第2章--氨基酸与蛋白质的一级结构

第二章氨基酸与蛋白质的（5学时）第一节：氨基酸，2学时第二节：氨基酸的分离分析，0.5学时第三节：肽及蛋白质，0.5学时第四节：蛋白的分离，1学时第五节：一级结构测定，1学时蛋白质种类与功能的多样性1010-1012结构蛋白贮藏蛋白收缩蛋白转运蛋白第一节氨基酸180多种天然AA，大多数是不参与蛋白质组成的。这些AA被称为非蛋白质AA。参与蛋白质组成的AA为蛋白质AA，常见的只有20种基本氨基酸，标准氨基酸表达方式：三字母或单字母的简写符号（一）-氨基酸的结构通式除脯氨酸外，其他均具有如下结构通式。各种氨基酸的区别在于侧链R基的不同。-氨基酸可变部分不变部分COOHCHH2NR一、基本氨基酸(二)常见的标准AA－20种1,按侧链R基的化学结构，分为三类脂肪族氨基酸—15种C2:1C3:3C4:3C5:4C6:4芳香族氨基酸－3种杂环族氨基酸－2种脂肪族氨基酸芳香族氨基酸－3种杂环族氨基酸GlyAlaValLeuIlePheTyrTrpCysMetSS氨基酸的R基大小2，根据酸碱性分类:酸性氨基酸:2个–COOH、1个-NH2Asp，Glu碱性氨基酸:1个–COOH、2个碱性基团（氨基、胍基、咪唑基）Arg，Lys，His中性氨基酸:1个–COOH、1个-NH23，按R基的极性性质分为4类：非极性氨基酸：9极性不解离：6极性氨基酸解离带负电荷：2酸性极性解离解离带正电荷：3碱性POLARNON-POLARTyrHisGly酸性中性BasicAspGluGlnCysAsnSerThrLysArgAlaValIleLeuMetPheTrpPro氨基酸的极性分类极性或非极性，是影响蛋白质结构与性质的关键。--+++SS有大有小有正有负有极性非极性形形色色的氨基酸側基特殊氨基酸含硫氨基酸含羟基氨基酸-Cβ带分支氨基酸二羧基一氨基氨基酸二氨基一羧基氨基酸亚氨基酸二、非标准氨基酸在少数蛋白质中分离出一些不常见的氨基酸，通常称为非标准氨基酸。由相应的基本氨基酸衍生而来的。NHHOCOOH4-羟基脯氨酸H2NCH2CHCH2CH2CHCOOHOHNH25-羟基赖氨酸NH2CH3NHCH2CHCH2CH2CHCOOH6-N-甲基赖氨酸HOIICH2CHCOOHNH23,5-二碘酪氨酸三、氨基酸的旋光性和构型COOHCHH2NR*•除甘氨酸外，皆含手性C，皆为L-构型（蛋白中的氨基酸）；•旋光方向不同。左或右旋。旋光仪测定。•比旋光度[α]D25(单位浓度、单位长度下的旋光度，＝α/c*l)是氨基酸的重要物理常数之一，是鉴别各种氨基酸的重要依据。四：特征光吸收在近紫外区(200-400nm)只有酪氨酸、苯丙氨酸和色氨酸有吸收光的能力。酪氨酸的max＝275nm，色氨酸的max＝280nm苯丙氨酸的max＝257nm五氨基酸的酸碱性质一）氨基酸的兼性离子形式：氨基酸的两个重要性质：氨基酸晶体的熔点高（200C）；氨基酸使水的介电常数增高。AA是两性电解质COOHNH2H+COO-R-C-HNH2H+R-C-HCOO-NH2R-C-H酸性环境中性环境碱性环境+1-10pK1~2pK2~9.4等电点6.0等电点pI：所带净电荷为零。电场中不移动。此氨基酸在pH2或9附近，有缓冲作用。组氨酸咪唑基的pKa为6.0，唯一生理pH有缓冲能力（23）赖氨酸的解离及等电点计算HA2+A+A0A-等电点(isoelectricpoint,pI)：分子呈电中性时溶液的pH值。为兼性离子两侧解离基团的算术平均值。中性氨基酸：酸性和碱性基团的算术平均值：pI=(pK’-COO-+pK’-NH2)/2，pI～6酸性氨基酸：两个酸性解离基团的算术平均值pI=(pK’-COO-+pK’R-COO-)/2，pI～2碱性氨基酸：两个碱性解离基团的算术平均值pI=(pK’-NH2+pK’R-NH2)/2，pI7不同pH值时所带电荷pH=pI氨基酸呈电中性，电泳不移动pHpI氨基酸带正电荷，向阴极移动pHpI氨基酸带负电荷，向阳极移动在一定pH范围中，溶液的pH离AA等电点愈远，AA带净电荷愈多，泳动速度越快。