蛋白质分析相关数据库及网站

表1蛋白质相互作用分析相关数据库及网站网站资源类型网址DIP蛋白质相互作用蛋白质相互作用蛋白质相互作用蛋白质相互作用基因共定位种系发生谱蛋白质序列分析和结构预测【实验目的】1、掌握蛋白质序列检索的操作方法；2、熟悉蛋白质基本性质分析；3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测；4、了解蛋白质结构预测。【实验内容】1、使用Entrez或SRS信息查询系统检索人脂联素（adiponectin）蛋白质序列；2、使用BioEdit软件对上述蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成、和疏水性等基本性质分析；3、对人脂联素蛋白质序列进行基于NCBI/Blast软件的蛋白质同源性分析；4、对人脂联素蛋白质序列进行motif结构分析；5、对人脂联素蛋白质序列进行二级结构和三维结构预测。【实验方法】1、人脂联素蛋白质序列的检索：（1）调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址（）；（2）在Search后的选择栏中选择protein；（3）在输入栏输入homosapiensadiponectin；（4）点击go后显示序列接受号及序列名称；（5）点击序列接受号NP_004788（adiponectinprecursor；adiposemostabundantgenetranscript1[Homosapiens]）后显示序列详细信息；（6）将序列转为FASTA格式保存（参考上述步骤使用SRS信息查询系统检索人脂联素蛋白质序列）；2、使用BioEdit软件对人脂联素蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和疏水性等基本性质分析：打开BioEdit软件→将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列输入分析框→点击左侧序列说明框中的序列说明→点击sequence栏→选择protein→点击AminoAcidComposition→查看该蛋白质分子质量和氨基酸组成；或者选择protein后，点击Kyte&DoolittleMeanHydrophobicityProfile→查看该蛋白质分子疏水性水平；3、人脂联素蛋白质序列的蛋白质同源性分析：（1）进入NCBI/Blast网页；（2）选择Protein-proteinBLAST（blastp）；（3）将FASTA格式序列贴入输入栏；（4）点击BLAST；（5）查看与之同源的蛋白质；4、人脂联素蛋白质序列的motif结构分析：（1）进入网页；（2）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏；（3）点击Scan；（4）查看分析结果（注意PrositeProfile中的motifinformation）；5、人脂联素蛋白质序列的二级结构预测：（1）进入下列蛋白结构预测服务器网址（ThePredictProteinServer）；（2）在Youcan栏点击default；（3）填写email地址和序列名称；（4）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏点击Submit；（5）从email信箱查看分析结果；6、人脂联素蛋白质序列的三维结构预测：（1）进入（SwissModelFirstApproachMode）网页；（2）填写email地址、姓名和序列名称；（3）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏；（4）点击SendRequest；（5）从email信箱查看分析结果（注：需下载软件入rasmol查看三维图象）。【作业】1、提交使用上述软件对人脂联素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、motif结构分析以及二级结构和三维结构预测的结果；2、相互对比结果，说明产生不同结果的原因，总结进行上述分析所需注意的关键事项。蛋白质序列分析pfam蛋白质结构域预测smart蛋白质结构域预测BLOCKS蛋白质家族的序列保守区域CluSTr将SWISS-PROT+TrEMBL蛋白自动归类InterPro蛋白质家族、结构域和位点的集成信息资源PIR-ALN蛋白质序列联配PRINTS分层的基因家族指纹PROSITE具有生物学意义的蛋白模式和轮廓ProtoMap对SWISS-PROT蛋白质进行自动分类SBASE~kristian/SBASE/注释了的蛋白质结构域序列SYSTERS基于多种资源对蛋白质序列进行分类Emotif蛋白质序列模体查询Iproclass注释了的蛋白质分类数据库PFSCAN蛋白质序列的(profile)分析ComputepI/Mw-蛋白质序列的理论等电点、分子量的计算CATH-通过自动、手动方式进行蛋白质结构相关性的系统分类，CATH是以下四个单词的第一个字母的组合Class(类)-源于二级结构的最高级别的分类Architecture(构造)-独立于拓扑结构的二级结构排列描述。Topology(拓扑结构)-参照已知的折叠及观测的结构进行拓扑分析Homology(同源)-结构间相同的拓扑布局、不同的二级结构（与功能相似性相关）描述CRASP蛋白质序列的相关分析FPAT检索分子序列数据库模式的简易方法HydropathyPlot(GIFimage)绘制亲疏水图MOTIF蛋白质序列模式检索RandSeq随机的蛋白质序列生长子REPRO-蛋白质重复片断识别服务器paralign蛋白质、核酸序列相似性检索SignalP在不同的物种中预测信号肽及酶切位点SIM-由用户定义的最佳两序列对比TMpred蛋白质跨模区预测、定位，该方法基于统计学结果，通过权重矩阵打分进行预测分析Coils对比分析具有双股卷曲结构的序列同源性打分，进而计算适于采用该结构的序列的几率GuessProt选择SwissProt蛋白的等电点、分子量MassSearch蛋白质消化后的聚集检索Phospepsort磷酸化位点分类SAPS蛋白质序列统计分析Sleuth氨基酸构象及可及性分析PEDANT-蛋白质提炼PROVE蛋白质原子体积计算Naccess(ASAforproteins)利用Lee&Richards方法描述分子表面性质的计算程序，能够计算蛋白质的表面准确地将已知的蛋白质序列转化成DNA序列根据物种在swiss－prot里面翻转=tools/backtranslation&lang=eng://进去之后，点击CodonUsageDatabase，然后将你要的物种的拉丁文名输入QUERYBoxforsearchwithLatinnameoforganism，点击submit，然后就可以看到各个物种的一个密码子列表。然后替换那个大肠杆菌就可以了