基因组学复习参考

基因组学复习参考（个人见解）1、原核与真核生物基因组在结构与进化上的异同（古细菌也要留意）2、遗传图、物理图的绘制方法3、什么是重复序列？重复序列的种类有哪些（包括原核与真核生物）？4、DNA测序的基本方法有酶法（桑格法）、化学法两种，描述其原理，解释两种方法的化学反应原理。（可绘图）5、全基因组序列的测定方法有两种：散弹法和逐个克隆测定法。以细菌基因组（水稻基因组等）为例，解释测定全基因组DNA序列的基本过程和基本原理。6、近年来蛋白质组学有哪些主要研究方法？它们的基本原理是什么？7、表观遗传学的定义、包括哪些内容、研究方法8、转录组的定义、研究的基本方法和实验原理9、列举第二代测序仪的种类及基本测序原理？10、全基因组关联性研究和研究的基本方法？（GWAS）这些是基因组学中比较重要的十大问题。其余还有1、列举几种已经测定序列的生物基因组（如人类、小鼠、鸡、水稻、家蚕和果蝇等）2、SNP、EST、LGT、VGT、RNA-Seq、酵母双杂交、SAGE、RT-PCR\GC含量、宏基因组、泛基因组等概念3、分子生物学相关问题：RNA的剪切的几种形式，生物获得新基因的基本途径，非编码RNA的种类与功能，DNA的修复，组蛋白修饰等4、细胞生物学相关问题：肿瘤细胞特征及肿瘤发生关键因素，线粒体、叶绿体特点及起源5、生物信息学相关问题：常用的生物信息学数据库及序列比对常用的软件和其特点，基因识别的常用软件和原理6、基因工程相关问题：基因组文库构建与常见载体等下面是咱们所基因组学的考试大纲还有历年基因组学试题，大家可以参考一下，希望对大家复习有所帮助。中国科学院北京基因组研究所研究生入学考试《基因组学》考试大纲一、考试内容1.基因组导论考试内容基因组学的研究对象和发展历程基因在DNA水平、RNA和蛋白质水平的定义基因组的定义和基因组的分类基因学研究的基本内容基因组学研究的基本技术与方法考试要求了解基因组研究的基本对象、内涵和最新进展了解基因的结构单元、功能单元和表型单元了解基因组研究的基本方法：物理图谱的制作、DNA测序和注释理解基因组组分变化的基本参数：GC含量、GC-skew、嘌呤含量掌握基因组重复序列的分类（包括原核生物和真核生物）2．遗传密码与基因组的进化考试内容遗传密码的发现遗传密码的排列和内容导向的排列RNA世界假说遗传密码的进化GC含量变化与密码子的动态关系考试要求记忆密码子表的密码子和氨基酸的排列简述遗传密码中密码子排列的规律和基本关系解释什么是RNA世界和了解细胞器的起源举例解释密码子进化的假说解释密码子或氨基酸变化与DNA组分动态变化的关系（原核生物基因组）3．微生物基因组学考试内容真细菌基因组古细菌基因组极端环境微生物基因组单细胞真核基因组宏基因组考试要求全面了解真细菌基因组的结构和复制起始位点全面了解古细菌基因组的结构和复制起始位点了解细菌基因组的重复序列和极端环境微生物基因组的特点全面了解横向转移的发生和对细菌基因组进化的意义了解酵母基因组的大小和染色体的数量4.脊椎动物基因组学考试内容目前已经测定的脊椎动物基因组有哪些灵长类基因组间的差异哺乳动物Y染色体的进化脊椎动物2R假说的内容和根据脊椎动物基因数量的增加和基因大小的增加考试要求了解脊椎动物基因组中基因结构的特点了解基因结构与重复序列的关系列举种群特异的重复序列分类了解脊椎动物基因组进化的基本动力理解脊椎动物基因数量的概念4.节肢动物基因组考试内容昆虫基因组大小的变化范围和结构的特点昆虫基因组重复序列与进化节肢动物基因组结构与脊椎动物基因组的差异昆虫基因组研究为模式生物研究提供了基本生物学基础昆虫基因组研究与经典遗传学研究的关系考试要求了解昆虫基因组重复序列的种类了解昆虫基因组大小的变化节肢动物基因组研究的进展有哪些以昆虫为模式的生物学研究内容有哪些了解利用昆虫为模式的遗传学研究5.