常用分子生物学数据库检索方法及数据格式

生物信息学实验课件邢晋祎生命科学学院Copyright实验二常用分子生物学数据库检索方法及数据格式实验目的•1.了解ncbi所提供的在线entrez检索方法。•2.了解EBI所提供的SRS检索方法。•3.熟悉查询swiss-prot蛋白质序列数据库的查询。•4.详细了解三大核酸序列数据库之一的GenBank数据库平面文件Flatfile。•5.详细了解蛋白质结构数据库PDB数据库中的pdb文件。实验材料•计算机，网络。实验过程•1.Entrez检索方法•NCBI•Alldatabase•Entrez•Alldatabase•查询某一关键词（eg.Helicase，insulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin。）•依次点击各个数据库查看实验过程•GenPept文件下载•平面文件获得•查询某一条核酸序列•获得平面文件•保存或者下载•用写字板（记事本）打开实验过程•2.SRS检索方法。•EBI•SRS@EBI•choicedatabase•查询某一关键词（eg.Helicase，insulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin。）实验过程•3.Swiss-prot查询方法。•Swiss-prot•SRS@EBI•choicedatabase•查询某一关键词（eg.Helicase，insulin，topoisomerase，gyrase，hemoglobin。）•4.GenBankflatfile（GBFF）内容。•是GenBank数据库的基本信息单位，也是最广泛地用以表示生物序列的格式之一。•GenPept文件•GBFF可以分成三个部分，头部包含关于整个记录的信息（描述符）。•第二部分包含了注释这一记录的特性，•第三部分是核苷酸序列自身。•所有的核苷酸数据库记录（DDBJ/EMBL/GenBank）都在最后一行以//结尾。实验过程•5.PDB文件的获得•进入PDB数据库•查询某蛋白质的结构（eg：1d3y）•下载结构到本地电脑•用写字板（记事本）打开源自PDB结构记录的内容•PDB记录包括两个序列信息备份：隐性序列和显性序列。•显性序列在PDB文件中以关键词SEQRES打头逐行存储。•隐性序列蕴涵在由PDB文件中的ATOM记录及相应（X，Y，Z）位置坐标构成的化学立体结构中。•实践中，许多PDB文件浏览器，如Rasmol，仅用隐性序列重构PDB记录蛋白质的化学图象，而忽略由SEQRES引导的显性序列信息。文件头部显性序列隐性序列作业：格式同实验一•1.写出Genbankflatfile的详细结构组成。•2.写出PDB文件的详细组成。