生物资讯内涵

FromSequencetoStructureSourcesonWeb生物資訊內涵Gene,Protein序列,結構,功能比對,預測,分類,關聯,註解…基因碼GeneticCodeInformofcodon,Left-Top-RightTCAGTPheSerTyrCysTCLeuTerTerATrpGCLeuProHisArgTCGlnAGAIleThrAsnSerTCLysArgAMetGGValAlaAspGlyTCGluAG生物資訊網路資源SequenceRetrieveSystem://歐洲生物資訊研究所TheEuropeanBioimformaticsInstitute生物資訊網路資源資料庫分類主要序列儲存基因體資料庫蛋白質資料庫結構資料庫分子間作用資料庫突變資料庫文獻資料庫生物資訊網路資源基因資料庫GDBgenomedatabase://://資料庫EMBLnucleicaciddatabase://ndbserver.rutgers.edu/NDB/RNA資料庫RDPrRNAsequences生物資訊網路資源蛋白質資料庫PIRproteinInformationresources://://://://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/生物資訊網路資源教學資源NEE-HOW,POST,莊榮輝教授教學網業(臺大農化)核酸DNAfromthebeginning-ColdSpringHarborLaboratory,NewYork(USA)StructureofDNA-胺基酸Aminoacidproperties-UniversityofCalifornia.Davis(USA)Aminoacidinformation-EuropeanMolecularBiologyLab-Heidelberg(German)蛇毒傳奇-清華大學(Taiwan)蛋白質PrinciplesofProteinStructureUsingtheIternet-BirkbeckCollege-London(UK)生物資訊UsingInternetResourcesinMolecularBiology-SanDiegoSupercomputercenter(USA)生命科學線上教學-清華大學生物資訊中心(Taiwan)BioInfoFab-陽明大學生物資訊中心(Taiwan)生物資訊網路資源參考查詢資源HINT-國家衛生研究院醫藥衛生研究資訊網(Taiwan)(PubMed)–NationalCenterofbiotechnologyInformation(USA)=PubMed序列分析與結構預測核酸蛋白質核酸序列蛋白質序列蛋白質性質蛋白質結構資料庫:GenBank工具:Blast基因比對網站:Expasy工具:MBStranslator基因轉譯核酸序列蛋白質序列蛋白質特性pI質與分子量網站:Expasy工具:PI/MWcomputeMGKIGIFFGTDSGNAEAIAEKISKAIGNAEVIDVAKASKDQFNSFTKVILVAPTAGAGDLQTDWEDFLGTLEASDFANKTIGLVGLGDQDTYSETFAEGIFHIYEKAKAGKVVGQTPTDGYHFEASKAVEGGKFVGLVIDEDNQDDLTDGRISKWVEQIKGSFAAGILPVFYWDENQRHSTKCMMGKIGIFFGTDSGNAEAIAEKISKAIGNAEVIDVAKASKDQFNSFTKVILVAPTAGAGDLQTDWEDFLGTLEASDFANKTIGLVGLGDQDTYSETFAEGIFHIYEKAKAGKVVGQTPTDGYHFEASKAVEGGKFVGLVIDEDNQDDLTDGRISKWVEQIKGSFAHydrophobicALIVMWMGKIGIFFGTDSGNAEAIAEKISKAIGNAEVIDVAKASKDQFNSFTKVILVAPTAGAGDLQTDWEDFLGTLEASDFANKTIGLVGLGDQDTYSETFAEGIFHIYEKAKAGKVVGQTPTDGYHFEASKAVEGGKFVGLVIDEDNQDDLTDGRISKWVEQIKGSFAPositiveKHRMGKIGIFFGTDSGNAEAIAEKISKAIGNAEVIDVAKASKDQFNSFTKVILVAPTAGAGDLQTDWEDFLGTLEASDFANKTIGLVGLGDQDTYSETFAEGIFHIYEKAKAGKVVGQTPTDGYHFEASKAVEGGKFVGLVIDEDNQDDLTDGRISKWVEQIKGSFAAromaticFWY一級結構分析胺基酸標示網站:Expasy工具:Colorseq三級結構預測網站:Expasy工具:3D-PSSMTHEPAIRWISERMSDBETWEENTHESTRUCTURESIS:0.1311811:/pdb1czlA_0.tmpTEMPLATE2:/model_1.pdbSELECTED待測蛋白質序列資料庫蒐尋蛋白質序列比對是否有PDB資料yes比對模擬預測二級結構No折疊辨認是否有折疊資料二級結構比對序列-結構比對預測三級結構Noyes3D結構模型序列結構蛋白質結構預測流程蛋白質結構預測之方法HomologymodelingRecognitionfoldAb-inition生物資訊在生物技術之應用電子鼻感測原件分子識別材料Chemistry(ThechineseChem.Soc.,Taipei)June2001Vol.59No.2pp.235-243.