安装ubuntu硬盘版单机并行编译lammps

Windows7下安装ubuntu12.04，并行编译lammps教程。软件准备：ubuntuxx.iso，EasyBCD，lammps。其余软件在联网条件才能获得。将要作为ubuntu安装盘的空间在win7磁盘管理下删除，这样在win7下就不能看到其系统盘，而ubuntu下可看见windows7的系统盘。1，安装EasyBCD软件并打开，添加新的启动菜单（addnewentry）=》neogrub=》安装(install)=》配置(configure)，将下列英文复制入文件：titleInstallUbunturoot(hd0,0)kernel(hd0,0)/vmlinuzboot=casperiso-scan/filename=/ubuntu-11.10-i386.isoroquietsplashlocale=zh_CN.UTF-8initrd(hd0,0)/initrd.lz绿色部分为当前win7安装盘的物理位置，第n块盘的第n个分区，从零起计。红色部分为准备好的系统镜像iso文件名。保存，关闭软件。2，用解压软件或者虚拟光驱打开iso文件，将镜像中.disk文件夹，以及casper文件夹下initrd.lz与vmlinuz复制进入win7安装盘根目录。再将系统镜像iso文件复制入同样目录下。3，重启计算机，选择进入neogrub加载引导项，选择installubuntu，进入ubuntu安装桌面。此时打开系统终端输入sudoumount–l/isodevice。关闭终端开始安装系统。为节约时间，选择安装时不更新，不安装第三方软件。选择其他安装选项。选中为ubuntu预留的磁盘空白分区，双击选择文件类型ext4，目录为/，勾选格式化，安装驱动器选择整个硬盘。安装开始。4，安装ubuntu完毕重启，系统选择菜单中windowsloader为windows入口。进入ubuntu系统，联网，打开ubuntu软件中心，编辑=》软件源=》选择最佳服务器。5，安装lammps所需组件。Sudoapt-getinstallbuild-essential,以及gfortran，csh，libjpeg62，libjpeg62-dbg，libjpeg62-dev，mpich2。手动安装fftw2，下载安装包，安装命令如下：$cd/usr/local/src$sudotarxzvf~/Downloads/fftw-2.1.5.tar.gz$cdfftw-2.1.5$sudo./configure--prefix=/usr/local/fftw2--enable-float$sudomake$sudomakeinstall安装mpich2，可手动，或apt-get命令。6，下载lammps安装包，修改makefile.g++#g++=RedhatLinuxbox,g++,MPICH2,FFTW...#compiler/linkersettingsCC=g++CCFLAGS=-g-OSHFLAGS=-fPICDEPFLAGS=-MLINK=g++LINKFLAGS=-g–OLIB=SIZE=sizeARCHIVE=arARFLAGS=-rcSHLIBFLAGS=-shared...#LAMMPSifdefsettings,OPTIONALLMP_INC=-DLAMMPS_GZIP-DLAMMPS_JPEG...#MPIlibrary,REQUIREDMPI_INC=-DMPICH_SKIP_MPICH2-I/usr/local/mpich2/include#即mpi.h的路径MPI_PATH=-L/usr/local/mpich2/lib#即libmpich.a的路径MPI_LIB=-lmpich-lmpl-lpthread...#FFTlibrary,OPTIONALFFT_INC=-DFFT_FFTW2-I/usr/local/fftw2/include#即fftw.h的路径FFT_PATH=-L/usr/local/fftw2/lib#即libfftw.a的路径FFT_LIB=-lfftw#可以理解为，将-l换成lib，后面添加.a后缀，就是libfftw.a这个库文件了...#JPEGlibrary,OPTIONALJPEG_INC=-I/usr/include#即jpeglib.h的路径JPEG_PATH=-L/usr/lib/i386-linux-gnu#即libjpeg.a的路径JPEG_LIB=-ljpeg7，进行Make。$cd~/lammps/src$makeclean-all$makeyes-all$makeno-gpuno-kimno-reaxno-user-atcno-user-awpmdno-user-cudano-user-colvarsno-voronoi$sudomakeg++8，如果出现/usr/bin/ld:cannotfind–lcolvars,则使用makeno-user-colvars/usr/bin/ld:cannotfind–lpoems,则cd到lammps/lib/poems，然后sudomake–fMakefile.g++/usr/bin/ld:cannotfind–lmeam,则cd到lammps/lib/meam，然后sudomake–fMakefile.gfortran9，makeg++，生成lmp_g++可执行文件则编译成功完成。将lmp_g++复制到/usr/bin目录下$sudomv~/lammps/src/lmp_g++/usr/bin，测试mpirun–nXlmp_g++XX.XXX。开始计算则搞定。10，安装VMD。./configureLINUXAMD64cdsrcsudomakeinstall11，如果想要删除windows启动项中的neogrub加载项，只需进入win7下打开EasyBCD软件将neogrub删除，再删除C盘中移动进去的文件就ok。12，Ubuntu进入图形界面sudorm/etc/X11/xorg.conf然后sudoreboot