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中科院上海生命科学研究院计算生物学研究所：计算生物学研究所成立于2005年10月，是中国科学院和德国马普学会合作共建、联合资助、共同管理的一个国际化研究机构。其建所宗旨是：致力于与实验科学紧密结合的计算和理论生物学研究，补充完善上海生命科学研究院和马普研究所的科研系统，传播科学知识，培养造就人才，以简洁优美的语言解读生命玄机，为推动生命科学发展做出积极贡献。研究所依托上海生命科学研究院，在管理模式和运作机制方面借鉴了马普学会所属研究机构的有益经验。研究所享有科学研究方面的完全自主权，其进行科学研究的主体是实验室和青年科学家小组。实验室主任和青年科学家小组组长由研究所的核心委员会在世界范围内遴选产生，实验室主任同时为研究所所长。由所长组成的所长委员会实施对研究所的日常管理，并对研究所理事会全面负责。同时，研究所的发展及所开展的科学研究工作受到来自世界范围的科学家组成的专家委员会依据国际标准进行的持续质量监控，以保证研究所科研工作的质量和发展方向。成立以来，研究所积极探索具有自身特点的发展模式，努力加强研究所的人才队伍建设、学科方向建设、科研条件建设，大力推进国际合作，积极构建灵活高效的科学管理体系，已取得显著成效。目前研究所已初具规模，基本架构已经形成，开始步入一个健康成长、快速发展的新阶段。在人才队伍建设方面，研究所现已拥有来自9个国家包括科研、管理、支撑在内70余人的高素质人才队伍，云集了一批世界范围内从事计算生物学研究的优秀科研人才。目前，研究所已有4名实验室主任（所长）、3名青年科学家小组组长和11名课题组长（PI），他们共同组成了伙伴所的科研骨干队伍，其成员全部为国外引进人才，其中外籍人数占到68%。在读硕博连读研究生39人，其中博士生12人，另有2名中外联合培养博士生。在站博士后6人，其中4人为外籍。在科研能力建设方面，研究所已建立了组合数学与几何学、计算基因组学、调控基因组学、生物物理学4个实验室以及比较生物学、蛋白质力学与进化、植物系统生物学3个青年科学家小组，围绕数学在生物学中的应用形成了具有比较优势的科研阵容和学科发展方向。在科研产出方面，研究所的研究工作已取得积极进展，科研成果初见端倪。现已累计发表论文60篇，有50篇论文被SCI收录，平均影响因子达到5.265，出版专著2部，承担国家各类科技计划项目9项。在科研条件建设方面，研究所构建了Apple和Linux两套计算系统，计算生物集群系统规模已经扩大到200个运算节点,拥有1200个高性能CPU核，基本具备了处理海量生物信息的能力，初步形成了支撑计算生物学研究的条件平台。同时，研究所整合所内资源，建立了用于辅助性“湿性”实验和用作国外访问学者客座研究的UliSchwarz实验室。在学术交流与合作方面，研究所先后与10多个国家的30多所大学、研究机构以及国内的数十家单位建立了紧密联系，开展了实质性合作。已累计接待国际访问学者160余人，应邀来所讲学的诺贝尔奖获得者3人，举办生物数学、结构生物学等10多期公开培训课程，培训国内外学生500多人次。研究所成立来的发展实践已受到了世界同行的热切关注，在国际学术界产生了积极的影响，作为世界科学家从事计算生物学研究的国际平台作用日益彰显出来，在引领我国新兴交叉学科发展中发挥了重要作用。中科院上海生命科学研究院研究生培养必修环节日程表序号项目主要内容完成时间表格备注1课程学习计划根据研究生培养方案和个人情况选择学习课程。第一学期9月；第二学期2月选课登记表(研究生课程设置)课程学习管理办法2实验室轮转学习和掌握相关学科的知识和实验技能，了解有关学科动态，以提高动手能力、开拓科研思路。第一实验室：第一学期9月-11月中旬第二实验室：第一学期11月中-2月1、Rotation意向表2、Rotation成绩评定表实验室轮转细则3双向选择导师和学生双向选择，研究生确定学位论文导师第一学期末导师和学生双向选择表双向选择规定4开题报告导师指导研究生确定论文题目、拟定论文计划。硕士：第二学年11月博士：第一学年5月研发研究生开题报告评审办法其他所由课题组负责组织。5中期考核1、审核学位课程完成情况；2、考查研究生论文工作进展；3、转博资格认定第二学年5月1、中期考核登记表2、中期考核评审表3、研发中期考核登记表中期考核实施细则6综述报告基础理论综述专业理论综述第三学年11月（博士）第五学年11月（硕博连读生）综述考核规定7学术报告8论文答辩1、论文格式及学位情况登记表2、学位申请表格答辩资格实施细则在岗研究生导师名单姓名所系名称专业名称研究方向目前博士生数目前硕士生数Mail地址AndreasDress计算生物学研究所计算生物学组合数学与几何学[e-mail]计算生物学研究所计算生物学计算生物学，比较基因组学，拓扑学。[e-mail]计算生物学研究所计算生物学临床基因网络[e-mail]计算生物学研究所计算生物学通过作用机理，动力学性质及分子进化来研究蛋白质及其他生物大分子的功能。[e-mail]计算生物学研究所计算生物学生物物理学[e-mail]计算生物学研究所计算生物学比较生物学[e-mail]计算生物学研究所计算生物学组合学在系统发生学中的应用[e-mail]金力计算生物学研究所计算生物学计算基因组学[e-mail]李海鹏计算生物学研究所计算生物学进化基因组学，群体遗传学[e-mail]唐鲲计算生物学研究所计算生物学人类遗传多样性[e-mail]徐书华计算生物学研究所计算生物学群体基因组学[e-mail]严军计算生物学研究所计算生物学功能基因组学[e-mail]杨劲计算生物学研究所计算生物学信号传递与生物系统[e-mail]曾振柄计算生物学研究所计算生物学生物信息处理技术[e-mail]朱新广计算生物学研究所计算生物学植物系统生物学[e-mail]姓名AndreasDress所系名称计算生物学研究所性别男专业名称计算生物学技术职务研究员行政职务所长Mail地址[e-mail]指导博士生总数34指导硕士生总数3通讯地址上海市岳阳路320号计算生物学研究所目前博士生数0目前硕士生数0邮政编码200031研究方向组合数学与几何学研究工作研究领域包括几何学、代数学、拓扑学、分子进化学、计算生物学、组合学、拓扑化学及图像处理。