数学与生物信息科学交叉研究领域文献分析报告

1数学与生物信息科学交叉研究领域文献分析报告邵伟文中国科学院国家科学图书馆冯雷中国科学院数学与系统科学研究院摘要：中科院“创新2020”方案中包括了筹建数学科学交叉应用研究中心这一重要内容，该中心将涉及到“数学与生物信息”这一重要交叉领域，为了对数学与生物信息科学交叉研究领域的发展状况有一个比较清晰的了解，我们从现有文献入手，拟对这方面的SCI收录文献做一个全面的分析整理，试图从国际范围内探索这一领域的发展趋势和前景。本报告详细分析了数学与生物信息科学交叉研究领域现有文献的状况，包括论文产出的增长趋势、论文被引用情况和增长趋势、论文产出的国家和地区以及科研机构、论文产出涉及到的交叉学科、论文登载的期刊情况，详细列出了这些项目的论文数量排名靠前的名单，另外也分析了中国学者在这一领域的研究情况，最后小结提出一些建设性建议。一、论文产出数量和增长趋势从ISI数据库检索到国际上“生物信息科学”领域中被SCI收录的相关文献22454篇，其中与“数学”学科具有交叉的文献3008篇，占这一领域文献量的13.40％，这些文献与数学中各二级类别的交叉分布状况见表一：表一、数学与生物信息科学领域交叉文献中文名称英文名称篇数百分比数学与计算生物学MATHEMATICAL&COMPUTATIONALBIOLOGY238010.5994%数学MATHEMATICS240.1069%应用数学MATHEMATICS,APPLIED2871.2782%数学跨学科应用MATHEMATICS,INTERDISCIPLINARYAPPLICATIONS1180.5255%运筹学与管理科学OPERATIONSRESEARCH&MANAGEMENTSCIENCE1270.5656%数学物理PHYSICS,MATHEMATICAL470.2093%统计学与概率论STATISTICS&PROBABILITY9594.2710%使用ISI分析工具，统计分析数学与生物信息科学交叉领域被SCI收录的3008篇论文的发表年代，可以清晰地看到该领域的论文的产出趋势：从1979至1997年，该领域的文献非常稀少，只是零星的有一些探索，自1998年以来，该领域的文献呈现线性增长趋势，这一阶段到2006之后突然出现一个三年的跳跃式增长，目前仍然在快速增长中（图一）。2图一、数学与生物信息科学交叉领域文献产出数量和趋势该领域的3008篇文献至今已经被引用25553次，篇均被引8.5次，单篇最高被引685次，引文自二十一世纪以来呈现指数增长的趋势（图二），该领域的文献价值的影响力越来越大，说明这一交叉领域得到了科研人员较大的关注。另外表二列出了该领域被引Top25文献，中国学者有两篇论文进入top25文献。图二、数学与生物信息科学交叉领域文献引文产出数量和趋势表二、数学与生物信息科学交叉领域被引Top25文献序号文献信息被引次数年均被引1标题:UsingBayesiannetworkstoanalyzeexpressiondata作者:FriedmanN,LinialM,NachmanI,etal.会议信息:4thAnnualInternationalConferenceonComputationalBiology68562.273(RECOMB2000),APR08-11,2000TOKYO,JAPAN来源出版物:JOURNALOFCOMPUTATIONALBIOLOGY卷:7期:3-4页:601-620出版年:20002标题:Thesystemsbiologymarkuplanguage(SBML):amediumforrepresentationandexchangeofbiochemicalnetworkmodels作者:HuckaM,FinneyA,SauroHM,etal.来源出版物:BIOINFORMATICS卷:19期:4页:524-531出版年:MAR1200354067.503标题:Modelingandsimulationofgeneticregulatorysystems:Aliteraturereview作者:DeJongH来源出版物:JOURNALOFCOMPUTATIONALBIOLOGY卷:9期:1页:67-103出版年:200250355.894标题:FatiGO:awebtoolforfindingsignificantassociationsofGeneOntologytermswithgroupsofgenes作者:Al-ShahrourF,Diaz-UriarteR,DopazoJ来源出版物:BIOINFORMATICS卷:20期:4页:578-580出版年:MAR1200440057.145标题:Taverna:atoolforthecompositionandenactmentofbioinformaticsworkflows作者:OinnT,AddisM,FerrisJ,etal.来源出版物:BIOINFORMATICS卷:20期:17页:3045-3054出版年:NOV22200433047.146标题:Evaluationofmethodsforthepredictionofmembranespanningregions作者:MollerS,CroningMDR,ApweilerR来源出版物:BIOINFORMATICS卷:17期:7页:646-653出版年:JUL200130030.007标题:Cd-hit:afastprogramforclusteringandcomparinglargesetsofproteinornucleotidesequences作者:LiWZ,GodzikA来源出版物:BIOINFORMATICS卷:22期:13页:1658-1659出版年:JUL1200624949.808标题:GOTreeMachine(GOTM):aweb-basedplatformforinterpretingsetsofinterestinggenesusingGeneOntologyhierarchies作者:ZhangB,SchmoyerD,KirovS,etal.