系统发育树的编辑

系统发育树的编辑与图形输出*可用于系统发育树编辑与图形输出的软件很多，可根据研究目的和使用习惯选择其中的一种或几种使用。与系统发育分析软件一样，各种编辑系统发育树的软件也可在一下网址下载：://bioinfo.unice.fr/biodiv/Tree_editors.htmlDendroscope的使用*该软件可免费下载，地址是：*该软件安装后必须注册，否则部分功能无法解锁，注册密码可在下载软件的网页内的“Dowload”条目下点击“Obtainalicensekeyonline”[Useoftheprogramrequiresalicense.Academiclicensesarefreelyavailabletoallacademicusers.Usageinnon-academicsettingsrequiresafreecommericallicense.AllusesoftheprogrammustbeacknowledgedbycitingourpaperonDendroscope.Obtainalicensekeyonline.]Yourpersonallicence-keyis:[e-mail]11590779一、树的导入和选择运行“Dendroscope”，点击“File→Open”，在弹出的“打开”对话框中指定要打开的树文件，点击“确定”按钮即可导入树文件。如果一个文件中包含多棵树，可用“Tree→NextTree”和“Tree→PreviousTree”菜单命令选择。用“File→RecentFiles”可直接打开最近编辑过的树文件。用“Windows→EnterTree”菜单命令可以在弹出的“Input”小窗口中直接用键盘输入一棵Newick格式的树。二、树的编辑1.分支的选择：用“Select→……”菜单命令可根据需要选择部分或全部分支。“Select→SelectAll”：选择全部分支和节点。用“Select→DeselectAll”或将鼠标移到非树区域点击左键可取消全部选择。“Select→SelectNodes”：选择全部分支节点，包括末端分类单元；按住“Shift”键点击鼠标左键可选定任意数量的分支节点。用“Select→DeselectNodes”可取消对节点的选择。“Select→SelectEdges”：选择全部分支；按住“Shift”键点击鼠标左键可选定任意数量的分支。用“Select→DeselectEdges”可取消对分支的选择。“Select→SelectLabeledNodes”：选择有标签的节点；按住“Shift”键点击鼠标左键可选定任意数量的分支节点。用“Select→DeselectNodes”可取消对这些节点的选择。“Select→SelectLabeledLeaves”：选择树的分支末端（即树叶leaves），按住“Shift”键点击鼠标左键可选定任意数量的分支末端。用“Select→DeselectNodes”可取消对这些分支末端的选择。“Select→SelectRoot”：选择树根节点，用“Select→DeselectNodes”可取消对树根节点的选择。“Select→SelectNon-terminal”：选择不与分支末端相连的分支，按住“Shift”键点击鼠标左键可选定任意数量的非末端分支。用“Select→DeselectEdges”可取消对这些分支的选择。“Select→InvertSelection”：可选定与刚才的选定的对象相反的对象。例如，先用“Select→SelectNodes”命令选定分支节点，则用“Select→InvertSelection”命令可转而选定所有分支；先用“Select→SelectNon-terminal”命令选定了不与分支末端相连的分支，则用“Select→InvertSelection”命令可转而选定所有的与分支末端相连的分支；先用“Select→SelectRoot”选定了树根节点，则用“Select→InvertSelection”命令可转而选定所有的非根节点和分支；其余类推。2.分支塌陷、提取子树及导入分类单元图像“Option→Collapse”：[Collapseselectednodes]可以使选定节点以后的分支塌陷，合并为一个关系不确定的分支群。用“Option→Uncollapse”命令可以指定恢复塌陷的分支；用“Option→UncollapseSubtree”命令可以恢复选定节点以下的所有塌陷的子树。“Option→CollapseComplement”：[Collapsethecomplementofcurrentlyselectednodes]使当前选定节点的互补分支（即与选定节点构成单系的分支？）塌陷。用“Option→Uncollapse”命令可以指定恢复塌陷的分支；用“Option→UncollapseSubtree”命令可以恢复选定节点以下的所有塌陷的子树。“Option→CollapseAtLevel”：[Collapseallnodesatgivendepthintree]在指定的分支水平上使分支塌陷；分支水平的计算方法是从树根算起，第1个不与末端分支直接连接的分支为1级分支，1级分支之后的不与末端分支直接连接的分支为2级分支，其余类推。用“Option→Uncollapse”命令可以指定恢复塌陷的分支；用“Option→UncollapseSubtree”命令可以恢复选定节点以下的所有塌陷的子树。“Option→ExtractSubtree”：[Extractsthesubtreeinducedbythesetofselectednodes]提取由选定的节点集形成的子树。