曾在德国Oberwolfach数学研究所和萨尔洲的瓦登-达格施杜信息研究中心组织过多次学术会议，范围涉及代数K-理论、组合几何学和近似学理论。另外，还在德国BadHonnef物理中心和比勒菲尔德交叉学科研究中心(ZIF)组织过多个学术会议，范围包括结晶图形、拓扑化学、计算和理论生物学等。早期的工作致力于解决纯数学的问题，从基础几何学到数论、拓扑、替换、代数…以及对有限和次有限集合的正则表达理论。与ManfredEigen合作解决了分子进化和计算生物学的相关问题，奠定了相似/相异的正则数学理论的基础，被广泛应用于系统发生学领域。此后，与生物学界开始进行更多的接触与合作，使数学和生物信息学、基因组学紧密地联系起来。近年来，开展了图形处理和图像合成方面的研究工作，它们广泛应用于最优化理论中的组合学和离散数学、结晶图形、化学、医学以及纯数学中的古典代数学和丢番图逼近。获奖情况指导研究生情况34个人简介1962德国基尔大学博士毕业1965基尔大学Habilitation1965-1969柏林自由大学研究员1967/8-1968/9在普林斯顿大学交叉学科研究所中心进行为期一年的学习。1969-2003比勒菲尔德大学数学系全职教授。2003--2005德国马普学会莱比锡数学科学研究所2005.10--中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所所长近期论文[1]I.A.Syed,M.Rehmsmeier,A.DressG.F¨ullen:Comparativehomologyagreementsearch:Aneffectivecombinationofhomology-searchmethods.PNASVol.38,pp13814-13819(2004).[2]OlafDelgadoFriedrichs,AndreasW.M.Dress,DanielHuson,JacekKlinowski,AlanMackay:Systematicenumerationofcrystallinenetworks.Nature,Vol.400,pp644-647(1999).[3]HermannRagg,TatjanaLokot,P.B.Kamp,WilliamR.Atchley,AndreasW.M.Dress:Vertebrateserpins:Constructionofaconflict-freephylogenybycombiningexon-intronanddiagnosticsiteanalyses.MolecularBiologyandEvolution,Vol.18,pp577-584(2001).[4]TianboLiu,EkkehardDiemann,HuilinLi,AndreasW.M.Dress,AchimM¨uller:Self-assemblyinaequeoussolutionofwheel-shapedMo154oxideclustersintovesicles,Nature426,pp59-61(2003).[5]AndreasW.M.Dress:RecentResultsandNewProblemsinPhylogeneticCombinatorics.In:LacienciaylatecnologiaanteelTercerMilenio(I),pp143-162,SociedadEstatalEspanaNuevoMilenio,ed.J.M.S.Ron,Madrid(2002).[6]AndreasW.M.Dress,KatharinaT.Huber,VincentMoulton:AnexplicitcomputationoftheinjectivehullofcertainfinitemetricspacesintermsoftheirassociatedBunemancomplex.AdvancesinMathematics,Vol.168,Iss1,pp1-28(2002).[7]AchimMuller,E.Beckmann,H.Bogge,M.Schmidtmann,AndreasW.M.Dress:Inorganicchemistrygoesproteinsize:AMo-368nano-hedgehoginitiatingnanochemistrybysymmetrybreaking.AngewandteChemie—InternationalEdition,Vol.41,pp1162-1164(2002).[8]AndreasW.M.Dress,StefanGr¨unewald,IvanGutman,MirkoLepovi´c,andDuˇsicaVidovi´c:OnthenumberofWalksinTrees.CommunicationsinMathematicalandComputerChemistry(=MATCH),Vol.48,pp63-85(2003).[9]AndreasW.M.Dress,DraganStev