系统生物学系统科学与生物体系统

系统生物学:系统科学与生物体系统作者：孙兰芳，姜璐，SUNLan-fang，JIANGLu作者单位：北京师范大学系统科学系,北京,100875刊名：系统工程理论与实践英文刊名：SYSTEMSENGINEERING—THEORY&PRACTICE年，卷(期)：2005，25(10)引用次数：5次参考文献(40条)1.汪堃仁.薛绍白.柳惠图细胞生物学19982.朱玉贤.李毅现代分子生物学20013.KitanoHSystemsbiology:Abriefoverview20024.KitanoHComputationalsystemsbiology20025.HoodLSystemsBiology:integratingtechnology,biology,andcomputation20036.AuffrayC.ImbeaudS.Roux-RouquiéMM.HoodLFromfunctionalgenomicstosystemsbiology:conceptsandpractices20037.WernerESystemsbiology:thenewdarlingofdrugdiscovery?20028.WolkenhauerOSystemsbiology:thereincarnationofsystemstheoryappliedinbiology?2001(3)9.WolkenhauerOMathematicalmodelinginthepost-genomeera:understandinggenomeexpressionandregulation-asystemtheoreticapproach200210.FoeVE.FieldCM.OdellGMMicrotubulesandmitoticcyclephasemodulatespatiotemporaldistributionsofF-actinandmyosinⅡinDrosophilasyncytialblastodermembryos200011.SRIVASTAVAR.YOUL.SUMMERSJ.YINJStochasticvs.Deterministicmodelingofintracellularviralkinetics2002(3)12.SchilstraM.RustA.AdamsR.BolouriHAfinite-stateautomatonmodelformulti-neuronsimulations200213.StevensCFSystemsbiologyversusmolecularbiology2004(2)14.Moller-LevetCS.KlawonnF.ChoK-H.WolkenhauerOFuzzyclusteringofshorttime-seriesandunevenlydistributedsamplingpoints200315.GarciaJN.WolkenhauerODynamicmodelingofmicroarraytimecoursedata200116.BrownMPS.GrundyWN.LinDavidKnowledge-basedanalysisofmicroarraygeneexpressiondatabyusingsupportvectormachines2000(1)17.OliveriP.CarrickDM.DavidsonEHAregulatorygenenetworkthatdirectsmicromerespecificationintheseaurchinembryo200218.AlvesR.ChaleilRAG.SteinbergMJEEvolutionofenzymesinmetabolism:Anetworkperspective200219.RavaszE.SomeraAL.MongruDA.OltvaiZN,BarabáásiA-LHierarchicalorganizationofmodularityinmetabolicnetworks200220.YookS-H.OltvaiZN.BarabáásiA-LFunctionalandtopologicalcharacterizationofproteininteractionnetworks200421.JeongH.MasonSP.BarabásiA-L.OltvaiZNLethalityandcentralityinproteinnetworks200122.GardnerTS.CantorCR.CollinsJJConstructionofagenetictoggleswitchinEscherichiacoli200023.ElowitzMB.LeiblerSAsyntheticoscillatorynetworkoftranscriptionalregulators200024.HuangC-YF.FerrellJEJrUltrasensitivityinthemitogon-activatedproteinkinasecascade199625.AsthagiriAR.LauffenburgerDAAcomputationalstudyoffeedbackeffectsonsignaldynamicsinaMitogen-ActivatedProteinKinase(MAPK)pathwaymodel200126.BhallaUS.RamPT.IyengarRMAPkinasephosphataseasalocusofflexibilityinamitogen-activatedproteinkinasesignalingnetwork2002(5583)27.SchoeberlB.Eichler-JonssonC.GillesED.MüllerGComputationalmodelingofthedynamicsofthemapkinasecascadeactivatedbysurfaceandinternalizedEGFreceptors200228.HoffmannA.LevchenkoA.ScottML.BaltimoreDTheIkappaB-NF-kappaBsignalingmodule:temporalcontrolandselectivegeneactivation200229.ChoK-H.WolkenhauerOAnalysisandmodelingofsignaltransductionpathwaysinsystemsbiology200330.ChoK-H.ShinS-Y.LeeH-W.WolkenhauerOInvestigationsintotheanalysisandmodelingoftheTNFαmediatedNF-κBsignalingpathway2003(11)31.LipniackiaT.PaszekbP.BrasierdAR.LuxoncB,KimmelbMMathematicalmodelofNF-kBregulatorymodule200432.SchoeberlB.GillesED.ScheurichPAmathematicalvisionofTNFreceptorinteraction200233.BhallaUS.IyengarREmergentpropertiesofnetworksofbiologicalsignalingpathways1999(5400)34.AgudaBD.SauroHMComputersimulationofMAPKsignaltransduction200435.DavidovEJ.HollandJM.MarpleEW.NaylorSAdvancingdrugdiscoverythroughsystemsbiology2003(4)36.KitanoHCancerasarobustsystem:implicationsforanticancertherapy200437.KitanoHTumourtactics200338.AlbertR.BarabásiA-LStatisticalmechanicsofcomplexnetworks200239.HollandJHGeneticalgorithmsandtheoptimalallocationoftrials197340.HollandJHHiddenOrder1996相似文献(10条)1.期刊论文刘海龙.LIUHai-long系统生物学:走向整体论的生物学-系统科学学报2009,17(1)从分子生物学到系统生物学实现了由还原论向整体论的转变.整体论的研究理念与方式开始渗透到生命科学研究的各个领域,并对整个生命科学的发展起着重要的推动作用.但整体论不可能是一种纯粹的整体论,而应该是兼容还原论的整体论.2.会议论文赵宏杰时间生物学:系统生物学思想方法的精髓与新发展的突破口2006时间生物学和系统生物学是生物学中蓬勃发展的新兴学科,分子生物学的发展,为时间生物学的理论和观点,找到了越来越多的物质基础.时间是系统生物学研究方法中的关键要素,时空整体论和时空还原论是研究系统尤其复杂系统的必须方法.生物节律的复杂性及其划分,是时空整体论和时空还原论的在生物学研究的具体应用.系统代谢组学与整体系统生物学为此提供了初步的证明,以内环境为目标并借用中医学的信息模型,会非常充分的实现整体系统生物学与时间生物学的整合.3.期刊论文沈自尹.黄建华.林伟.王琦.吴斌.刘小雨.张新民.许世雄.张卫东从整体论到系统生物学进行肾虚和衰老的研究-中国中西医结合杂志2009,29(6)中医学对世界医学的贡献之一就是整体现,我们从整体观出发研究了肾阳虚证与下丘脑-垂体-靶腺轴功能紊乱的联系;采用基因芯片技术研究老年大鼠(肾虚证)及中药干预后下丘脑-垂体-肾上腺-胸腺(HPAT)轴的分子网络调控规律;通过基因芯片也揭示存在于老年大鼠下丘脑、垂体、肾上腺、淋巴细胞、骨骼、肝脏、肾脏等与肾相关组织的神经-内分泌-免疫以及神经-内分泌-骨代谢两大基因网络路线,从而推进证的整体性研究.近年按照系统生物学的动态、干预、多层面整合的要求,在全基因组转录水平、代谢组和单个衰老相关信号通路3个不同层面揭示衰老在不同层面的共同规律;揭示出基因的时空关联随着衰老进程逐渐弱化;并且中药淫羊藿总黄酮能有效改善衰老在上述两方面的系统改变.因此从整体观到系统生物学的转变可能促进中医学进入现代生命科学领域.4.期刊论文贾伟.赵立平.陈竺.JiaWei.ZhaoLiping.ChenZhu系统生物医学:中西医学研究的汇聚-世界科学技术-中医药现代化2007,9(2)用系统的思想和方法对多因素复杂性疾病进行研究的关键是要采取中医的整体性策略,完整地把握人体水平的病理生理变化特性,并进行自上而下式的还原分析,直至在分子水平上阐明疾病的发生和发展机制.我们提出采用这样研究策略下的系统生物医学概念,旨在提倡建立一个具有我国特色的、具有预测性、预防性和个性化治疗功能的医学体系.系统生物医学的研究方法更符合多基因复杂性疾病的特点,能够充分发扬祖国医学的优势,有力推动中医学和西方现代医学研究的汇聚和融合.5.期刊论文杨凌.刘洪涛.马红.刘勇.郝大程.YangLing.LiuHongtao.MaHong.LiuYong.HaoDacheng系统生物学在中药ADME性质研究中的应用-世界科学技术-中医药现代化2007,9(1)本文从中医的研究角度综述了系统生物学的定义、研究框架、范围和方法论特点,并以PB-PK和PBPD研究为实例,详述了系统生物学方法论在药学研究中的最新应用和进展,阐明了系统生物学是还原论基础上的整体论.中医药是中医整体辩证理论指导下的复杂体系,拟乘系统生物学之势将面对诸多基础问题的挑战,然而中药ADME性质的阐明将成为