来源出版物:BMCBIOINFORMATICS卷:5文献编号:16出版年:FEB18200421831.149标题:InvestigatingsemanticsimilaritymeasuresacrosstheGeneOntology:therelationshipbetweensequenceandannotation作者:LordPW,StevensRD,BrassA,etal.来源出版物:BIOINFORMATICS卷:19期:10页:1275-1283出版年:JUL1200319023.75410标题:Reconstructionofmetabolicnetworksfromgenomedataandanalysisoftheirglobalstructureforvariousorganisms作者:MaHW,ZengAP来源出版物:BIOINFORMATICS卷:19期:2页:270-277出版年:JAN22200315919.8811.标题:PredictionofMHCclassII-bindingpeptidesusinganevolutionaryalgorithmandartificialneuralnetwork作者:BrusicV,RudyG,HoneymanM,etal.来源出版物:BIOINFORMATICS卷:14期:2页:121-130出版年:199815211.6912.标题:[e-mail]:theGolmMetabolomeDatabase作者:KopkaJ,SchauerN,KruegerS,etal.来源出版物:BIOINFORMATICS卷:21期:8页:1635-1638出版年:APR15200514323.8313标题:Automatedgenomesequenceanalysisandannotation作者:AndradeMA,BrownNP,LeroyC,etal.来源出版物:BIOINFORMATICS卷:15期:5页:391-412出版年:MAY199913411.1714标题:Phospho.ELM:Adatabaseofexperimentallyverifiedphosphorylationsitesineukaryoticproteins作者:DiellaF,CameronS,GemundC,etal.来源出版物:BMCBIOINFORMATICS卷:5文献编号:79出版年:JUN22200412718.1415标题:Computationalclustervalidationinpost-genomicdataanalysis作者:HandlJ,KnowlesJ,KellDB来源出版物:BIOINFORMATICS卷:21期:15页:3201-3212出版年:AUG1200512020.0016标题:Miningliteratureforprotein-proteininteractions作者:MarcotteEM,XenariosI,EisenbergD来源出版物:BIOINFORMATICS卷:17期:4页:359-363出版年:APR200112012.0017标题:Inferringqualitativerelationsingeneticnetworksandmetabolicpathways作者:AkutsuT,MiyanoS,KuharaS来源出版物:BIOINFORMATICS卷:16期:8页:727-734出版年:AUG200011810.7318标题:FunctionalandstructuralgenomicsusingPEDANT作者:FrishmanD,AlbermannK,HaniJ,etal.来源出版物:BIOINFORMATICS卷:17期:1页:44-57出版年:JAN200111711.7019标题:Combiningphylogeneticdatawithco-regulatedgenestoidentifyregulatorymotifs作者:WangT,StormoGD来源出版物:BIOINFORMATICS卷:19期:18页:2369-2380出版年:DEC1211614.505200320标题:DatamininginbioinformaticsusingWeka作者:FrankE,HallM,TriggL,etal.来源出版物:BIOINFORMATICS卷:20期:15页:2479-2481出版年:OCT12200411115.8621标题:Adynamicprogrammingapproachtodenovopeptidesequencingviatandemmassspectrometry作者:ChenT,KaoMY,TepelM,etal.来源出版物:JOURNALOFCOMPUTATIONALBIOLOGY卷:8期:3页:325-337出版年:200110810.8022标题:Mismatchstringkernelsfordiscriminativeproteinclassification作者:LeslieCS,EskinE,CohenA,etal.来源出版物:BIOINFORMATICS卷:20期:4页:467-476出版年:MAR1200410515.0023标题:TAMBIS:Transparentaccesstomultiplebioinformaticsinformationsources作者:StevensR,BakerP,BechhoferS,etal.来源出版物:BIOINFORMATICS卷:16期:2页:184-185出版年:FEB20001049.4524标题:EXACTANDAPPROXI