关于免疫学的一些基本知识

Scfv：单链抗体可变区基因片段完整抗体的相对分子质量较大，体内应用时难以穿越血管进入靶部位。单链抗体(single—chainantibodyfragment)：一种有效治疗淋巴瘤的疫苗。对抗体基因重组，由抗体重链可变区和轻链可变区通过15～20个氨基酸的短肽(linker)连接而成。在目标特定的scFv上连接放射性核素、生物毒素、药物，将极大增强对靶细胞的杀伤能力。其相对分子质量约为２５０００，仅为完整抗体的１／６。单链抗体相对分子质量小，容易通过血管壁，容易穿透实体瘤，是导向药物首选的载体；单链抗体免疫原性弱，不易引起超敏反应和排斥反应；单链抗体无Ｆｃ段，不与非靶细胞的Ｆｃ受体结合，在影像分析中非特异性少；单链抗体在体内清除快，用作造影时对周围组织损伤小；单链抗体易于构建和表达，易于大批量制备等优点。CD20抗原CD20是在B细胞表面表达的四穿膜蛋白家族的跨膜蛋白，并且已在来自周围血以及淋巴组织的B细胞上发现。CD20表达从早期前B细胞阶段持续至浆细胞分化阶段。相反，而在造血干细胞、血浆细胞和其他正常组织中不表达。除在正常B细胞中表达外，CD20还在例如非霍奇金氏淋巴瘤(NHL)和B细胞慢性淋巴细胞性白血病(CLL)等B细胞源性恶性肿瘤中表达。已知表达CD20的细胞在包括炎症的其它疾病和病症中起作用。CD20抗原是一种B细胞分化抗原，仅位于前B细胞和成熟B细胞，它在95%以上的B细胞性淋巴瘤中表达，CDRs：比较不同特异性抗体的VL和VH的氨基酸顺序显示，变异仅集中在其中少数区域的氨基酸上(15％～20％)，称为超变区(hypervariable)超变区是抗体的抗原结合位，与抗原决定簇的结构互补，故又称为互补决定区(complementarity－determiningregions，CDRs)。hBAFF：人B淋巴细胞激活因子，与人体免疫调控密切相关的细胞因子，属肿瘤坏死因子（TNF）超家族。作为B淋巴细胞发育的正调节因子，具有促进B淋巴细胞分化、存活的作用，而过多的B淋巴细胞可导致B淋巴细胞过度活化，促使机体产生大量抗核抗体等。导致炎症反应，诱发自身免疫性疾病。CAR-T，全称是ChimericAntigenReceptorT-CellImmunotherapy，嵌合抗原受体T细胞免疫疗法。这是一个出现了很多年，但是近几年才被改良使用到临床上的新型细胞疗法。和其它免疫疗法类似，它的基本原理就是利用病人自身的免疫细胞来清除癌细胞，但是不同的是，这是一种细胞疗法，而不是一种药。CAR-T治疗流程：第一步，从癌症病人身上分离免疫T细胞。第二步、利用基因工程技术给T细胞加入一个能识别肿瘤细胞，并且同时激活T细胞杀死肿瘤细胞的嵌合抗体，T细胞变身CAR-T细胞，靶向杀死癌细胞。第三步、体外培养，大量扩增CAR-T细胞，一般一个病人需要几十亿，乃至上百亿个CAR-T细胞。第四步、把扩增好的CAR-T细胞输回病人体内杀死癌细胞。在天然抗体分子中,有两条重链和两条轻链。每条重链和每条轻链在其N-末端有一个可变区。每个可变区由4个构架区(FR)和交互的3个互补性决定区(CDR)组成。通常可变区的残基按照Kabat等发明的系统编号。GEO也可指geneexpressionomnibus（高通量基因表达）。GEODataSets储存由GeneExpressionOmnibus(GEO)repository中得来的基因表达以及分子丰富性的数据。基因芯片（又称DNA芯片、生物芯片）技术该技术系指将大量（通常每平方厘米点阵密度高于400）探针分子固定于支持物上后与标记的样品分子进行杂交，通过检测每个探针分子的杂交信号强度进而获取样品分子的数量和序列信息。1、GEO上有四类数据GSM,GSE,GDS,GPLGSM是单个样本的实验数据，个别样品处理，它接受的操作，以及从它派生的每个元素的丰度测量。GDS是人工整理好的关于某个话题的GSM的集合，一个GDS中的GSM的平台是一样的,也就是说，他们共享一套通用的探针元素。整个数据集的后台处理和标准化计算是一致的。GSE是一个实验项目中的多个芯片实验，可能使用多个平台GPL是芯片的平台，如Affymetrix，Aglent等锌指锌指是一种常出现在DNA结合蛋白质中的一种结构基元。具有手指状结构域的转录因子。锌螯合在氨基酸链中形成锌的指状结构。由一个含有大约30个氨基酸的环和一个与环上的4个Cys或2个Cys和2个His配位的Zn2+构成，形成的结构像手指状。转录因子（Transcriptionfactors，TFs）真核生物转录起始十分复杂，往往需要多种蛋白因子的协助，转录因子与RNA聚合酶Ⅱ形成转录起始复合体，共同参与转录起始的过程。根据转录因子的作用特点可分为二类；第一类为普遍转录因子,它们与RNA聚合酶Ⅱ共同组成转录起始复合体时，转录才能在正确的位置开始。除TFⅡD以外，还发现TFⅡA，TFⅡF，TFⅡE，TFⅡH等，它们在转录起始复合体组装的不同阶段起作用。