MS软件使用说明-V1

MS软件使用说明上海大学所购买的MaterialStudio软件一共包括16个模块：MS_CASTEPMS_DMOL3MS_GULPMS_ONETEPMS_QMERAMS_AMORPHOUS_CELLMS_DFTB+MS_FORCITE_PLUSMS_MESOCITEMS_MORPHOLOGYMS_SORPTIONMS_BLENDSMS_QSARMS_REFLEXMS_COMPASSMS_VISUALIZER其中前14个模块为计算模块，除MS_DMOL3有2个license外，其余13个模块每个有1个license（即同一时间该模块只有1个作业能运行）。计算模块的使用方法可分为3类，见下文：1.第一类：使用RunXXX.sh的方法调用模块，此类模块有5个，包括：MS_CASTEPMS_DMOL3MS_GULPMS_ONETEPMS_QMERA下面以CASTEP模块为例介绍第一类模块的使用流程：1.1CASTEP的使用步骤a.打开MS界面，建立相关模型。b.选择工具栏中的CASTEP按钮，然后选择Calculation。或者依次选择菜单Modules|CASTEP|Calculation。现在需要对Si结构进行几何优化，把Task改为GeometryOptimization，计算精度设置为Fine。几何优化的默认设置是只对原子的坐标进行优化。然而在本例中，在对原子坐标进行优化的同时还需要对晶格参数也进行优化。按下与Task相关的More…按钮，在打开的新对话框中，勾选OptimizeCell，关闭此对话框。c.不要单击Run进行Castep计算工作，而要在Calculation对话框中选择Files-SaveFiles，此时会在ProjectExplorer中出现一个新的目录，其中包括了使用命令行运行Castep的输入文件；d.使用Windows的文件管理器进入该目录(相关Project名称.files\Documents下)，能够看到所需要的输入文件。注意，由于castep计算所需的.cell文件是隐藏文件，因此需要在“工具|文件夹选项”中选择“显示隐藏文件”,并将文件属性“隐藏”去掉。然后将以下文件拷贝到“自强4000”的用户相关工作目录下：*.cell、*.param。此外，需要将计算所需的赝势文件也拷贝到该工作目录下。（在CASTEP|Calculation|Electronic的more下Potential中可以看到所使用的赝势文件，该文件的路径在Windows系统的MS安装路径\MaterialsStudio7.0\share\Resources\Quantum\Castep\Potentials中，请将所需要的赝势文件全部拷贝到该工作目录下，否则会导致计算失败）e.进入用户的该工作目录，使用以下命令提交任务：当并行数不为16的整数倍时,提交命令为：/data/csoft/MaterialsStudio70/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh–npn–qqueuenamecasename当并行数为16的整数倍时，提交命令为（注：-x和/data间为空格符）：bsub–qqueuename–x/data/csoft/MaterialsStudio70/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh–npn–qqueuenamecasename其中各参数的意义如下，请根据计算模块和算例的情况修改：n表示计算所需核数；casename表示计算作业的名称（例如：参数文件为Si.param，则casename为Si，无需缀名）；CASTEP为模块名，与该模块执行命令的路径相关。（各模块命令路径的前面部分相同,即：/data/csoft/MaterialsStudio70/MaterialsStudio7.0/etc/，后面部分见下表）queuename表示模块的队列名。（各模块的队列名见下表）模块名模块执行命令路径的后面部分模块队列名CASTEPCASTEP/bin/RunCASTEP.shCASTEPDMOL3DMol3/bin/RunDMol3.sh（注意大小写）DMOL3GULPGULP/bin/RunGULP.shGULPONETEPONETEP/bin/RunONETEP.shONETEPQMERAQMERA/bin/RunQMERA.shQMERA注意:GULP模块只有在计算dynamics的作业时才支持并行;ONETEP不适合做小规模的计算，厂家建议计算200个以上的原子模型，否则并行时可能出错；提交作业时注意选择正确的队列，否者计算会出错。f.计算完成后，请将该目录中所有的文件下载到本地机器上，并放到刚才在Visualizer下新建的目录中；g.在Visualizer的ProjectExplorer中单击右键，选择刷新，即可看到刚才所有计算得到的结果，并可在MS中进行分析。1.2CASTEP_NMR的使用a.打开MS界面，建立相关模型。b.选择工具栏中的CASTEP按钮，然后选择Calculation。或者依次选择菜单Modules|CASTEP|Calculation设置计算参数。选择Properties选项卡，在Properties栏里，指定计算NMR。c.不要单击Run进行Castep计算工作，而要在Calculation对话框中选择Files-SaveFiles，此时会在ProjectExplorer中出现一个新的目录，其中包括了使用命令行运行Castep的输入文件；d．使用Windows的文件管理器进入该目录(相关Project名称.files\Documents下)，能够看到所需要的输入文件。注意，由于castep计算所需的.cell文件是隐藏文件，因此需要在“工具|文件夹选项”中选择“显示隐藏文件”,并将文件属性“隐藏”去掉。