其他多细胞动物基因组和转录组研究考试内容线虫基因组转录组研究非编码RNA小RNA的种类和定义表观遗传学和甲基化考试要求了解线虫基因组和基因的结构特点了解转录组研究的基本技术和方法了解近年来非编码RNA和小RNA研究的进展解释DNA甲基化和组蛋白修饰研究的方法6.植物基因组考试内容已经测序的植物基因组和植物基因组结构的特点植物基因进化的原动力是基因组的重复（加倍）植物基因组的共线性杂交优势研究的理论植物基因组研究的特点考试要求了解植物基因组结构的特点熟悉植物基因组中的重复序列植物基因组多倍体与基因组进化的关系了解植物家养化过程中基因的变化了解植物杂交优势的分子机理研究了解植物基因组研究的最新进展（有哪些基因组的全序列是已知的）7．人类基因能组研究考试内容人类基因组计划（理由、计划与实施）人类基因组计划的后续工作癌症和常见疾病的研究方法全基因组关联性（WholeGenomeAssociation）研究人类基因组与灵长类基因组的基本差异考试要求了解人类基因组计划的历史不同定义下人类基因组基因的数量什么是SNP和HapMap计划什么是全基因关联性研究和研究的基本方法了解人类基因组研究的进展8.基因组研究技术与方法考试内容下一代基因组测序技术基因测序技术的发展历史发现和鉴定基因功能的方法蛋白质组研究的基本方法和原理（如双向电泳和质谱）蛋白质的功能域考试要求市场上有哪些“下一代”测序仪？解释“下一代”测序仪的基本技术原理了解基因标签的研究方法和数据分析原理简述鉴定蛋白的基本方法分析蛋白质功能域的方法9.基因组信息分析考试内容基因组信息研究与数据库基因表达数据分析与数据库基因的组装和重复序列识别基因识别DNA序列的进化分析考试要求了解国际主要数据库（如Genbank）和常用工具（如blast）了解EST、序列标签（尤其是新一代测序仪产生的数据）和芯片数据等数据库的基本内容了解基因组序列组装的基本原理了解基因识别软件和原理（包括真核与原核生物基因组）掌握DNA序列进化研究的基本方法和常用软件主要参考书目：序号/书名/作者/出版社/备注1）基因组III；T.A.布朗；袁建刚（译）；科学出版社。2)基因Ⅷ；本杰明·卢因；余龙、江松敏、赵寿元（译）；科学出版社。中国科学院北京基因组研究所2006年招收攻读硕士学位研究生入学考试专业试题科目名称：基因组学科目代码：344考试时间：2006年1月15日上午8：30-11：30一、基本概念（50分）1．列举原核与真核生物基因在基本结构上的异同。（5分）2．解释RT-PCR的基本原理与应用。（5分）3．列举真细菌（eubacteria）DNA聚合酶的亚基和它们的基本功能。（5分）4．列举十种已经测定序列的大型真核生物基因组（大于100Mb）。（5分）5．解释什么是SNP及其应用。（5分）6．人类、小鼠、鸡、水稻、家蚕和果蝇基因组的大小（用Mb表示）是多少？（5分）7．什么是DNA文库？制作DNA文库的载体有几种（根据插入片段的大小，至少列出三种以上）。（5分）8．什么是重复序列？重复序列的种类有哪些（包括原核与真核生物）？（10分）9．举例说明什么是RNA选择剪切。（5分）二、问答题（共100分）1．DNA测序的基本方法有酶法与化学法两种，请绘图解释两种方法的化学反应原理。（10分）2．除mRNA和rRNA外，还有哪些有功能的RNA？它们在细胞里的基本功能如何？（20分）3．全基因组序列的测定方法有两种：散弹法和逐个克隆测定法。以细菌基因组为例，解释测定全基因组DNA序列的基本过程和基本原理。（10分）4．虚拟5个DNA序列，并用这些序列构建基因进化树。你需要什么信息才能用这些序列算出进化的大致时间？（20分）5．简述在RNA水平上研究基因表达的基本方法（至少五种）和原理。（20分）6．近年来蛋白质组学有哪些主要研究方法？它们的基本原理是什么？（10分）7．