第二类转录因子为组织细胞特异性转录因子，这些TF是在特异的组织细胞或是受到一些类固醇激素\生长因子或其它刺激后，开始表达某些特异蛋白质分子时，才需要的一类转录因子。Pterp-telomerep-端粒CpG岛CpG岛(CpGisland)：CpG双核苷酸在人类基因组中的分布很不均一，而在基因组的某些区段，CpG保持或高于正常概率，这些区段被称作CpG岛。CpG岛主要位于基因的启动子（promotor）和第一外显子区域，约有60%以上基因的启动子含有CpG岛。正常情况下，人类基因组“垃圾”序列的CpG二核苷酸相对稀少，并且总是处于甲基化状态，与之相反，人类基因组中大小为100-1000bp左右，富含CpG二核苷酸的CpG岛则总是处于未甲基化状态，并且CpG岛常位于转录调控区附近，与56%的人类基因组编码基因相关，因此基因转录区CpG岛的甲基化状态的研究就显得十分重要。以往的研究证明启动子区的高甲基化导致抑癌基因失活是人类肿瘤所具有的共同特征之一，而且这种高甲基化是导致抑癌基因失活的又一个机制。启动子RNA聚合酶特异性识别和结合的DNA序列。启动子是基因（gene）的一个组成部分，控制基因表达（转录）的起始时间和表达的程度。启动子本身并不控制基因活动，而是通过与称为转录因子（transcriptionfactor）的这种蛋白质（proteins）结合而控制基因活动的。连锁不平衡（linkagedisequilibrium）是指基因组中不同基因座间存在的非随机关联，即不同基因座的非等位基因间的非随机组合。LDPlot表示该基因所有snp的的连锁情况，各个方块的颜色由浅至深（白—红），表示连锁程度由低到高，深红色表示完全连锁。cDNAcomplementaryDNA互补脱氧核糖核酸与某mRNA(信使RNA)链呈互补的碱基序列的单链DNA，或此DNA链与具有与之互补的碱基序列的DNA链所形成的DNA双链。与RNA链互补的单链DNA，以其RNA为模板，在适当引物的存在下，由依赖RNA的DNA聚合酶（反转录酶）的作用而合成，并且在合成单链cDNA后，在用碱处理除去与其对应的RNA以后，以单链cDNALDplot
为模板，由依赖DNA的DNA聚合酶或依赖RNA的DNA聚合酶的作用合成双链cDNA。在这种情况下，mRNA的cDNA，与原来基因的DNA（基因组DNA，genomicDNA）不同而无内含子；相反地对应于在原来基因中没有的而在mRNA存在的3′末端的多A序列等的核苷序列上，与exon序列、先导序列以及后续序列等一起反映出mRNA结构。以生物细胞的总mRNA为模板，用反转录酶合成互补的双链cDNA，然后接到载体上，转入到宿主后建立的基因文库就是cDNA文库。mTOR：mTOR可对细胞外包括生长因子、胰岛素、营养素、氨基酸、葡萄糖等多种刺激产生应答。它主要通过PI3K/Akt/mTOR途径来实现对细胞生长、细胞周期等多种生理功能的调控作用。假基因假基因(pseudogene)具有与功能基因相似的序列，但由于有许多突变以致失去了原有的功能，所以假基因是没有功能的基因，常用ψ表示。大部分假基因在染色体上都位于正常基因的附近，但也有位置在不同的染色体上的。假基因和正常基因的结构上的差异包括在不同部位上的程度不等的缺失或插入、在内含子和外显子邻接区中的顺序变化、在5'端启动区域的缺陷等。这些变化往往使假基因不能转录并形成正常的(mRNA)从而不能表达。脆性位点脆性位点在细胞遗传学家看来,是染色体上的裂隙或不连续的间断区。在此间断处,如果标本做得好的话,可以看到有一些物质穿过。在有些细胞分裂的中期标本中,可以看到染色体在脆性位点断裂。脆性位点可以说是一个特殊的区域,在这里,染色体既没有为有丝分裂而完全包裹好,又过早成熟地去螺旋化。开放阅读框开放阅读框（或开放读码框架，openreadingframe，ORF）是DNA上的一段碱基序列，由于拥有特殊的起始密码子和直到可以从该段碱基序列产生合适大小蛋白才出现的终止密码子，该段碱基序列编码一个蛋白。当一个新基因被识别，其DNA序列被解读，人们仍旧无法搞清相应的蛋白氨基酸序列是什么。这是因为在没有其它信息的前提下，DNA序列可以按六种框架阅读和翻译（每条链三种，对应三种不同的起始密码子）。ORF识别包括检测这六个阅读框架并决定哪一个包含以起始密码子和终止密码子为界限的DNA序列而其内部不包含起始密码子或终止密码子，符合这些条件的序列有可能对应一个真正的单一的基因产物。ORF的识别是证明一个新的DNA序列为特定的蛋白质编码基因的部分或全部的先决条件。保守性在遗传的过程中,它都是由亲代遗传给子代,一般不发生突变!保守基因就是在进化过程中不同生物体都保留下来的相似性很高的DNA序列吧UTRUTR（UntranslatedRegions)即非翻译区，是信使RNA（mRNA）分子两端的非编码片段。5'-UTR从mRNA起点的甲基化鸟嘌呤核苷酸帽延伸至AUG起始密码子，3'-UTR从编码区末端的终止密码子延伸至多聚A尾巴（Poly-A）的前端。NcRNAs非编码RNANocodingRNAsLncRNAs长链非编码RNALongnon-codingRNA