简明生物信息学基础实验讲义

简明生物信息学基础实验讲义王万军叶春郭泰林魏大木西南交通大学生物工程系2004年9月目录第一章计算机应用基础知识1字处理软件——Word2003的使用2Excel基础知识与使用3Foxmail的设置与使用第二章分子生物学软件的使用1序列的格式及其转换——Seqverter1.3的使用2引物设计软件——PrimerPremier4.0的使用3DNA多态性分析软件——DNAsp的使用第三章生物信息学资源挖掘1多序列比对——ClustalX1.8.1的使用4蛋白质结构分析——RasMol2.7.2.1的使用5系统发育树软件——TreeView的使用第四章生物信息学网络资源的应用1生物信息学数据库的使用——GenBank的使用2生物信息学数据库的使用——EMBL的使用第一篇计算机应用基础知识一、字处理软件——Word2003的使用1、软件的基本功能：Word是功能极强的文字处理和版面编排软件，它简单易学，操作界面好、智能化程度高，MicrosoftWord20003作为Word的新版本，保持了以前版本的优点，同时具有更强大的网络功能和通信功能。Word可以编辑各种各样的文档（如报告、文章、演讲稿等）以及对文档各段落的设置；可以打开原先编辑的文档，可以进行新的文档编辑；在进行文档编辑时，可以设置字体，编辑各种格式的文档。2、基本操作：⑴文件的打开、关闭与保存和页面设置。⑵对文字和段落格式的设定。⑶在文档中插入并制作表格。⑷文档编辑中修改。⑴文件的打开、关闭和页面设置：①新建文档：用鼠标点击Word图标，选择图1中“文件”菜单中的“新建”命令即可；图1②打开文档：如图1，打开已存在的文件则选择“文件”菜单中的“打开”，选择要打开文件的存放路径。同时，单击，可以回到目前所处文件夹的上一层文件夹之中。单击，可以打开[工具]下拉式框，使用[查找]、[删除]、[打印]等工具。③保存文档：如图1要保存正在编辑的文件，则选择“文件”菜单中的“保存”，选择该文件的保存路径和该文件的保存格式。在word中使用[保存]指令时，如果文件已经保存过一次，那么单击[保存]指令时，文件就会直接进行保存，而不会出现[另存为]对话框了。当然，也可以把该文件另存为其它文件名或者其它文件格式。如图2所示。图2④页面设置：设定文件版面，在对编辑的文件进行页面设置，如图1所示,选择“文件”菜单中的“页面设置”，出现图3这样的菜单。在这个菜单中就可以进行页边距，单击“确定”,文档将根据所设置出现。图3选择“纸张”，出现如图4的菜单，选择适合纸型，单击“确定”,文档将根据所设置出现。图4⑵文字和段落格式的设定①设定文字字体格式：首先，选定需要设置字体的文字，单击“格式”，出现如图5的菜单。图5然后选择“字体”菜单，出现如图6的菜单。在“字体”标签中选择所需字体、字形、字号，单击“确定”。图6其次设置文字的效果，在图6中，可设置文字的效果，如上下标，字体阴影等。再选中需要设置的文字，然后在图6中选择需要设置文字的效果如选择上标或下标，单击“确定”即可。昀后选择字符间距，出现图7菜单，选择间距和位置来设定文字之间的距离，单击“确定”即可。图7②段落格式设定：图8如图8，选择“格式”中的“段落”菜单，出现如下菜单：图9单击“缩进和间距”标签，在“对齐方式”中选择一种段落的对齐方式，单击“确定”。在Word中，除了可以在“段落”对话框中设定段落对齐方式外，还可以在“格式”工具栏中设定段落的对齐方式。在Word的“格式”工具栏中有“两端对齐”、“居中”、“右对齐”及“分散对齐”四项工具按钮，使用这四项工具按钮，就可以改变段落的对齐方式。当然，这里也有其它一些如缩进、间距等对段落的设置。⑶文档中插入表格：把鼠标移到文档中要插入的位置，然后用鼠标选择“表格”菜单，出现如下菜单：图10选择插入表格，出现如下菜单：图11在列数和行数文本框中设定表格的行数和列数，然后单击“确定”，回到Word文档编辑窗口，就会出现设定的表格。