蛋白芯片分析流程

#流程大放送#蛋白质组芯片分析Agonyr蛋白质芯片是一种高通量的蛋白功能分析技术，可用于蛋白质表达谱分析，研究蛋白质与蛋白质的相互作用，甚至DNA－蛋白质、RNA－蛋白质的相互作用，筛选药物作用的蛋白靶点等。应用蛋白质组芯片可以进行基因表达的筛选、抗原抗体检测、蛋白筛选、生化反应检测、药物筛选以及疾病诊断等，相比于质谱的昂贵报价以及数据量来说，蛋白质组芯片的优势更加明显。常规分析流程：1.芯片预处理，样本peak双向聚类2.过滤分析，PCA分析，发现离群样本，PCA分析是一种降维技术，可以将多维（即蛋白peak数）的芯片数据投射到低维空间中。相似的样本所在的点将彼此靠近，可以通过PCA分析找到那些“离群”的样本。3.分组差异peak的筛选，根据实验样本的分组情况进行差异峰的筛选，并进行聚类分析，确定差异峰(蛋白)及不同样本之间的互作关系。一般认为在聚类图上距离越近的样本或差异峰之间的关系越密切。4.疾病预测模型的构建，利用决策树，神经网络，SVM等机器学习方法来建立了分组诊断的模型，目的在于利用实验数据来筛选出一批靶标peak，并以此构建模型，以进行早期诊断、疾病预测和预后分析。5.peak注释。功能分析，从基因水平上研究差异peak的功能信息，从不能的处理实验对比发现疾病的分子机制。