分子生物学 科大重点知识点

名词解释基因gene：能够表达和产生蛋白质和RNA的DNA序列，是决定遗传性状的功能单位基因组genome：细胞或生物体的一套完整单倍体的遗传物质的总和基因组文库（genomiclibrary）:由基因组DNA所制成的基因文库基因文库（Genelibrary）是来自某生物的不同DNA序列的总集这些序列都已被克隆进了载体以便于纯化贮存与分析。cDNA文库（cDNAlibrary）：用来自表达目的基因的细胞或组织的mRNA作为来源构建的文库。cDNA文库不同于基因组文库，被克隆DNA是从cRNA反转录来源的DNA。cDNA组成特点是其中不含有内含子和其他调控序列。Sd序列（Shine-Dalgarnosequence）：原核生物mRNA起始密码子上游8-13个核苷酸处的保守序列，可与核糖体小亚基中的16srRNA的3'-端附近的互补序列配对，称为核糖体结合位点，又叫sd序列。多聚核糖体（Polyribosomes）:在蛋白质合成过程中,同一条mRNA分子能够同多个核糖体结合，同时合成若干条蛋白质多肽链，结合在同一条mRNA上的核糖体就称为多聚核糖体。tRNA负载（tRNAcharging）:TheaminoacidisjoindtothetRNAbyaminoacyl-tRNAsynthetasestobacomechargedtRNA.ThisprocessiscalledtRNAcharging.操纵子（Operon）：是原核生物基因表达的单位，它包括被协同调节的基因和被调节基因的产物所识别的调控原件,在细菌中，为一个代谢途经所需要的几种酶的结构基因，可沿DNA直线排列在一起，并受一个共同的启动基因和操纵基因的控制，把这样的启动基因、操纵基因和结构基因可以看做一个单位，称为操纵子。启动子（Promoter）：DNA上的一个特定位点，RNA聚合酶在此和DNA结合，并由此开始转录过程。基因表达（Geneexpression）:是指生物基因组中结构基因所携带的遗传信息经过转录、翻译等一系列过程，合成特定的蛋白质，进而发挥其特定的生物学功能和生物学效应的全过程。基因表达（Geneexpressing）:istheprocessfromDNAtoproteincontainingtranscriptionandtranslation.冈崎片段（okazakifragment）:DNA半不连续性复制复制过程中至少有一条链首先合成较短的片段，然后再用连接酶连接成大分子DNA。这些片段称冈崎片段。在DNA不连续复制过程中，沿着后随链的模板链合成的新DNA片段，其长度在真核与原核生物当中存在差别，真核生物冈崎片段长度约为100～200核苷酸残基，而原核生物的为1000～2000核苷酸残基。增强子（Enhancers）:能从启动子的上游或下游数千个bp处来激活转录的序列原件,是通过启动子来增强基因转录的一种远端基因表达调控元件，长约为50bp，多为重复序列，具有组织细胞特异性，往往优先或只能在某种类型的细胞中表现功能。弱化子（Attenuator）：是一种位于trpE基因之前的前导区的转录终止子。该序列由特殊的RNA发卡环组成，发卡环之后还有8个连续的尿嘧啶碱基，mRNA的合成通常就在此处停止。一个不依赖ρ因子的终止子区域，能够导致色氨酸RNA合成提前终止的一段序列。回文序列（Palindrome）：双链中每一条链均按5'-到3'-方向阅读，其序列相同。RNA加工（RNAprocessing）：对初生转录物进行加工的总称。终止结构：stem-loop和hairpin.全酶（Holoenzyme）:核心酶加上σ因子所组成的完整的酶。顺式作用元件（cis-element）：对某一个基因起调控决定作用，但是不转录,是指那些与结构基因表达调控相关、能够被基因调控蛋白特异性识别和结合的特异DNA序列。包括启动子、上游启动子元件、增强子、加尾信号和一些反应元件等。。