计算机在生命科学中的应用报告1

16srRNA的点阵分析报告前言：序列比对是生物信息学研究的一个基本方法，对于发现生物序列中的功能、结构和进化信息具有重要的意义。序列比对的根本问题是寻找同源序列或相似型的序列的突变位置，从而确定他们的保守（或稳定）区域与变化部分，最终确定他们的演变关系及在演变中结构与功能的变化。序列比对根据同时进行比对的序列数目分为双序列比对和多序列比对。本次报告采用的是双序列比对。点阵法是双序列比对的基本方法，通常用图示法表示，称为点阵图，其基本思想是：将两条待比较的序列分别放在矩阵的两条轴上，一条在X轴上，从左到右，一条在Y轴上，从上往下，当对应的行与列的序列字符配时，则在矩阵对应的位置作出“点”标记。正文：本次分析的是7种16srRNA的基因之间的关系，由给的资料可知这7种基因分别是：1.变形链球菌mutans部分16SrRNA基因序列。（变异链球菌属于细菌，厚壁菌门，乳杆菌目，链球菌科，链球菌）2.运动发酵单胞菌subspmobilis部分16srRNA基因序列。（运动发酵单胞菌属于细菌，变形菌门，变形菌纲，鞘脂单胞菌目，鞘脂单胞菌科，发酵单胞菌属）3.霍乱弧菌局部的16srRNA基因序列。（霍乱弧菌属于细菌，变形菌门，变形菌纲，弧菌目，弧菌科，弧菌属）4.嗜热脂肪地芽孢杆菌局部的16srRNA基因序列。（嗜热脂肪地芽孢杆菌属于细菌，壁厚菌门，芽孢杆菌目，芽孢杆菌科，芽孢杆菌）5.肠球菌局部的16srRNA基因序列。（肠球菌属于细菌，壁厚菌门，乳杆菌目，肠球菌）6.爪哇根结线虫的部分16srRNA基因序列。（爪哇根结线虫属于真核生物界，后生动物们，线虫纲，垫刃线虫目，垫刃亚目，垫刃总科，根结科，根结亚科，根结线虫属）7.硫磺矿硫化叶菌p2的部分16srRNA基因序列。（硫磺矿硫化叶菌p2属于古细菌，泉古菌门，热变形菌纲，硫化叶菌目，好热好酸菌科，硫化裂片菌属）前5种为细菌，第6种为真核生物，第7种为古细菌。作图如下：ringency=50window=10016srRNA横坐标：链球菌mutans16SrRNA基因序列16srRNA2纵坐标：运动发酵单胞菌subspmobilis部分的16srRNA基因序列图像分析：由上图可以看出，在对角线上有一条明显的实线，说明链球菌与运动发酵单胞菌有很近的亲缘关系，同时在A点处出现了水平位移，说明在该处运动发酵单胞菌与链球菌相比发生了插入突变，对角线方向上出现了两处间断，说明在这两处发生了缺失。18516925333742150558967375016913720527334140947754561366316srna:ringency46window10016sRNAa横坐标：链球菌mutans16SrRNA基因序列16SRNA3纵坐标：霍乱弧菌局部的16srRNA基因序列图像分析：由上图可以看出，在对角线上有一条明显的实线，说明链球菌与霍乱弧菌有很近的亲缘关系，在实线上只有两处间断，没有水平或垂直的位移，说明霍乱弧菌与链球菌相比，基因发生了两处缺失，没有插入或删除。110520931341752162575018516925333742150558967375781116srna:ringency53window10016sRNAa横坐标：链球菌mutans16SrRNA基因序列16sRNA4纵坐标：嗜热脂肪地芽孢杆菌局部的16srRNA基因序列图像分析：由上图可以看出，在对角线上有一条明显的实线，说明链球菌与嗜热脂肪地芽孢杆菌有很近的亲缘关系，在实线上A点有一处间断，没有水平或垂直的位移，说明嗜热脂肪地芽孢杆菌与链球菌相比，基因发生了一处缺失，没有插入或删除。