读书会-表观遗传学

表观遗传学Epigenetics纪乾鹏概念•表观遗传学研究不涉及DNA序列改变的基因表达和调控的可遗传变化的，或者说是研究从基因演绎为表型的过程和机制的一门新兴的遗传学分支。•表观遗传所谓表观遗传就是不基于DNA差异的核酸遗传。即细胞分裂过程中，DNA序列不变的前提下，全基因组的基因表达调控所决定的表型遗传，涉及染色质重编程、整体的基因表达调控（如隔离子，增强子，弱化子，DNA甲基化，组蛋白修饰等功能),及基因型对表型的决定作用。表观遗传学的特点：可遗传的，即这类改变通过有丝分裂或减数分裂，能在细胞或个体世代间遗传；可逆性的基因表达调节，也有较少的学者描述为基因活性或功能的改变；没有DNA序列的改变或不能用DNA序列变化来解释。表观遗传学的研究内容：基因选择性转录表达的调控DNA甲基化基因印记组蛋白共价修饰染色质重塑基因转录后的调控基因组中非编码RNA微小RNA（miRNA）反义RNA内含子、核糖开关等表观遗传学机制•DNA甲基化•组蛋白修饰•染色质重塑•RNA调控•其他表观遗传机制•遗传印记•X染色体失活一、DNA甲基化DNMT1SAM胞嘧啶5-甲基胞嘧啶胞嘧啶甲基化反应S-腺苷甲硫氨酸DNA甲基化(DNAmethylation)是研究得最清楚、也是最重要的表观遗传修饰形式，主要是基因组DNA上的胞嘧啶第5位碳原子和甲基间的共价结合，胞嘧啶由此被修饰为5甲基胞嘧啶(5-methylcytosine，5mC)。•哺乳动物基因组中5mC占胞嘧啶总量的2%-7%，约70%的5mC存在于CpG二连核苷。•在结构基因的5’端调控区域,CpG二连核苷常常以成簇串联形式排列，这种富含CpG二连核苷的区域称为CpG岛(CpGislands)，其大小为500-1000bp，约56%的编码基因含该结构。•基因调控元件(如启动子)所含CpG岛中的5mC会阻碍转录因子复合体与DNA的结合。DNA甲基化一般与基因沉默相关联；非甲基化一般与基因的活化相关联；而去甲基化往往与一个沉默基因的重新激活相关联。5’3’CpG岛主要处于基因5’端调控区域。启动子区域的CpG岛一般是非甲基化状态的，其非甲基化状态对相关基因的转录是必须的。目前认为基因调控元件（如启动子）的CpG岛中发生5mC修饰会在空间上阻碍转录因子复合物与DNA的结合。因而DNA甲基化一般与基因沉默相关联。Rb基因CpG频率•DNA甲基化的转录抑制机制：（1）直接干扰特异转录因子与各自启动子结合的识别位置。DNA的大沟是许多蛋白因子与DNA结合的部位，胞嘧啶的甲基化干扰转录因子与DNA的结合。（2）转录抑制复合物干扰基因转录。甲基化DNA结合蛋白与启动子区内的甲基化CpG岛结合，再与其他一些蛋白共同形成转录抑制复合物（TRC），阻止转录因子与启动子区靶序列的结合，从而影响基因的转录。（3）通过改变染色质结构而抑制基因表达。染色质构型变化伴随着组氨酸的乙酰化和去乙酰化，许多乙酰化和去乙酰化本身就分别是转录增强子和转录阻遏物蛋白。•DNA甲基化状态的遗传和保持：DNA复制后，新合成链在DNMT1（DNA甲基转移酶）的作用下，以旧链为模板进行甲基化。（缺乏严格的精确性，95%）甲基化并非基因沉默的原因而是基因沉默的结果，其以某种机制识别沉默基因，后进行甲基化。DNA全新甲基化。引发因素可能包括：DNA本身的序列、成分和次级结构。RNA根据序列同源性可能靶定的区域。特定染色质蛋白、组蛋白修饰或相当有序的染色质结构。二、组蛋白修饰•组蛋白修饰是表观遗传研究的重要内容。•组蛋白的N端是不稳定的、无一定组织的亚单位，其延伸至核小体以外，会受到不同的化学修饰，这种修饰往往与基因的表达调控密切相关。