⑷文档编辑中修改。在文档的编辑中，需要对编辑过的文章进行修改，当出现这种情况时，可选择菜单栏中的“编辑”进行快速修改，如下图：图12选择“撤消”或“重复”菜单，可进行文章的快速修改。5、作业：用Word编辑一个1500字左右的文档，要求进行字体设置、段落设置和添加表格。二、Excel基础知识与使用1、Excel的基本功能介绍：Excel以二维表格作为基本的操作界面提供给用户，用户通过在表格中输入数据，而由程序自动完成诸如计算、等功能，同时电子表格还具有数据库处理功能。因此，电子表格被广泛应用于统计分析、财务分析、经济、行政等各个领域。2、Excel的基本概念与操作步骤：⑴基本概念：①工作薄：Excel所处理的文档称为工作薄，它是一个运算和存储数据的文件，可以在一个工作薄中管理各种类型的相关信息，Excel文件的后縀为“.XLS”。②工作表：可以把Excel的工作薄理解为一个帐本，帐本中的一页在Excel中称为一个工作表。Excel2003的工作表由65536行×256列组成的巨型表格。工作表用来列出数据和分析数据，表中可以存放图表、对话框、程序等。一个工作薄可以包括多个工作表，Excel2003默认为每个工作薄打开3个工作表，每个工作表有一个名字，称为工作表标签，系统把他们记作sheet1、sheet2、···等。在一个工作薄中昀多可以建立255个工作表。③单元格：工作表中的每一个表格称为单元格，它是组成工作表的昀小单位。用户输入的任何数据都是存放在单元格中的，这些数据可以是数字、公式、文字、图形、声音等。④单元格地址：为了能确定单元格的位置，给表格的行和列建立了坐标，列坐标从左至右标记为A、B、C、···，共256列，行坐标从上至下标记为1、2、3、···，共65536行。单元格的坐标称为单元格地址，如：A4。有时为了区分不同工作表中的单元格，可在地址前加工作表名称。如：sheet1！A8。⑤活动单元格：活动单元格是指当前正在使用的单元格，活动单元格的标志是其外有一个黑色的方框，这时所输入的数据会被保存在该单元格中。⑵Excel的打开、关闭与保存的操作步骤：①启动一个Excel，选择“文件”菜单，点击“新建”，即是新建立的Excel：图1②如图1打开已存在的文件则选择“文件”菜单中的“打开”，选择要打开文件的存放路径。同时，单击，可以回到目前所处文件夹的上一层文件夹之中。③如图1要保存正在编辑的Excel，则选择“文件”菜单中的“保持”，选择该文件的保存路径和该文件的保存格式。在Excel中使用[保存]指令时，如果文件已经保存过一次，那么单击[保存]指令时，文件就会直接进行保存，而不会出现[另存为]对话框了。当然，也可以把该文件另存为其它文件名或者其它文件格式。⑶工作薄、工作表和单元格的操作①通过菜单插入单元格，如下图，选择菜单栏中的“插入”，出现如下菜单：图2然后选择“单元格”，出现如下菜单，选择插入的格式，单击“确定”即可。图3②活动单元格鼠标单击任何单元格，使其成为当前可输入内容的单元格,则该单元格即为活动单元格。（每个单元格容纳32000个字符）。③工作表中输入数据a.输入的数据文字：默认左对齐；数字：输入正数，不用加+号，加了也被省略；用括号括住数字，表示输入的是负数，如：（321）表示-321；分数前加0与空格否则表示为日期，如1/2表示1月2日；输入的数字太长，表示为########，必须调整列宽才可显示数字；输入数字右对齐，若按文字处理，前加单引号；日期和时间：日期用/或-隔开，时间用：隔开，同时有日期和时间必须用空格分开,如：05/6/616：18：18；日期时间按数字处理，可作运算，日期表示距1900年1月1日的天数，时间表示距0时0分的秒数；默认24小时，若要以12小时制，后加入AM或PM，如输入6：18AM表示为上午的6点18分，不是下午；b.输入数据的方法单击单元格键入数据。用箭头←、↑、→、↓、回车或TAB来结束输入。改正错误的数据：按Backspace键删除光标左侧的字符。