:ringency50window10016sRNAa横坐标：链球菌mutans16SrRNA基因序列16sRNA5纵坐标：肠球菌局部的16srRNA基因序列图像分析：由上图可以看出，在对角线上有一条明显的实线，说明链球菌与肠球菌有很近的亲缘关系，在实线上A点处有一处间断和B点处一小段重叠，没有水平或垂直的位移，说明嗜热脂肪地芽孢杆菌与链球菌相比，基因在A处发生了缺失，在B处发生基因重复，没有插入或删除，19919729539349158968775017915723531339146954762570376816srna:ringency40window10016sRNAa横坐标：链球菌mutans16SrRNA基因序列melmttrna纵坐标：爪哇根结线虫的16srRNA基因序列图像分析：由上图可以看出，对角线上几乎看不出有明显的实线，说明链球菌与爪哇根结线虫的亲缘关系很远，爪哇根结线虫与链球菌相比，16srRNA的基因发生了较大的改变。1179357535750114328542756971185399511371279139716srna:ringency45window10016sRNAa横坐标：链球菌mutans16SrRNA基因序列sulfolobus纵坐标：硫磺矿硫化叶菌p2完全基因组序列图像分析：由上图可以看出，对角线上有一条不明显的实线，说明硫磺矿硫化叶菌p2与链球菌的亲缘关系较远，对角线为一些断断续续的点，说明基因发生了较大的突变。:ringency50window10016sRNA2横坐标：运动发酵单胞菌subspmobilis部分的16srRNA基因序列16sRNA3纵坐标：霍乱弧菌局部的16srRNA基因序列图像分析:由上图可以看出,对角线上有一条明显的实线，说明运动发酵单胞菌与霍乱弧菌有较近的亲缘关系，同时可以看出，在对角线的A点和B点各有一处垂直方向上的位移，说明霍乱弧菌与运动发酵单胞菌相比，在这两处上发生删除突变，在C点有一间断，说明在此处发生了基因缺失。:ringency50window10016sRNA2横坐标：运动发酵单胞菌subspmobilis部分的16srRNA基因序列16sRNA4纵坐标：嗜热脂肪地芽孢杆菌局部的16srRNA基因序列图像分析：由上图可以看出,对角线上有一条明显的实线，说明运动发酵单胞菌与嗜热脂肪地芽孢杆菌有较近的亲缘关系，同时可以看出，在对角线的A点和B点各有一处垂直方向上的位移，说明嗜热脂肪地芽孢杆菌与运动发酵单胞菌相比，在这两处上发生删除突变，在C点有一间断，说明在此处发生了基因缺失。:ringency50window10016sRNA2横坐标：运动发酵单胞菌subspmobilis部分的16srRNA基因序列16sRNA5纵坐标：肠球菌种局部的16srRNA基因序列图像分析：由上图可以看出,对角线上有一条明显的实线，说明运动发酵单胞菌与肠球菌有较近的亲缘关系，同时可以看出，在对角线的A点和B点各有一处垂直方向上的位移，说明肠球菌与运动发酵单胞菌相比，在这两处上发生删除突变，在C点有一间断，说明在此处发生了基因缺失。19318527736946155364573782517514922329737144551959366776816srna2:ringency38window8016sRNA2横坐标：运动发酵单胞菌subspmobilis部分的16srRNA基因序列melmttrna纵坐标：爪哇根结线虫的16srRNA基因序列图像分析：由上图可以看出，对角线上几乎看不出有明显的实线，说明运动发酵单胞菌与爪哇根结线虫的亲缘关系很远，爪哇根结线虫与运动发酵单胞菌相比，16srRNA的基因发生了较大的改变。11653294936578251133265397529661793925105711891321139716srna2:ringency44window10016sRNA2横坐标：运动发酵单胞菌subspmobilis部分的16srRNA基因序列sulfolobus纵坐标：硫磺矿硫化叶菌p2部分16srRNA基因序列图像分析：由上图可以看出，对角线上有一条不明显的实线，说明硫磺矿硫化叶菌p2与运动发酵单胞菌的亲缘关系较远，对角线为一些断断续续的点，说明基因发生了较大的突变。