•被组蛋白覆盖的基因如果要表达，首先要改变组蛋白的修饰状态，使其与DNA的结合由紧变松，这样靶基因才能与转录复合物相互作用。因此，组蛋白是重要的染色体结构维持单元和基因表达的负控制因子。•组蛋白修饰种类乙酰化--一般与活化的染色质构型相关联，乙酰化修饰大多发生在H3、H4的Lys（赖氨酸）残基上。甲基化--发生在H3、H4的Lys（赖氨酸）和Arg（精氨酸）残基上，可以与基因抑制有关，也可以与基因的激活相关，这往往取决于被修饰的位置和程度。磷酸化--发生与Ser（丝氨酸）残基，一般与基因活化相关。泛素化--一般是C端Lys（赖氨酸）修饰，启动基因表达。SUMO（泛素相关小修饰蛋白）化--可稳定异染色质。其他修饰（如ADP的核糖基化）BryanM.Turner,naturecellbiology,2007组蛋白中被修饰氨基酸的种类、位置和修饰类型被称为组蛋白密码（histonecode），遗传密码的表观遗传学延伸，决定了基因表达调控的状态，并且可遗传。三、染色质重塑•染色质重塑（chromatinremodeling）是一个重要的表观遗传学机制。•染色质重塑是由染色质重塑复合物介导的一系列以染色质上核小体变化为基本特征的生物学过程。•组蛋白尾巴的化学修饰（乙酰化、甲基化及磷酸化等）可以改变染色质结构，从而影响邻近基因的活性。核小体•核小体定位是核小体在DNA上特异性定位的现象。•核小体核心DNA并不是随机的，其具备一定的定向特性。•核小体定位机制：内在定位机制：每个核小体被定位于特定的DNA片断。外在定位机制：内在定位结束后，核小体以确定的长度特性重复出现。•核小体定位的意义：核小体定位是DNA正确包装的条件。核小体定位影响染色质功能。•重塑因子调节基因表达机制的假设有两种:机制1：一个转录因子独立地与核小体DNA结合(DNA可以是核小体或核小体之间的),然后,这个转录因子再结合一个重塑因子,导致附近核小体结构发生稳定性的变化,又导致其他转录因子的结合,这是一个串联反应的过程;（重建）机制2：由重塑因子首先独立地与核小体结合,不改变其结构,但使其松动并发生滑动,这将导致转录因子的结合,从而使新形成的无核小体的区域稳定。（滑动）四、RNA调控•1995，RNAi现象首次在线虫中发现。•1998，RNAi概念的首次提出。•1999，RNAi作用机制模型的提出。在线虫、果蝇、拟南芥及斑马鱼等多种生物内发现RNAi现象。•2001，RNAi技术成功诱导培养的哺乳动物细胞基因沉默现象。RNAi技术被《Science》评为2001年度的十大科技进展之一。•至今，蓬勃发展，成为分子生物学领域最为热门的方向之一。siRNA（微小RNA）•siRNA结构：21-23nt的双链结构，序列与靶mRNA有同源性，双链两端各有2个突出非配对的3’碱基。•siRNA功能：是RNAi作用的重要组分，是RNAi发生的中介分子。内源性siRNA是细胞能够抵御转座子、转基因和病毒的侵略。•siRNAi的特点：高效性和浓度依赖性特异性位置效应时间效应细胞间RNAi的可传播性多基因参与及ATP依赖性miRNA•结构：21-25nt长的单链小分子RNA，5′端有一个磷酸基团，3′端为羟基，由具有发夹结构的约70-90个碱基大小的单链RNA前体经过Dicer酶加工后生成。•特点：具有高度的保守性、时序性和组织特异性。五、其他表观遗传机制•除DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑、和RNA调控以外，还有遗传印迹、X染色体失活、转座、负突变等。•遗传印迹、X染色体失活的本质仍为DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑。谢谢！