Structure使用方法

Structure的使用简介格式输入：把Excel.xls另存为文本(文件制表符)分隔。ISSR的01矩阵1、文本编辑1.1先用Excel对数据进行编辑，编辑格式如下：史氏鲟种群12345678S11127144144189-9-9-9-9S21127127169189189-9-9-9S31127144144189-9-9-9-9其中第一列为样品名称，第二列为种群来源，后边为遗传位点，没有的位点用-9表示。1.2将Excel数据复制到文本中其中注意将空格键替换为制表符（用Tab替换为空格）。格式如下：05（引物名称）S11127144144189-9-9-9-9S21127127169189189-9-9-9其中第一行为引物的名称，第一列为样品序列，第二列为种群来源，后边为微卫星位点。缺失用-9表示。2、软件操作2.1软件打开界面①选择File--OPENDATAFILE--选中所编辑好的打他data文件，查看格式、数据，如有修改应保存退出；如下图：②选择File--NEWPROJECT--STEP1--命名ProjectName--选择存放路径--选择保存过的待分析文件；如图：③可以点击showdatafileformat显示需要填写的内容，其中Numberofindividual为样品数量；可在行的数量上看出；Ploidyofdata为倍型数据；Numberofloci为微卫星的数目；Missingdatavalue，一般选-9；如图：④接下来的选项以此为rowofmarkernames,rowofrecessivealleles,mapdistancebetweenloci,phaseinformation，最下面，datafilestoresdataforindividualsinasingleline就不选；对于本次例子中只选择如下图的两项即可：⑤IndividualIDforeachindividual(选择)，putativepopulationoriginforeachindividual（选择），USEPOPINFOselectionflag(不选)，Phenotypeinformation（不选），otherextracolumn（不选）以及numberofextracolumn（不选）；如图：⑥点击“Finish”；Proceed；⑦点击Parameterset--new--lengthofburninperoid(填写10000)--NumberofMCMCRepsafterburnin(填写10000);⑧点击“Startajob”，单击选中命名的文件夹名称，设置K从2到10等，其它不选，点击Start。⑨选择刚才命名job的名字，resultfile选择run_1,run_2等，在右侧结果菜单里选择barplot-plotinmultiplelins即可看到聚类的三角图形。注意：运行完毕后产生的以“job名字”命名的文件夹中自动含有project_data文件，其内容与最初编辑的project_data文件完全一致，故原编辑的project_data文件可以删去。