基因的选择压力检测及检验图解教程(By-Raindy)

FujianAgricultureandForestryUniversity基因的选择压力分析[e-mail]于基因选择压力的检测，PhylogeneticAnalysisbyMaximumLikelihood(PAML)可能是第一反应的分析工具，但PAML的操作令不少初学者望而却步，快速完成基因的选择压力分析，推荐使用一个在线服务器―AdaptiveEvolutionServer。网址：对选择压力多重序列比对替换模型选择选择压力检测AlignByCondonModelselectionSelectionanalysisWorkflow1Step1：基于密码子多重比对，推荐使用MEGA软件进行，如下图：2基于Codon比对，执行后续分析前，需要删除终止密码子；如果有重组序列，建议删除，因为重组序列可能影响分析结果。3将多重序列比对的结果导出为FASTA格式：4Step2提交序列―点击“ANALYZEYOURDATA”上传前面比对的序列文件：56点击“浏览”按钮后“Upload”上传比对的文件，如图：7点击“Proceedtotheanalysismenu”转到数据分析菜单选项：8运行前，需要先进行模型选择Step3模型选择―因不知道哪种模型适合所分析的比对序列，需进行模型选择：模型未知9上面的模型有现成的模型，即F81若无现成模型，根据这里设置！91011下拉选择一种方法进行分析Step4选择相应的方法分析选择压力在得到模型选择结果后，可以点击浏览器的返回键（或键盘上Backspace键）返回上级操作，如下图：12最终生成数据结果，可以根据需要整理不同格式，如：URL:://211.155.251.135:81/Jwk_zgnykx/fileup/PDF/nykx-20134615-3125.pdfKosakovskyPondSL,FrostSDW,GrossmanZ,GravenorMB,RichmanDD,etal.(2006)AdaptationtodifferenthumanpopulationsbyHIV-1revealedbycodon-basedanalyses.PLoSComputBiol2(6):e62.DOI:10.1371/journal.pcbi.0020062SharmaS,JoshiG,DashPK,ThomasM,AthmaramTN,etal.(2013)MolecularEpidemiologyandCompleteGenomeCharacterizationofH1N1pdmVirusfromIndia.PLoSONE8(2):e56364.doi:10.1371/journal.pone.0056364《基因的选择压力分析》微博：群号：323809849（生物软件交流群）网盘：