pymol作图的一个实例

Pymol作图的实例这是一个只是用鼠标操作的初步教程Pdb文件3ODU.pdb打开文件pymol右侧All指所有的对象，2ODU指刚才打开的文件，(sele)是选择的对象按钮A:代表对这个对象的各种action，S：显示这个对象的某种样式，H：隐藏某种样式，L：显示某种label，C：显示的颜色下面是操作过程：点击all中的H，选择everything，隐藏所有点击3ODU中的S，选择cartoon，以cartoon形式显示蛋白质点击3ODU中的C，选择byss，以二级结构分配颜色，选择点击右下角的S，窗口上面出现蛋白质氨基酸序列，找到1164位ITD，是配体点击选择ITD，此时sele中就包含ITD这个残基，点击（sele）行的A，选择renameselection，窗口中出现，更改sele为IDT，点击（IDT）行的S选择sticks，点击C，选择byelement，选择，，调整窗口使此分子清楚显示。寻找IDT与蛋白质相互作用的氢键：IDT行点击A选择find，选择polarcontacts，再根据需要选择，这里选择tootheratomsinobject,分子显示窗口中出现几个黄色的虚线，IDT行下面出现了新的一行，这就是氢键的对象，点击这一行的C，选择redred，把氢键显示为红色。接着再显示跟IDT形成氢键的残基点击3ODU行的S，选择lines，显示出所有残基的侧链，使用鼠标转动蛋白质寻找与IDT以红色虚线相连的残基，分别点击选择这些残基。注意此时selecting要是residures。选择的时候要细心。取消选择可以再次点击已选择的残基。使用上述的方法把选择的残基（sele）改名为s1。点击S1行的S选择sticks，C选择byelements,点击L选择residures显示出残基名称.在这个例子中发现其中有一个N含有3个氢键有两个可以找到与其连接的氨基酸残基，另一个找不到，这是因为这个氢键可能是与水分子形成的，水分子在pdb文件中只用一个O表示，sticks显示方式没有显示出来水分子，点击all行S选择nonbonded，此时就看到一个水与N形成氢键，点击分子空白处，然后点击选择这个水分子，更改它的名字为w。在all行点击H，选择lines，在选择nonbonded，把这些显示方式去掉只留下cartoon。点击w行s选择nb-spheres.到目前为止已经差不多了下面是一些细节的调整残基名称位置的调整：点击右下角是3-buttonviewing转变为3-buttonviewingediting，这样就可以编辑修改pdb文件了，咱们修改的是label的位置。按住ctrl键点击窗口中的残基名称label，鼠标拖拽到适合的部位，是显示更清晰。然后调整视角方向直到显示满意为止，这时就可以保存图片了，filesaveimageaspng这样的图片勉强能用，为了得到更高质量和更漂亮得图片在作如下处理SettingcartoonhighlightcolorSettingcartoonfancyhelixSettingtransperencycartoon50%调节透明度Settinglabelsize可以调节label字体大小Displaybackgroundcolorwhite背景设置为白色此时窗口中的图像应该不怎么好看，点击右上角的ray，等待一会，完成后就发现图片好多了，这时千万不要再在图片上点击了，赶快保存图片。最后再介绍几个命令，还是命令更厉害setlabel_size,28设置字体大小在最后一步ray的时候，可以输入命令ray，要得到其他分辨率的图片可以打命令rayx,y如ray2000,1400就生成2000*1400分辨率的图片。打包的文件包括3ODU.pdb3ODU.pse1.png2.png打开pse文件可以直接看到制作完成时的样子飞毛腿2011-4-18