将以下文件拷贝到“自强4000”的用户相关工作目录：*.cell、*.param、*._NMR.cell、*._NMR.param此外，需要将计算所需的赝势文件拷贝到该工作目录下。（在CASTEP|Calculation|Electronic的more下Potential中可以看到所使用的赝势文件，该文件的路径在Windows系统的MS安装路径\MaterialsStudio7.0\share\Resources\Quantum\Castep\Potentials中，请将所需要的赝势文件全部拷贝到该工作目录，否则会导致计算失败）e.进入用户的该工作目录，使用以下命令提交任务：当并行数不为16的整数倍时,提交命令为：/data/csoft/MaterialsStudio70/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh–npn–qqueuenamecasenamecasename_NMR当并行数为16的整数倍时,提交命令为（注：-x和/data间为空格符）：bsub–qqueuename–x/data/csoft/MaterialsStudio70/MaterialsStudio7.0/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh–npn–qqueuenamecasenamecasename_NMR提交命令中各参数的意义与1.1中相同。f.计算完成后，请将该目录中所有的文件下载到本地机器上，并放到刚才在Visualizer下新建的目录中；g.在Visualizer的ProjectExplorer中单击右键，选择刷新，即可看到刚才所有计算得到的结果，并可在MS中进行分析。2.第二类：使用RunPL.lsf脚本调用的模块，此类模块有6个，包括：MS_AMORPHOUS_CELLMS_DFTB+MS_FORCITE_PLUSMS_MESOCITEMS_MORPHOLOGYMS_SORPTION下面以FORCITE_PLUS模块为例，介绍第二类软件的使用流程：2.1FORCITE_PLUS的使用步骤a.打开MS界面，建立相关模型，由于Forcite_Plus的参数文件无法察看,需要采用Perl脚本程序进行提交作业。点击New，新建一个PerlScriptDocument文件，并按照help/ScriptinginMaterialsStudio/MaterialsScriptApplicationProgrammingInterface(API)/Modules/Forcite中的格式将Forcite_Plus面板中的参数写入脚本程序中；使用MS7.0版本的用户，可以使用ForciteCalculation中进行计算参数设置后，在Run按钮旁边的下箭头选择CopyScript进行计算设置脚本的复制，在新建的PerlScriptDocument文件中选择粘贴，并添加计算模型文件相关的指定部分（my$doc=$Documents{XXXX.xsd};），并保存*.pl文件。一个简单的脚本例子：#!perlusestrict;useGetopt::Long;useMaterialsScriptqw(:all);my$doc=$Documents{Si.xsd};my$results=Modules-Forcite-Energy-Run($doc,Settings(Quality=Ultra-fine,CurrentForcefield=COMPASSII));b.将以下文件拷贝到“自强4000”的用户相关工作目录下：*.xsd、*.pl；c.在用户该工作目录下构建一个Runpl.lsf文件，将提交作业命令写入此文件中；当任务并行数不为16的整数倍时，Runpl.lsf文件的内容如下：Input=`ls*.pl|awk-F.'{print$1}'`mkdir-p$Input_Files/Documentscp*./$Input_Files/DocumentsRun_path=/data/csoft/MaterialsStudio70/MaterialsStudio7.0/etc/Scripting/bin$Run_path/RunMatScript.sh-qqueuename-npn$Input当任务并行数为16的整数倍时，Runpl.lsf文件的内容如下：Input=`ls*.pl|awk-F.'{print$1}'`mkdir-p$Input_Files/Documentscp*./$Input_Files/DocumentsRun_path=/data/csoft/MaterialsStudio70/MaterialsStudio7.0/etc/Scripting/binbsub–qqueuename–x$Run_path/RunMatScript.sh-qqueuename-npn$Input脚本中中n为并行数，queue为队列名称（各模块队列名见下表），用户可按需求修改。模块名模块队列名AMORPHOUS_CELLAMORPHOUS_CELLDFTB+DFTBFORCITE_PLUSFORCITEMESOCITEMESOCITEMORPHOLOGYMORPHOLOGYSORPTIONSORPTIONd．进入用户相关工作目录（文件目录中包括刚才所有的文件），并执行命令：chmod777*.*./Runpl.lsfe．计算完成后，请将该目录perlnamefiles/Documents中所有的文件下载到本地机器上，并放到Visualizer下新建的目录中；f．在Visualizer的ProjectExplorer中单击右键，选择刷新，即可看到刚才所有计算得到的结果，并可在MS中进行分析。3.第三类模块一般在图形界面下使用，“自强4000”上暂不支持该类模块，包括：MS_BLENDSMS_REFLEXMS_QSAR