补充：化学性质COOHCHH2NR亚硝酸反应烃基化反应酰化反应脱氨基反应西佛碱反应成盐成酯反应成酰氯反应脱羧基反应叠氮反应侧链反应茚三酮反应成肽反应除Pro生成黄色化合物外,其它AA生成蓝紫色化合物（570nm）;与茚三酮反应用途：常用于氨基酸的定性或定量分析。CCCOOO茚三酮CCCOOOHOHH2OH2O水合茚三酮CO2NH2RCHO++++CCCOOHOHH2NCHCOOHRCCCOOOHOH+2NH3CCCOOCCCOO-NH4+NH2O2++CCCOOOCCCOOHHO补充：含氮量稳定氨基酸的结构通式为α氨基酸。蛋白质除含C,H,O外，还含有N。AA平均分子量为110。不同蛋白的含氮量皆在16%左右。只需测定N含量，N含量/16%即为蛋白含量。----凯氏定氮法的理论基础第二节、氨基酸的分离分析根据R基的极性。原理：分配层析。①滤纸层析：②薄层层析：根据氨基酸的净电荷及R基的极性：③离子交换层析：阴离子交换树脂-N(CH3)3OH，阳离子交换树脂-SO3H根据氨基酸的净电荷及质点大小：④电泳：分配层析的一般原理层析法――色层分析法（色谱）系统的组成固定相（静相）流动相（动相）分配定律――当溶质在两种给定的互不相溶的溶剂中分配时，在一定的温度下达到平衡后，溶质在两相中的浓度比值为一常数.此比值即分配系数（kd）。一）纸层析固定相：纤维素上吸附的水流动相：展层溶剂，有机相层析时，混合AA在两相中不断分配，疏水性强的AA在固定相水中溶解度较小，与水的作用力也较小，随展层剂的展层（移动）也移动较远距离（迁移率Rf大）。极性强的Rf值小，疏水性强的Rf大。分离、鉴定AA混合物的方法。将下列每组混合物分别用正丁醇-醋酸-水进行纸层析，指出每组的相对迁移率。(1)Val和Lys;(2)Phe和Ser;(3)Leu、Ala、Ser第三节肽和蛋白质一个氨基酸的羧基与另一个氨基酸的氨基之间失水形成的酰胺键称为肽键，所形成的化合物称为肽。一、肽、肽键与肽链由两个氨基酸组成的肽称为二肽，由几个到几十个氨基酸组成的肽称为寡肽，由更多个氨基酸组成的肽则称为多肽。组成肽链的氨基酸单元称为氨基酸残基。CCNCCNCCNCCNCCH2CHCH2CH2CH2COO-OHCO2HCH2CONH2OHCH3H3N+OOOOHHHHHHHHHSerValTyrAspGlnCH3N-端C-端肽键在多肽链中，氨基酸残基按一定的顺序排列，这种排列顺序称为氨基酸顺序。方向性：一条多肽链有两个末端，自由-氨基，称为氨基端或N-端；游离-羧基，称为羧基端或C-端。氨基酸的顺序：N-端→C-端如上述五肽可表示为：Ser-Val-Tyr-Asp-Gln丝氨酰缬氨酰酪氨酰天冬氨酰谷氨酰胺肽单位主链：侧链二、肽的解离性质肽具有酸碱两性性质和等电点。肽的酸碱性质主要来自游离末端-NH2和游离末端-COOH以及侧链R上可解离的基团。每一种肽都有其相应的等电点。末端-NH2,-COOH比游离氨基酸的酸碱度降低。三、生物活性肽在生物体中，多肽最重要的存在形式是作为蛋白质的亚单位。但是，也有许多分子量比较小的多肽以游离状态存在。这类多肽通常都具有特殊的生理功能，常称为活性肽。如：脑啡肽；激素类多肽；抗生素类多肽；谷胱甘肽；蛇毒多肽等。部分肽中含有D-氨基酸。CO-NH-CH-CO-NH-CH2-COOHCH2CH2CHNH2COOHCH2SH1.参与体内氧化还原反应2.作为辅酶参与氧化还原反应保护巯基酶或含Cys的蛋白质中SH的还原性防止氧化物积累GSH+GSH----GSSG第四节、蛋白的分离根据：所要提取的蛋白（目的蛋白）与其它蛋白（杂蛋白）的不同进行分离。■溶解度不同:反相柱层析；盐析■分子量不同:透析；凝胶过滤法■所带电荷不同:电泳；离子交换层析特有的亲和力：亲和层析一）盐析法：溶解度不同不同的蛋白质溶解度不同。