功能。缓存选项只对下列文件类型有效：BMP(1位和8位)，TIFF(8位和16位)，JPG(8位)。为了避免临时文件目录所在的硬盘空间紧张，您可以指定此临时目录的路径，点击File/Preferences，到Directories标签页中设置“Temporaryfiles“为您指定的目录即可。SkyScanCT-Analyser用户手册v.1.1020104.1.不同格式图像转换在“general”选项卡中，可选择输入图像可以转换的格式类型，见下图红色框部分：RGBtogray:这项提供了RGB彩色图像转换成灰度图像的功能，因为只有灰度图像才能在CTAn中进行分析。彩色转换成灰度的选项为：No:无转换Luminance:从RGB的加权平衡值计算一个灰度像素值的比例：R:G:B–0.2126:0.7152:0.0722.Redchannel:仅采用红色通道值的灰度值Greenchannel:仅采用绿色通道值的灰度值Bluechannel:仅采用蓝色通道值的灰度值SkyScanCT-Analyser用户手册v.1.102010原始数据文件类型：Raw使用“RAW”数据类型，可以打开非SkyScan格式的数据集，如下所示：在“Fileoftype”中可以选择“Rawdata”，这样，就可以打开非SkyScan格式的文件。原始数据文件(RDF)可能包含单组或者多组文件(如果文件有一个四位数的后缀).对于一个多组的RDF，Z位置来自于四位数的后缀。导入非SkyScan格式数据集，需在“importrawdata”窗口中选择各项参数：Datatype[数据类型](integer,floatingpoint,etc.)Byteorder[字节顺序]littleendian(WIN)[Windows中小字节开头]/bigendianSkyScanCT-Analyser用户手册v.1.102010(MAC)[苹果系统中大字节开头]参考维基百科：Headersize,inbytes[头大小，以字节为单位]Pixelsize,inmicrons[像素尺寸，以微米为单位]Imagewidthandheight(pixels)[图像宽度和高度（像素）]“Majorandminorvalue”:[较大和较小值]这些都是最低和最高的灰度值，默认情况下，这些被定义0到255对应8位格式，对于不同数据集的灰度级的位深度，必须指定最大和最小值。Zsize,spacingandorigin:[Z尺寸、间距和起点]用于必须指定单一组RDF的Z尺寸，Z轴间距和Z原点。单一组RDF的Z位置由以下公式获得：Zpos=Zorg+Zsp*n(where0=nZsize).4.2.原始图像查看模式当图像加载完成，程序窗口屏幕下方将显示一个原始图像。在菜单栏中，将出现一个包含原始图像控制命令按钮的子菜单，这些命令也可以通过在原始图像上点击右键获得。命令的菜单图像：查看上面的图像；↑，向上滑动鼠标滚轮SkyScanCT-Analyser用户手册v.1.102010查看下面的图像；↓，向下滑动鼠标滚轮放大图像；Shift+向上滑动鼠标滚轮缩小图像；Shift+向下滑动鼠标滚轮图像大小适合窗口；查看图像真实尺寸（图像的像素映射为一个屏幕像素）；打开测量工具，可以手动测量直线距离，角度等并可保存为文件此模式中可在图像上按住鼠标左键来拖放并选择查看图像的位置点击File/Preferences，在Animation标签页，可以设定动画播放速度。但是设定的动画速度并不一定都能达到，对于尺寸非常大的图像，内存会限制此速度并低于设