反式作用元件：是指真核细胞内含有的大量可以通过直接或间接结合顺式作用元件而调节基因转录活性的蛋白质因子。反式作用元件与DNA相互作用且在转录过称中起作用。上游调控元件（URE）：位于启动子上游100-200bp范围内，可以极大地提高低水平转录活性的序列。DNA克隆（DNAcloning）:应用酶学的方法，在体外将各种来源的遗传物质——同源或异源、原核或真核、天然或人工的DNA与载体DNA相结合成一具有自我复制能力的DNA分子——复制子，继而通过转化或转染宿主细胞、筛选出含有目的基因的转化子细胞，再进行扩增、提取获得大量同一DNA分子，即DNA克隆。限制性内切酶（restrictionendonuclease）:一种在特殊核甘酸序列处水解双链DNA的内切酶。减色性/效应hypochromicity；hypochromiceffect核酸碱基的消光系数与它所处的环境有关。单一的核苷酸的吸收值比RNA和单链DNA的吸收值都大单链DNA又比双链DNA大。这种双链DNA相对于单链DNA吸收值减小的现象就称为减色效应。CpG甲基化：哺乳动物中一种可能传递信号使得表达基因位点处的染色体保持适当的包装水平的重要化学修饰是序列5’-CG-3’中对胞嘧啶C-5的甲基化即通常所称的CpG甲基化。亚克隆（Subcloning）：将已克隆的细胞或在载体中的DNA进行再次克隆。增色性/效应hyperchromicity；hyperchromiceffect由于DNA变性引起的光吸收增加称增色效应,也就是变性后DNA溶液的紫外吸收作用增强的效应。DNA变性(denaturation)指核酸双螺旋区的氢键断裂，变成单链，不涉及共价键的断裂。DNA复性(renaturation)变性DNA在适当条件下又可以使两条彼此分离开的链重新缔合为双螺旋结构。解链温度(meltingtemperature)：升高温度时使DNA和RNA变化，RNA随温度的升高逐渐变性，双链DNA在某一确定的温度“溶解”为单链DNA，这一温度为Tm。染色质(chromatin)是细胞核内可以被碱性染料着色的一类非定形物质。染色体(chromosome)是细胞在有丝（减数分裂）时遗传物质存在的特定形式，是间期细胞染色质结构紧密组装的结果。着丝粒(centromere)染色体中将两条姐妹染色单体结合起来的区域。由无编码意义的高度重复DNA序列组成，是动粒的形成部位。端粒(telomere)以线性染色体形式存在的真核基因组DNA末端都有一种特殊的结构叫端粒。该结构是一段DNA序列和蛋白质形成的一种复合体，仅在真核细胞染色体末端存在。是染色体的末端部分，这一特殊结构区域对于线型染色体的结构和稳定起重要作用。常染色质(euchromatin)中期染色体比较松散的区域，包括无活性的30nm纤丝区和转录活跃区。异染色质(heterochromatin)中期染色质的一部分，结构比较紧密，无转录活性。DNaseI超敏性(DNaseIhypersensitivity)染色质活性区，或因结合特异蛋白或因进行转录而被松散的30nm纤丝的区域，其特征是对DNAseI的高度敏感性。复制子(replicon)是DNA复制是从一个DNA复制起点开始，最终由这个起点起始的复制叉完成的片段。DNA中发生复制的独立单位称为复制子。每个复制子使用一次，并且在每个细胞周期中只有一次。复制子中含有复制需要的控制元件。在复制的起始位点具有原点，在复制的终止位点具有终点。复制子起点(origin)是DNA链上具有独特的具有起始DNA复制功能的碱基顺序。复制叉(replicationfork)DNA复制时在DNA链上通过解旋、解链和SSB蛋白的结合等过程形成的Y字型结构称为复制叉。在复制叉处作为模板的双链DNA解旋，同时合成新的DNA链。编码链(codingstrand)双链DNA中，不能进行转录的那一条DNA链，该链的核苷酸序列与转录生成的RNA的序列一致（在RNA中是以U取代了DNA中的T），又称有义链（sensestrand）。