乳腺癌耐药研究思路

乳腺癌化疗中蒽环类化疗药耐药监测新指标基于GCBI挖掘新成果基于文献内容的梳理脱离开文献，只关注数据看看能挖掘到什么新知识梳理文献内容蒽环类化疗药作用点抑制拓扑异构酶II——TOP2A通过嵌入DNA双链之间，形成稳定复合物，抑制DNA与RNA合成，从而阻碍快速生长的癌细胞的分裂。蒽环类化疗药及乳腺癌化疗方案组合AC方案：多柔比星+环磷酰胺TAC方案：多柔比星+环磷酰胺+多西他赛•柔红霉素•多柔比星•阿柔比星•表柔比星•伊达比星研究目的试验设计样本分组文中分析过程文中分析结果GCBI衍生分析策略GCBI衍生分析结果1234567发现与pCR密切相关的基因表达标志物pCRpathologiccompleteresponse病理完全缓解能使用蒽环类化疗药的病人？Top2A是已确认为预测蒽环类化疗药的Markerdistantmetastasis-freesurvival(DMFS)无远处转移生存时间DMFSOverallSurvival总生存时间OS标准为：化疗全部结束时，无乳腺和腋窝淋巴结转移；原位无转移肿瘤也被定义为试验设计ER阴性病人、无论HER2是否扩增时间周期：2003年1月至2008年6月治疗方案：表柔比星每三周重复一个周期，共4个周期验证队列Biomarker(p53Gene)AnalysisandCombinationChemotherapyFollowedbyRadiationTherapyandSurgeryinTreatingWomenWithLargeOperableorLocallyAdvancedorInflammatoryBreastCancerRandomizedClinicalTrialtoEvaluatethePredictiveAccuracyofaGeneExpressionforStageI-IIBreastCancer组织者：M.D.AndersonCancerCenter组织者：EuropeanOrganisationforResearchandTreatmentofCancer-EORTC评估方法FISH法评估TOP2A的DNA扩增和缺失免疫组织化学法评估TOP2A的蛋白表达量基因表达谱芯片评估TOP2A的mRNA基因表达谱芯片评估TOP2A共表达基因表达量ROC的AUC判断诊断能力TOP2A基因群+基质基因群+免疫基因群构成了A-score的成分-33-23-25148-9148-9148-9106113114FEC氟尿嘧啶、表柔比星、环磷酰胺TET多西他赛-表柔比星-多西他赛FAC氟尿嘧啶、多柔比星、环磷酰胺T/FAC紫杉醇、氟尿嘧啶、多柔比星、环磷酰胺两个临床试验项目的Validation没有任何一种临床指标与pCR显著相关HER2阳性虽与pCR相关，但是没有显著性意义TOP2ADNA扩增与TOP2A蛋白表达量无显著相关TOP2ADNA扩增与pCR显著相关TOP2ADNA扩增检测的重现性不好需要多基因特征图谱发现蒽环类化疗药耐药患者TOP2A共表达基因群为什么会想到TOP2A基因群TOP2A上下游1M区域基因的DNA特征——FISHTOP2A上下游1M区域基因的mRNA表达特征——基因芯片HER2+样本，TOP2A共表达基因群显然与pCR显著相关top2amRNA水平top2a共表达基因群mRNA水平ER-/HER2-ER+/HER2-ER+/HER2-HER2+ER-/HER2-ER+/HER2-ER+/HER2-HER2+ER-/HER2+表柔多星TOP2A共表达基因群ER-/HER2+表柔多星+紫杉醇与pCR显著关联免疫类基因标志物基质转移类基因标志物Tumor-associatedlymphocytesasanindependentpredic-torofresponsetoneoadjuvantchemotherapyinbreastcancer.JClinOncol28:105-113,2010Astroma-relatedgenesignaturepredictsresistancetoneoadjuvantchemotherapyinbreastcancer.NatMed15:68-74,2009与pCR关联的其他标志物A-Score整合了TOP2A共表达基因群基质转移类标志物免疫反应类标志物的所有优点对蒽环类化疗的样本预后判断效果优于紫杉醇化疗样本A-score的计算方法A-Score=Pr(ER-/HER2-)*(PLAU+STAT1)+Pr(ER-/HER2+)*(TOP2Asignature+PLAU+STAT1)Pr(ER-/HER2-)肿瘤样本，根据ER和HER的mRNA表达量计算出的ER-/HER2-、ER-/HER2+概率Pr(ER-/HER2+)STAT1代表了ER-/HER2-和HER2+情况下免疫反应模块的标志PLAU代表了HER2+情况下肿瘤侵袭的分子标志物Afuzzygeneexpression-basedcomputationalapproachforimprovingbreastcancerprognostication.GenomeBiol11:R18,2010A-Score=-0.024两组临床试验中，非常高的真阴性率并且不区分HER2是否阳性脱离文献，挖掘数据所有样本分类指标肿瘤样本特性标准疗效评估指标现有临床标志物检测指标5项5项6项肿瘤样本特性Final-Analysis病人数据是否参与预测分析agebin0:=50years；1:50yearsn区域淋巴结临床分期t原发肿瘤特征T1:or=2cm,T2:2cmbutor5cm,T3:5cm,T4:侵犯胸壁和皮肤grade肿瘤分级治疗效果评估指标pcr病理完全缓解，0:nopCR,1:pCRdmfs_time无远处转移持续时间(天数)os_time总生存时间(天数)dmfs_event是否出现dmfs，1：转移；0：未转移os_event是否出现OS，1：死亡；0：生存已有临床分子标志物的检测指标ERBB2bimodHER2是否阳性mRNA水平基因芯片法her2fishbin0为无扩增，1为扩增DNA水平FISH法her2fishHER2扩增水平DNA水平FISH法topihctop2a染色阳性百分比蛋白水平免疫组化法top2atriFISH法检测top2a，-1为缺失，0为无扩增，1为扩增DNA水平FISH法esrbimodER是否阳性mRNA水平基因芯片法导入实验室-项目建立“方案”设计“流程”设计“实施分析”查看“结果导航”失败查看“结果导航”提示失败原因成功理解分析结果看GCBI操作演示