生物医学信息检索

生物医学信息检索国外生物医学检索工具国外生物医学检索工具在生命科学领域中常用的检索刊有：美国《医学索引》(IndexMedicus,IM)荷兰《医学文摘》(ExcerptaMedica,EM)美国《生物学文摘》(BiologicalAbstracts,BA)美国《化学文摘》(ChemicalAbstracts,CA)美国《科学引文索引》(ScienceCitationIndex,SCI)检索工具的类型可以分为两大类：索引类和文摘类或者称为题录型和文摘型检索工具的主要内容概况及其特点结构编排著录格式检索途径与方法实例检索美国《医学索引》(IndexMedicus，IM)•概况创刊于1879年，由美国国立医学图书馆编辑，自创刊以来，刊名、编排体例几经变化。到1960年，恢复其原刊名。每月出版一期，一年共12期，《医学主题词表》和《收编期刊一览表》随第一期单独出版。以题录形式报道医学期刊中论文、病例报告、综述、读者来信、通讯、会议文献等。收录80多个国家和地区、40多种语言文字出版3900多种医学期刊，其中70%为英文文献，75%带英文摘要。目前的出版形式有：印刷版、光盘版、国际联机数据库、网络版。美国《医学索引》(IM)特点：•收录范围广，内容全面；•编辑力量强，标引质量高；•报道速度快，时差短；•编制简单，查找方便。美国《医学索引》(IM)结构编排•期索引分为两个分册，PartⅠ、PartⅡ，分别编排主题索引(SubjectSection)、著者索引(AuthorSection)、医学述评题录部分(BibliographyofMedicalReviews)。•卷索引•医学主题词表(MedicalSubjectHeadings,MeSH)•引用期刊一览表(ListofJournalsIndexedINIndexMedicus,LJI)美国《医学索引》(IM)期索引1.主题索引部分编排原则：(1)整个索引按主题词字顺排列；(2)同一主题词下按副主题词字顺排列；(3)同一副主题词下，按刊名缩写字顺排列；(4)同一主题词或副主题词下，先排英文文献，再排非英文文献，并且非英文文献用[]括起来；(5)归不到任何副主题词的，直接排在主题词下，并按刊名缩写字顺排列；(6)非英文文献先按文种缩写排列，同一文种下按刊名缩写字顺排列IM—SubjectSection美国《医学索引》(IM)2.著者索引编排原则：(1)仅在第一著者后列出全部文献题录内容(2)非第一著者只设参见条目,“see”(3)著者的姓在前用全称，名在后用首字母缩写；(4)匿名著者部分，按刊名缩写字顺排列。注意：姓氏前缀De、La、Van、Von与前缀一起提前，并且与姓氏间加空格；表示家族等级的后缀Jr、Sr、Ⅰ、Ⅱ等放在姓氏的最后。IM—AuthorSectionIM—BibliographyofMedicalReviews美国《医学索引》(IM)卷索引(CumulativeIndexMedicus)期索引12期出齐后所做的累积，即按主题索引、著者索引、医学述评题录部分的分别累积，而形成的卷索引。作用是方便检索，省时省力。美国《医学索引》(IM)医学主题词表(MedicalSubjectHeadings,MeSH)是对生物医学文献进行主题词分析和标引的权威性工具，也是指导使用自然词语言转化为规范化语言的辅助工具。它能够保证标引者和检索者在用词上的一致。美国《医学索引》(IM)-MeSH表主题词变更表字顺表树状结构表副主题词表二、作用MeSH表的影响力是相当广泛的，它对其他中外文检索工具都有一定的参考作用。它是指导我们使用规范化检索语言的工具，沟通检索者和标引者的桥梁。一、组成美国《医学索引》(IM)-MeSH表主题词变更表由两个表反映主题词的变更情况。1.某年新增主题词表NewHeading2.某年删除的主题词表DeletedHeading美国《医学索引》(IM)—字顺表字顺表(AlphabeticList)将所有的主题词、副主题词和非主题词按照字顺排列而成的表，称为字顺表。主题词(headings)：直接、准确表达主题概念的词或词组。每个概念只能用一个主题词表达。副主题词(subheadings)：用于对主题词进一步限定的词或词组。主题词与副主题词之间的组配检索，起到对主题词的限定作用，是主题词具有更高的专指性，缩小检索范围，保证检索结果的准确性。美国《医学索引》(IM)主题词的表达形式1.单词：neoplasms、heart、smoking、eye等；2.词组：liverneoplasms等3.代号：A-23187(卡西霉素75-90)4.倒置主题词：abortion,inducedabortion,threatenedabortion,habitualabortion,eugenicanemia,aplasticanemia,hemolyticIM—ALPHABETICLIST字顺表中词汇的类型1.主要叙词(MajorDescriptors)：包括正式主题词、地理主题词、特征词和非主题词。2.次要叙词(MinorDescriptors)3.款目词(EntryTerms)：主题词的同义词或近义词。4.副主题词(Subheadings)IM—ALPHABETICLIST在字顺表中有三种注释：1.树状结构号注释：反映该词在学科体系中的位置，表示主题词之间的族性关系，每个词至少有一个树状结构号，由于有些词具有多重属性，就有多个树状结构号。2.参照注释：反映词与词之间的关系。3.历史注释：注明某主题词使用年代的变化情况，帮助检索者进行回溯检索时，选择准确的主题词。IM—ALPHABETICLISTIM—ALPHABETICLIST参照系统1.用代参照：用see和X表示，款目词参见正式主题词，具有等同关系、近义关系，格式为：CancerseeNeoplasms或者NeoplasmsXCancer2.相关参照：用seerelated和XR表示，用以处理两个或两个以上主题词在概念上彼此之间有某种联系或依赖的相关关系。