STRING-蛋白网络分析操作流程

STRING数据库操作指南STRING介绍•研究一个基因及其编码的蛋白质，一方面要了解它们的功能，另一方面需研究与此蛋白质相互作用的其他蛋白质的信息，以使研究人员能够更加深入地认清相关蛋白质的功能，更清楚地理解其调控机制。•STRING数据库()是一个搜寻已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的系统。这种相互作用既包括蛋白质之间直接的物理的相互作用，也包括蛋白质之间间接的功能的相关性。•它除了包含有实验数据、从PubMed摘要中文本挖掘的结果和综合其他数据库数据外，还有利用生物信息学的方法预测的结果。所应用的生物信息学的方法有：染色体临近、基因融合、系统进化谱和基于芯片数据的基因共表达。•该系统利用一个打分机制对这些不同方法得来的结果给予一定的权重，最终给出一个综合的得分。STRING网站首页STRING9.0覆盖1133个物种，包含5214234种蛋白质已更新至9.0版本检索框点击此处可以查看示例此处输入需要检索的蛋白质名称或者登录号物种选择。如选择auto-detect，则在查询的过程中，如果相关的蛋白质名称出现在几个不同的物种中，则数据库系统会将这些物种全部显示出来，用户可自己选择感兴趣的蛋白质进行下一步的查询。检索与某个特定蛋白质（如trpA）相互作用的其他蛋白信息按名称查找按氨基酸序列查找开始检索！检索结果圆圈（node）表示蛋白质，点击可以查看该蛋白质相关信息。直线（edge）表示蛋白质之间的相互作用关系。点击可以查看两蛋白互作信息。ConfidenceviewConfidenceview表示蛋白质之间相互作用关系，线越粗表示两者之间互作更强。点击此处可以查看其它类型视图视图进行放大或缩小及保存，保存为png格式Node点击后出现的对话框tdcG相关信息描述edge点击后出现的对话框trpA与tdcG间互作关系EvidenceviewEvidenceview：不同颜色的线表示不同的证据。actionsviewactionsview：不同颜色和形状的线表示不同的作用模式。检索的蛋白质相关描述与该蛋白相互作用的其他蛋白质信息与trpA互作蛋白质，按照打分排列，用不同的颜色标识系统打分参数设置检索某些蛋白质（如trpA、trpB、TRPC_ECOLI、b1263）相互作用关系点击此处输入多个蛋白质名称或氨基酸序列输入蛋白质名称描述点击继续检索结果