Chimera图像教程密度显示

图像教程：密度显示背景这些图像显示了蛋白数据库条目2fma的一部分，Alzheimer'samyloidprecursorprotein(APP)copper-结合域,同时它的电子密度图(2fo-fc)由电子密度服务器提供。图像How-To这里的方法仅仅是一个例子；达到形似的结果通常有很多种路线。也可以参考：presets,tipsonpreparingimages,andChimera网站,中的ImageGallery和GuidetoVolumeDisplay开启Chimera，按要求放大窗口。显示命令行（例如，使用Favorites...CommandLine）。从蛋白数据库取回2fma结构，然后应用预设值#2显示所有的原子和杂原子color-coding:Command:open2fmaCommand:presetapplyint2从ElectronDensityServer取回此结构的密度图。Command:openedsID:2fmaClickVolumeViewer对话框的小眼睛图标，先隐藏电子密度图。随时用鼠标按你的要求进行移动和放大操作。由于一个目的就是显示可替换的构象的例子，通过标签对可替换的构象的残基和原子进行识别。Command:rlab@.aA:B:Met-170和Glu-183有可替换的构象；选择Met-170附近的一段残基作为图形。只显示残基168-170和其相邻残基的骨架。Command:~rlabCommand:show:168-170Command:focusCommand:disp:167,171@n,ca,c,o改变到stick表示方法，使棍更细。Command:repstickCommand:setattrmstickScale0.5只选择侧链Tyr-168和Met-170;这次选择将会用于把密度显示限定到一个区域。Command:sel:168,170&withoutCA/C1'withoutCA/C1'部分是进入菜单Select...Structure...sidechain/base...withoutCA/C1'的简洁方法。所有在Select...Structure下的终端菜单可以用作command-linespecifiers。在VolumeViewer中,1.点击眼睛图标，使密度显示恢复。2.从菜单选择Features...Zone，点击出现在对话框中的Zone按钮。然后，可以取消选择（例如，在空区通过ctrl-点击鼠标左键），但是区域半径仍然可以调整。本图中区域半径设置为1.96Å。3.柱状图的垂直栏(threshold)代表了轮廓水平；o要改变水平，用鼠标或者键盘在柱状图下面的level区输入不同值拖拽threshold到左边或者右边。o要改变Color,点击柱状图下面的正方形colorwell，使用ColorEditoro要添加另一个轮廓水平，Ctrl-点击柱状图;Level和Color的变化应用最近拖拽或者点击最临界的。4.从菜单选择Features...SurfaceandMeshOptions显示额外的显示设置。FigureA的Volume显示设置(除了默认值)Stylemeshtwocontourlevels:1.Level0.426,Color(RGBA)0.361.01.00.6362.Level2.06,Color(RGBA)1.00.01.01.0(magenta)turnedonSmoothmeshlinesMeshlinethickness1.5pixelsFigureB的Volume显示设置(除了默认值)Stylesurfacetwocontourlevels:1.Level0.426,Color(RGBA)0.361.01.00.42.Level2.06,Color(RGBA)1.00.01.00.6turnedonSurfacesmoothingiterations2factor0.3使用2DLabels(Tools...Utilities下面)添加标签文本。标签对于两个图片想吐。点击图形窗口开启一个标签，输入内容。每一个标签可以通过拖拽改变位置，通过点击colorwell和使用ColorEditor可以调整其颜色。字体可以调到不同的值。字体的近似度依赖于窗口的大小，用你看起来最好的。本例中，标签都是白色的，残基标签比可替代的标签大一点点。后者在两个单词之间输入回车键，以使它们看起来在不同的行。通过使用File...SaveImage，采用默认设置把figures保存为PNG文件，和Chimera窗口同样的帧数。如果以后你想需要重新产生相同或者相近的图像或者说明一个不同resolution值或者改变颜色，保存图片之前或者之后保存(参考File菜单),session在保存时间内会包括position名为session-start.当你恢复一个session或者移动一些事情时候很有用，但是又想恢复它的最初位置。Command:resetsession-start