RNA聚合酶(RNApolymerase)以一条DNA链或RNA为模板催化由核苷-5′-三磷酸合成RNA的酶。是催化以DNA为模板（template）、三磷酸核糖核苷为底物、通过磷酸二酯键而聚合的合成RNA的酶。因为在细胞内与基因DNA的遗传信息转录为RNA有关，所以也称转录酶。转录单元(transcriptionunit)转录单元是一段以启动子开始至终止子结束的DNA序列。核酸(nucleicacid)由核苷酸或脱氧核苷酸通过3′，5′-磷酸二酯键连接而成的一类生物大分子。具有非常重要的生物功能，主要是贮存遗传信息和传递遗传信息。包括核糖核酸(RNA)和脱氧核糖核酸(DNA)两类。核酶（Ribozyme）是具有催化功能的RNA分子,是生物催化剂。核酶又称核酸类酶、酶RNA、核酶类酶RNA。整个生化反应可由RNA酶或核酶催化，这种具有催化功能的RNA可以剪切自身或其他的RNA分子，或者完成连接或自身剪切反应。核酶可以独自进行催化，但在体内通常与蛋白结合在一起工作，这将提高它们的催化活力。可以作为基因表达和病毒复制的抑制剂。RNA编辑(RNAediting)RNA加工的一种形式，是通过改变、插入或删除初生转录物特定部位的残基而改变其中的核苷酸序列。RNA编辑会涉及向导RNA（RNA编辑的模板）。核糖核酸酶P(RNaseP)是一种核糖核蛋白,含有一个单链RNA分子,长度为375个碱基,结合一个相对分子质量为20kDa的多肽(119个氨基酸残基)。RNA具有催化切割tRNA的能力,蛋白质则起间接的作用,可能是维持RNA结构的稳定。该酶广泛存在于原核生物和真核生物(核仁、叶绿体和线粒体)中，也参与核糖体RNA的加工。遗传密码(geneticcode)包含在脱氧核糖核酸或核糖核酸核苷酸序列中的遗传信息。它决定蛋白质中的氨基酸排列顺序，由3个连续的核苷酸组成的密码子所构成，因而决定蛋白质的化学构成和生物学功能。核糖体结合位点(ribosomebindingsite)是原核生物mRNA起始密码子上游的一段序列它能够与16SrRNA的3’端附近的互补序列配对，对核糖体进行定位以便起始蛋白质的合成。核小体(nucleosome)染色体结构的基本单位，由DNA和组蛋白构成。蛋白质定位(proteintargeting)蛋白质中某些短肽序列可决定蛋白质的细胞定位，如细胞核、线粒体或叶绿体。分泌蛋白的信号序列导致执行翻译的核糖体某些使得核糖体停泊在膜上的因子的结合，并将合成蛋白转至膜外通常信号序列随后被信号肽酶切掉。蛋白质修饰(proteinmodification)新生多肽的最常见的加工是被切割及化学修饰。信号肽的切除、多蛋白成熟片段的释放、中间肽的切除以及N端和C端的修剪均需要进行切割。除6种氨基酸侧链外，所有氨基酸侧链都可以进行多种化学修饰。通常磷酸化调控着蛋白质活性。多蛋白(polyproteins)单一翻译产物被切割形成两个或多个独立蛋白，则被称为多蛋白，许多病毒产生多蛋白。小核RNA（snRNA）：是一类称为小核核蛋白体复合体(snRNP)的组成成分，功能是在hnRNA成熟转变为mRNA的过程中，参与RNA的剪接，运输。southernblot：基因是DNA分子，如果基因拷贝数发生变化（增多或减少），但基因序列没有改变，就可以根据基因序列合成探针，利用同源互补序列可以退火形成异源双链的原理，探测染色体上能与探针结合的DNA序列。northernblot：是最早用于定性分析RNA的方法，但当对不同样本总RNA或mRNA定量后再进行杂交反应时，也可以相对定量分析特定RNA。蛋白激酶proteinkinase：是指能够将磷酸集团从磷酸供体分子转移到底物蛋白的氨基酸受体上的一大类酶。蛋白磷酸酶proteinphosphatase：是具有催化已经磷酸化的蛋白质分子发生去磷酸化反应的一类酶分子，与蛋白激酶相对应存在，共同构成了磷酸化和去磷酸化这一重要的蛋白质活性的开关系统退火anneal