按Delete键删除光标右侧的字符（Excel的编辑工具栏修改数据更为方便）。对表中数据的修改和删除单元格中的修改:单击单元格，用←、↑、→、↓和Del等编辑键对数据进行修改。若删除单元格内容，按Delete键即可。④鼠标指针类型及作用常规鼠标指针：选择命令或选定对象；鼠标带阴影十字指针：选择单元格或区域；鼠标I型指针：输入数据；鼠标双向箭头：改变行号或列号的大小；鼠标双头斜箭头：改变图、表的大小。⑤选定单元格区域首先，将鼠标指针沿着矩形的一条对角线，从一个角单元拖到另一个角单元后再释放，即这个矩形被选定为一个区域。然后，单击要选定的行号或列号，即可选定整行或整列。接着，单击左上角的全选按钮，即可选定所有单元格。昀后,不连续的单元用CTRL键。⑥单元格数据的移动与复制数据移动:方法一:选定→编辑→剪切→编辑→-粘贴；方法二:选定→（鼠标指针变成一个箭头）拖动→目标位置放开。数据复制:方法一:选定→-编辑→复制→编辑→-粘贴；方法二:选定→（鼠标变成一个十字箭头）拖动→目标位置放开。⑦单元格的其它插入、删除及合并插入：在要插入空行的行号上单击右键，选择“插入”；合并：将多个相邻的单元格选中，按右键选“合并”；删除：选择要删除的行，按右键选“删除”。⑧多工作表中数据的编辑单击原工作表标签→选定单元格→复制/剪切→单击目标工作表标签→单击目标单元格→粘贴。⑨数据的类型与设置单元格数据类型Excel是一个数据处理与分析的软件，所以数据的类型就十分关键；右键单击单元格→“设置单元格格式”→“数字”标签。一般我们使用的是常规类型，只有特殊的数据才需要改变单元格类型。常见的数据类型常规、数值、时间、日期、百分比。5、作业：编辑如下学生成绩表，并计算学生的总分和每门课的平均分：学号姓名政治语文数学英语9801王小红84.59188859802梁虹春879581919803冯立峰778479749804吕国华808891789805胡建军9186.574809806李静静908791969807马晓莉82939789三、Foxmail的设置与使用1、软件基本功能介绍随着互联网的快速发展，电子邮件成为当今人们进行相互联系的常用工具之一，而Foxmail这个免费的收发电子邮件的工具正好为我们提供了方便。它具有收发电子邮件的功能，当进行一些设置后可在上网后自动收邮箱里的邮件。2、基本操作步骤⑴设置帐户首先打开Foxmail的主界面，选择“帐户”菜单下的“新建”，跳出一个向导，在向导中添加帐户的名称和邮件的存放路径，然后是填写发送者姓名和邮件地址，它要求用户输入“发送者姓名”与“邮件地址”信息。“发送者姓名”用来在发送邮件时追加用户姓名，以便于E-mail的接收者识别邮件到底是由哪个用户发送过来的；“邮件地址”则是在发送的邮件中显示发送者的E-mail地址，以便于接收者给您回信。然后是填写邮件服务器和密码，POP3是用来接收邮件的服务器，SMTP是用来发送和中转邮件的服务器。密码是指邮箱的密码。对于一些常用的免费邮箱，如：163、新浪等，Foxmail会自动填写正确的POP3和SMTP服务器地址。如果服务器地址填写不正确，就不能正常收/发邮件。昀后是选择是否需要进行SMTP验证和邮箱是否保留邮件，一般需要选择SMTP验证才可以进行发送邮件的。其它帐户管理可看帮助文件。⑵收发邮件当设置好帐户后，选择要设置的帐户，单击鼠标右键，选择属性，弹出一个对话框，选择接收邮件，选中”每隔”就可设置多少时间进行自动收取该帐户下邮箱的邮件。选择“发送邮件”可设置邮件格式，也可添加如发送邮件时添加自己的名片等自我风格的邮件。⑶删除邮件的恢复在使用邮件过程中难免会删除一些所谓垃圾信件，但是万一你想恢复误删除的邮件呢？如果你删除的信件还没有完全删除，也就是说在删除时并没有同时按下“SHIFT”键，这时文件还在废件箱，我们可以从废件箱中将刚才删除的信件拉回来。(方法是在废件箱中选中要恢复的信件，用鼠标拖动到你要