绘图解释基因组物理图谱的基本制作方法和过程（至少两种方法）（10分）科目名称：基因组学第1页共1页中国科学院北京基因组研究所2007年招收攻读硕士学位研究生入学统一考试专业试题科目名称：基因组学科目代码：714考试时间：2007年1月21日上午8：30-11：30一、基本概念（共8题，共50分）1．解释PCR，RT-PCR，和定量PCR的基本原理与应用。（10分）2．解释什么是EST，并简述其应用。（5分）3．人类、鸡、拟南芥、水稻、家蚕和果蝇基因组的大小（用Mb表示）大约是多少？（5分）4．列出三种以上用于制作大片段DNA文库的载体（大于30Kb）。（5分）5．细菌基因组有哪些种类的重复序列？举例说明。（5分）6．人类基因组有哪些种类的重复序列？举例说明。（10分）7．基因组的功能单元是基因，原核生物基因组获得新基因的重要途径是什么？（5分）8．真核生物获得基因的最基本途径是什么？（5分）二、问答题（共6题，共100分）1．DNA测序的基本方法有酶法（桑格法）、化学法和合成法（Sequence-by-synthesis）三种，请绘图解释三种方法的化学反应原理。（15分）2．多细胞生物有几种非编码RNA，列举它们的种类和在细胞里的基本功能。（25分）3．测定全基因组序列的方法有两种：散弹法和逐个克隆测定法。以细菌基因组为例，解释测定全基因组DNA序列的基本过程和基本原理。（10分）4．绘图解释用限制性内切酶制作基因组物理图谱的基本方法和过程。（10分）5．基因组的大小是如何测定的？列举至少三种方法并说明原理。（20分）6．列举可能的基因重复（GeneDuplication）种类。重复发生后，两个功能相同的基因中会有一个自由变化，或在选择的压力下固定。假如有一个RNA水解酶，在pH7时活性最高，那么在重复后（一个基因组里有两个拷贝）它会发生哪些可能的变化呢？（20分）科目名称：基因组学科目代码：714第1页共1页中国科学院北京基因组研究所2008年招收攻读硕士学位研究生入学统一考试专业试题科目名称：基因组学科目代码：724考试时间：2008年1月20日上午8：30-11：30一、基本概念（50分）1．列举你所知道的DNA序列比对分析工具。（5分）2．原核生物基因组GCSkew的计算公式和基本意义是什么？（5分）3．人类基因组大约有多少基因？（5分）4．用YAC(YeastArtificialChromosomes)系统制作DNA文库时，一般插入片段的长度是多少（范围即可，用Kb表示）？（5分）5．解释用DNA序列推断物种进化关系的原理。（5分）6．何谓横向基因转移？有何生物学意义？（5分）7．人类基因组有哪些种重复序列？举例说明。（10分）8．什么是人类的遗传图谱，解释制作遗传图谱的方法？（10分）二、问答题（共100分）1．描述酶法（桑格法）测序定DNA的基本步骤和化学反应原理。（15分）2．列举已知非编码区（不编码蛋白质）的保守序列种类，尽可能说明它们的种类和在细胞里的基本功能。（25分）3．全基因组序列的测定方法之一是散弹法（Shotgun）。以细菌基因组为例，解释测定全基因组DNA序列的基本过程。（10分）4．绘图解释小片段基因组DNA文库（以质粒为载体）的制作流程。（10分）5．列举研究转录组（基因表达产物RNA的总和，包括编码蛋白质和不编码蛋白质的RNA）的基本方法。（20分）6．举例说明几种RNA的剪切形式。（20分）科目名称：基因组学科目代码：724第1页共1页2009年招收攻读硕士学位研究生入学统一考试专业试题科目名称：基因组学科目代码：724考试时间：2009年1月11日上午8：30-11：30一、基本概念（共50分）1．列举你所知道的用DNA和蛋白质序进行列进化关系（画进化树）分析的软件或软件包。（5分）2．基因组GC含量的计算公式和基本意义是什么？（5分）3．你所知道的]人类基因组的大小和基因数量。（5分）4．列举可以用来制作大型基因组物理图谱的克隆类型和插入片段的大小。（