“Option→LoadTaxonImages”：[Loadtaxonimagesfromadirectory]，从指定路径导入分类单元图像（导入后若想删除，应该如何操作？）。“Option→SetImageSize”：可设置导入的分类单元图像的高度。“Option→ImagePosition”：[Setlayoutofimagestothegivenpositionoflabel]调节分类单元图像在与分支末端标签（分类单元名称）的相对位置。*在“Option→……”菜单命令下还可生成不同要求的合一树，但一般用户不会使用该功能。3.线条及分支末端标签（分类单元名称）的编辑（1）一般特性的编辑选定分支或分支末端标签，点击“Edit→Format”菜单命令（或将鼠标移到选定的对象上单击右键，在弹出菜单中选择“EditEdgeLabel”选项），在弹出来的“Format”对话框中可编辑线条粗细（Edgewidth）、线条形状（Edgestyle）、节点大小（Nodesize）、节点形状（Nodeshape）、线条和末端标签的颜色（在调色板Swatches中调节，要选中“Linecolor”和“Labelcolor”才能调节，“Recent”小调色板记录了最近使用过的颜色，因此，只要小调色板中有需要的颜色，也可以从小调色板中选择调整）、标签的字体（Font）/字号（Size）/粗体（Bold）/斜体（Italic）甚至旋转标签（“rotatelabeleft”和“rotatelabelright”图标，要使标签恢复原来的位置，点击“View→Repositionlabels”菜单命令）。（2）末端分支标签的查找与替换用“Edit→Find/Replace”菜单命令可以查找指定的末端分支标签并用新的标签替换。选定末端分支标签后单击右键，在弹出菜单中点击“EditNodeLabel”选项将弹出“Input”对话框，在“EditNodeLabel”栏内输入新的标签名称，点击“OK”按钮即可替换原来的标签。4.系统发育树的图形布局编辑使用“Tree→……”菜单命令可以选择自己喜欢的或符合需要的图形布局。5.图形的缩放与节点/线条标签的显示及隐藏。（1）图形的放大与缩小：点击“View→FullyContract”或“View→ZoomtoFit”菜单命令可以使树紧缩而在屏幕上显示整棵树的轮廓；点击“View→FullyExpand”菜单命令可以使树的分类单元紧密排列但又可以清楚浏览（程序默认的最佳显示比例）；将鼠标移到树的区域内的任何位置，滚动鼠标滚轮可调节树的分类单元之间的间隔（即紧缩或扩展程度），以便浏览；点击“View→UseMagnifier”菜单命令可以显示放大镜用于放大和缩小图的显示比例（放大镜以鱼眼方式显示树的分类单元之间的间隔，即屏幕中间的分类单元之间间隔最宽，两侧依次紧缩，一般情况下不必使用），再次点击该命令可以隐藏放大镜。将鼠标移到窗口右侧的滚动条区域，滚动鼠标滚轮可以上下滚动浏览树的分支，也可直接用鼠标拖动滚动条或点击滚动条上下两端的“▲”和“▼”图标来滚动浏览。（2）节点/线条标签的显示、隐藏及查找/替换用“View→ShowNodeLabels”菜单命令可以显示节点标签，用“View→HideNodeLabels”可以隐藏节点标签。用“View→ShowEdgeWeights”或“View→ShowEdgeLabels”菜单命令可以显示线条标签，“View→HideEdgeLabels”可以隐藏线条标签。“View→SparseLabels”：Showsparsenon-overlappingsubsetofalllabels.“View→RadialLabels”：Rotatelabelstomatchdirectionsofedges.“View→RepositionLabels”：Resetthepositionsofalllabels.三、树的输出1.以文本形式保存树文件经过编辑后的树文件若想以文本形式保存，最好使用“File→SaveAs…”另存，以便保留系统发育分析时生成的原始树文件供不同分析时使用。保存时要注意选用合适的文件格式，可选“*.den”/“*.dendro”格式或其它格式“AllFiles”。若用“File→Export…”菜单命令，则可选择“Dendro”、“Newick”或“Nexus”格式。2.以图形形式输出树文件发表论文时需要使用图形系统发育树，经过编辑后的树可通过“File→Exportimage…”菜单命令输出为图形文件。输出图形前可将鼠标移到系统发育树的区域内（见图形的缩放），通过滚动鼠标转轮将分支之间的间距调整到最佳状态，必须以矢量图格式（*.eps）输出图形，以便保证图形放大缩小时分辨率不发生改变。FigTreev1.1.2.exe使用说明*该软件必须在Java环境下才能运行。[FigTreerequiresaJavaVirtualMachinetorun.Manysystemswillalreadyhavethisinstalled.Itrequiresatleastversion1.5ofJavatorun.ThelatestversionsofJavacanbedownloadedfrom:]*该软件可很方便地选择树的分支并根据需要设置不同的颜色，选择合适的图形布局，对树重新赋根，调节树的分支线的粗细，显示或隐藏节点和分支标签及调整比例尺等，但尚不知道如何编辑分类单元名称。一、导入树文件该软件是一个免安装可执行文件，可与树文件一起拷贝到一个独立的文件夹下使用。双击该程序文件，用弹出来的“打开”对话框指定并打开需要编辑的树文件。与其它许多软件不同，该软件必须在导入树文件时