其作用是扩大检索范围。例：Neoplasms，Hormone-DependentseerelatedAntineoplasticAgents，Hormonal或者AntineoplasticAgents，HormonalXRNeoplasms，Hormone-Dependent3.属分参照：用seeunder和XU表示。用以表示上下位词之间的包含、属与种、整体与部分的等级关系。次主题词和主主题词之间的关系。例：Abortion，eugenicseeunderAbortion，induced或者Abortion，inducedXUAbortion，eugenicIM—TreeStructure树状结构表它将字顺表中所有的主题词和非主题词按学科性质、词义范围的上下隶属关系，将字顺表中收录的词归属在15个大类下。15个大类依次用A-N、Z代表。它是字顺表中的辅助索引。帮助了解每个主题词在医学分类体系中的位置。它将字顺表中互不联系的主题词通过主题词所属学科体系和逻辑关系，加上一些必要的非主题词组成树状等级结构。IM—TreeStructure树状结构表的等级关系在每个大类中主题词和非主题词按照等级隶属关系逐级排列，从上位词到下位词，用逐级缩排的方式表达等级隶属关系，就象大树的干、枝、叶一样，是同类主题词成族展示它们之间并列、隶属等级概念的相互关系。主题词展开的等级数量关系多可达9级，每一级用“.”相隔，同一级的词按字顺并齐排列。如下图所示。IM—TreeStructureIM—TreeStructure树状结构表的作用1.帮助从学科体系中选择主题词：如查找兔唇的有关文献。首先找该词的主题词，如果没有，那么就从该词所属的学科分类中找。在Tree中找疾病C大类，它的下位类找到NeonateolDiseasesandAbnormalitiesC16，逐级往下找MouthAbnormalities，ClieftLip(唇裂)。2.帮助进行扩大和缩小检索范围：如查找有关微量元素与健康的文献。根据课题的需要来确定检索范围。3.帮助确定词的专业范围：查找比较新的名词，例Leptin在未被列为正式主题词前，查找有关信息，可以使用树状结构表(提示2000年以前的文献，用Proteins进行查找)。美国《医学索引》(IM)-MeSH表字顺表与树状结构表的关系字顺表反映主题词之间的横向关系，树状结构表揭示词和词之间的纵向隶属关系。两者是MeSH的重要组成部分，它们并不是两个孤立的部分。将两者结合起来使用，才能保证文献的查全率和查准率。美国《医学索引》(IM)-MeSH表何时使用字顺表?所使用的检索词是否为规范主题词。当用专指词检索所需特定文献时，需要查字顺表中的直接上位词进行检索扩大检索某课题研究范围。进行族性检索。美国《医学索引》(IM)-MeSH表何时使用树状结构表?字顺表中查不到相应的主题词，在主题索引中又查不到所需的文献。当所选择的课题为一个广义概念时。IM—SUBHEADINGS副主题词表到目前为止，MeSH表共收录82个副主题词。但并不是每个副主题词和任何主题词都能进行组配使用，每个副主题词具有一定的专指性，其使用范围仅限于它后面括号内的类目。副主题词也具有动态性，经常随着主题词表的修订再版也不断变化。手检时，副主题词不能单独使用，必须和主题词配合使用；机检时，副主题词可以单独使用。IM—ListofJournalsIndexedINIndexMedicus，LJI美国《医学索引》(IM)检索途径与方法1.主题途径：利用主题索引查找文献。基本步骤如下：分析检索课题确定主题概念转换为主题词主题词与副主题词组配查找文献题录查找原文。2.著者途径：利用著者索引查找文献。美国《医学索引》(IM)—主题途径美国《医学索引》(IM)该篇文献的题录内容详见IM2003；31(7)：1915-1922Anovelmethodofperitonealresuscitationimprovesorganperfusionafterhemorrhagicshock.ZakariaelR,HurtRT,MathesonPJ,GarrisonRN.AmJSurg.2003Nov;186(5):443-8荷兰《医学文摘》(ExcerptMedica,EM)•概况创刊于1947年，月刊。由荷兰的ElsevierScienceB.V出版社编辑出版。EM按医学专科划分编辑，以分册形式出版，每个分册有数字代号和分册名。EM文摘由医学专家撰写，质量较高。EM收录世界上110多个国家和地区的生物医学和医学相关的期刊5400余种，内容涉及临床医学、药物和制药学、基础生物医学以及卫生学等方面(不包括牙科、护理、兽医)。目前，有42个分册，各分册根据文献量多少，每年出版1-4卷不等，每卷多为10期，也有6期、8期或12期。时差为半年或更长。现在的出版形式：印刷版、光盘版(EMBASE)、网络版(EMBASE.com)。section1section2section3section4section5section6section7section8section9section10section11section12section13section14section15section16section17section18section19section20section21section22section23section24section25section26section27section28section29section30section31section32section33section35section36section38section40section46section48section49section50section52解剖学、人类学、胚胎学与组织学生理学内分泌学微生物学、细菌学、真菌学、寄生虫学普通病