且溶解度随外界条件如盐浓度，pH值，温度等而变。■盐对蛋白质浓度的影响●盐溶Salting-in:加少量盐使蛋白质溶解度变大●盐析Salting-out:加大量盐使蛋白质由溶液中沉淀出來■蛋白质溶解度和pH值及盐浓度有关0.0010.0050.010.02[NaCl](mol/L)pI4.85.05.25.45.6pH溶解度蛋白的稳定因素：（1）带电层（2）水化层加入少量盐：增加带电层，促进溶解。--------盐溶Aggregate蛋白质分子表面的疏水性区域，聚集许多水分子，当加入盐时，這些水分子被抽出，暴露出來的疏水性区域互相结合，形成沉淀。■盐析Salting-out：Ionicstrength溶解度AmmoniumsulfateSodiumsulfateAlittlesalting-ineffectNH4+SO42-=hydrophobic不同蛋白的溶解度曲线硫酸铵分级沉淀二）凝胶过滤法：分子量不同又称为分子筛层析。依蛋白质分子量的差异，通过具有分子筛性质的凝胶而分离。葡聚糖凝胶G10-G200琼脂糖凝胶2B,4B,6B聚丙烯酰胺凝胶S100－S600■凝胶颗粒小分子进入凝胶分子内，被滞留大分子在凝胶颗粒间移动，较快流出溶剂流动方向按分子量从大到小依次流出问题：已知下列蛋白的分子量。问以凝胶过滤法洗脱时蛋白质的洗脱顺序如何？（凝胶分级范围为5000～400，000）蛋白质分子量肌红蛋白16，900过氧化氢酶247，500细胞色素C13，300肌球蛋白524，800血清蛋白68，500④②⑤①③三）亲和层析法：特定亲和力如两分子间有专一性亲和力（特别的结合和识别能力，具有针对性），以其中一种作为“鱼饵”，可把另外一种“钓”出来。其它蛋白不被吸引而结合不上。■亲和层析法的作用机理：固相载体(1)(2)(3)ABSampleWashingElutionXB亲和基团的配体XBAA四）蛋白电泳在外电场的作用下，带电颗粒向着与其电性相反的电极移动，这种现象称为电泳。蛋白质有各自的等电点。在非等电点时，蛋白质颗粒均带有不同的电荷。蛋白质颗粒在电场中移动的速度（v）取决于电场强度(E)，所带的净电荷(q)以及与介质的摩擦系数(f，即颗粒大小及形状)。SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳SDS（十二烷基磺酸钠）是一种阴离子型表面活性剂，它能够与蛋白质中的氨基酸残基按大约12比例结合，使蛋白以一条无构型的长条分子存在，且分子表面均匀结合一层负的SDS的电荷，蛋白质分子原有电荷间的差别则可以忽略。用已知分子量的蛋白质作为标准，则可以估算出不同蛋白质的分子量。第五节蛋白质一级结构的测定定义——1969年，国际纯化学与应用化学委员会（IUPAC）规定：蛋白质的一级结构指蛋白质多肽连中AA的排列顺序，包括二硫键的位置。F.Sanger(1953,CambridgeU)Insulin胰岛素(A,Bchains)以传统氨基酸定序法决定蛋白质序列SSSSSS+NH3NH3+-OOCQGIVEQCCTSICSLYLENYCNCOO-FSFVNQHLCGHLVEALYLVCGERGFYTPKTB-chainA-chain一）、Edmandegradation降解法测定氨基酸顺序的一般测定步骤（1）测定多肽链的数目，拆分多肽链，分析多肽链的N末端和C末端残基（2）断裂多肽链内、间的二硫键（3）测定每条多肽链的AA组成（4）多肽链断裂成小肽段（5）测定各个肽段的AA顺序（6）确定肽段在多肽链中的次序（7）确定原多肽链中二硫键的位置Sanger法。2,4-二硝基氟苯在碱性条件下，能够与肽链N-端的游离氨基作用，生成二硝基苯衍生物（DNP-肽）。酸解，得黄色DNP-氨基酸，用乙醚抽提分离。不同的DNP-氨基酸可以用色谱法进行鉴定。（一）N末端分析法二