19919729539349158968318116124132140148156164172183116srna3:ringency48window8016sRNA3横坐标：霍乱弧菌局部的16srRNA基因序列16sRNA4纵坐标：嗜热脂肪地芽孢杆菌局部的16srRNA基因序列图像分析：由上图可以看出,对角线上有一条明显的实线，说明霍乱弧菌与嗜热脂肪地芽孢杆菌亲缘关系较近，在实线的A点和B点有两处间隔，说明嗜热脂肪地芽孢杆菌与霍乱弧菌相比发生了基因缺失，在C点有一处重叠，说明在这一处发生了基因重复，没有插入与删除突变发生。111322533744956169319118127136145154163172181193816srna3:ringency50window7016sRNA3横坐标：霍乱弧菌局部的16srRNA基因序列16sRNA5纵坐标：肠球菌种局部的16srRNA基因序列图像分析：由上图可以看出,对角线上有一条明显的实线，说明霍乱弧菌与肠球菌亲缘关系较近，在实线的A点和B点有两处间隔，说明肠球菌与霍乱弧菌相比在这两处发生了基因缺失，在C点有垂直方向上的位移，说明在这一处发生了删除突变。19518928337747156565969317715322930538145753360968579816srna3:ringency36window7016sRNA3横坐标：霍乱弧菌局部的16srRNA基因序列melmttrna纵坐标：爪哇根结线虫的16srRNA基因序列图像分析：由上图可以看出，对角线上几乎看不出有明显的实线，说明霍乱弧菌与爪哇根结线虫的亲缘关系很远，爪哇根结线虫与霍乱弧菌相比，16srRNA的基因发生了较大的改变。11693375056831135269403537671805939107312071341141716srna3:ringency43window8016sRNA3横坐标：霍乱弧菌局部的16srRNA基因序列sulfolobus纵坐标：硫磺矿硫化叶菌p2部分16srRNA基因序列图像分析：由上图可以看出，对角线上有一条不明显的实线，说明硫磺矿硫化叶菌p2与霍乱弧菌的亲缘关系较远，对角线为一些断断续续的点，说明基因发生了较大的突变。111322533744956167378584119118127136145154163172181193816srna4:ringency49window7016sRNA4横坐标：嗜热脂肪地芽孢杆菌局部的16srRNA基因序列16sRNA5纵坐标：肠球菌种局部的16srRNA基因序列由上图可以看出,对角线上有一条明显的实线，说明嗜热脂肪地芽孢杆菌与肠球菌亲缘关系较近，在实线的A点有一处间隔，说明肠球菌与嗜热脂肪地芽孢杆菌相比在这一处发生了基因缺失，没有插入删除等突变。19518928337747156565975383117715322930538145753360968578816srna4:ringency40window6016sRNA4横坐标：嗜热脂肪地芽孢杆菌局部的16srRNA基因序列melmttrna纵坐标：爪哇根结线虫的16srRNA序列图像分析：由上图可以看出，对角线上几乎看不出有明显的实线，说明嗜热脂肪地芽孢杆菌与爪哇根结线虫的亲缘关系很远，爪哇根结线虫与嗜热脂肪地芽孢杆菌相比，16srRNA的基因发生了较大的改变。11693375056738311135269403537671805939107312071341141716srna4:ringency50window6016sRNA4横坐标：嗜热脂肪地芽孢杆菌局部的16srRNA基因序列sulfolobus纵坐标：硫磺矿硫化叶菌p2部分16srRNA基因序列图像分析：由上图可以看出，对角线上有一条不明显的实线，说明硫磺矿硫化叶菌p2与嗜热脂肪地芽孢杆菌的亲缘关系较远，对角线为一些断断续续的点，说明基因发生了较大的突变。195189283377