Material Studio的安装

第二章MaterialStudio的安装要求：能自行安装MaterialStudioforWindows和Linux，并能进行简单的配置，能查看Gateway一、客户端系统要求（MaterialsVisualizer）：操作系统:Windows2000Professional-SP4WindowsXPProfessional-SP2（Windows2003)WindowsVista-SP1(Windows2008)硬件：Intel®Pentium®IIIorcompatibleprocessorrunning1GHZ800×600分辨率显示系统(推荐1024×768)512MBRAM(推荐1GB)730MB硬盘空间（完全安装）16-bit/65536colors（显示卡）系统要求：一、客户端系统要求：操作系统:Windows2000Professional-SP4WindowsXPProfessional-SP2（Windows2003)WindowsVista-SP1(Windows2008)硬件：Intel®Pentium®IIIorcompatibleprocessor1GHZ800×600分辨率显示系统(推荐1024×768)512MBRAM(推荐1GB)730MB硬盘空间（完全安装）16-bit/65536colors（显示卡）二、服务器端系统要求：操作系统:Windowsservers(单机):Windows2000Professional,Server-SP4Rollup1Windows2003Server,alleditions-SP2andR2WindowsXPProfessional-SP2WindowsVista-SP1Windows2008-Sp1Windowsservers(Cluster):MicrosoftHighPerformanceComputing(HPC)Server作业调度软件LSF(LoadSharingFacility)在无网络连接的机子上要实现并行，则需要安装Loopback系统比Windows系统效率高Linux服务器:x86(32-bit)处理器(包括clusters):RedHatEnterpriseLinuxAS,ES,andWS-3.0(update9)RedHatEnterpriseLinuxAS,ES,andWS-4.0(updates5and6)SuSE™LinuxEnterpriseServer-9(SP4)and10(baseorSP1)x86-64处理器(包括clusters):RedHatEnterpriseLinuxAS,ES,andWS-4.0(updates5and6)RedHatEnterpriseLinux5(baseandupdate1)RedHatEnterpriseLinuxDesktop5(baseandupdate1)SuSELinuxEnterpriseServer-9(SP4)and10(baseorSP1)Itanium®2处理器:RedHatEnterpriseLinuxAS,ES,andWS-4.0(updates5and6)RedHatEnterpriseLinux5(baseandupdate1)RedHatEnterpriseLinuxDesktop5(baseandupdate1)SuSELinuxEnterpriseServer10(baseorSP1)推荐：CentOS必须的安装包：glibc-2.3.2-95.50hpmpi-2.02.05.01-20070708r.i386libgcc-3.2.3-59libstdc++-3.2.3-59其它：PBSPro，torque我们的系统2：硬件：Intel(R)Xeon(R)CPUE5420@2.50GHz2493MHz4x2=8核；1.5G/核，SAS硬盘软件：Windows2008(64bit)+hpmpiMaterialStudio4.3硬件：Intel®Pentium®IIIorcompatibleprocessor1GHZ512MBRAM(推荐1GB)730MB硬盘空间（推荐10G）视计算对象而定，1G/cpu128原子(CASTEP,Dmol3)我们的系统1：硬件：Intel(R)Xeon(R)CPUE5420@2.50GHz2493MHz4x2x3=24核；1G/核；千兆双网卡；软件：CentOS5.2(64bit)+hpmpi+torque，Beowulfcluster构架，MaterialStudio4.2Moduleparallel?WindowsLinuxIA32LinuxIA64Moduleparallel?WindowsLinuxIA32LinuxIA64MaterialsVisualizer√ONETEP√√√√AdsorptionLocator√√Polymorph√√AmorphousCell√√√QMERA√√Blends√√QSARandQSARPlus√√CASTEPandNMRCASTEP√√√√Reflex-PatternProcessingandPowderDiffraction√COMPASS√√√√Reflex-PowderIndexing√√√CCDC√√Reflex-PowderRefinement√√Conformers√√ReflexPlus√√√Discover√√√√ReflexQPA√√DMol3√√√√Sorption√√DPD√√√Synthia√Equilibria√√√VAMP√√√Forcite√√X-Cell√√√Gaussian√√√√Mesotek√√√GULP√√√√Morphology√√MesoDyn√√√√Windows下安装：Setup(ClientandServer)安装完成后，把msi.lic或msilic.lic拷贝到安装目录的子目录.\LicensePack\Licenses中。Server对应的进程Apache(MaterialstudioGateway)Linux下安装(不能用root账号安装，而用普通帐户比如msemsi):$./Install(如果是在cluster上安装，则运行$./Install–typecluster)按照缺省安装至结束，切换到root账号进行配置：使gateway自启动：cp/../Accelrys/MaterialsStudio42/Gateway/msgateway_control_18888/etc/rc.d/init.d;cd/../Accelrys/MaterialsStudio42/Gateway/;/sbin/chkconfig--addmsgateway_control_18888;复制你的license文件到/../Accelrys/License_Pack/licenses（目录要与安装License管理软件的目录相一致），复制一份license文件为msilicense.dat(网上说把license改名为msilicense.dat，但是对于ms4.2版，必须ms.lic和msilicense.dat都存在)配置运行环境：eval`/…/Accelrys/MaterialsStudio42/share/license/data/lic_setup.sh-ssh`eval`/…/Accelrys/MaterialsStudio42/share/bin/ms_setup.sh-ssh`mkdir/usr/temp；chmod777/usr/temp(设置计算的临时目录)TMPDIR=/usr/temp；exportTMPDIRDMOL3_DATA=/./Accelrys/MaterialsStudio42/Data/Resources/Quantum/DMol3exportDMOL3_DATADMOL_TMP=/usr/temp；exportDMOL_TMPMESODYN_HOME=/…/Accelrys/MaterialsStudio42/Data/Resources/Mesoscale/MesoDynexportMESODYN_HOME/…/Accelrys/MaterialsStudio42/Gateway/msgateway_control_18888restart;安装或运行时最重要的是查看出错信息，有些信息不会在客户端显示，这时候可以查看Gateway上的信息比如，点jobs,会看到正在运行的任务（注意：出错后先不要把出错窗口关掉，因为一关掉，Gateway上的信息就会自动删除），选择出错的任务，然后看std_err.txt，也可能在其它的txt文件里。可参见：配置使用Gateway：ServerConsoleGateway的数据也可以通过修改gw-info.sbd和gwparams.cfg来实现。查看任务信息：信息包含文档：fromdsd.txtstd_out.txttodsd.txtstd_err.txt任务进度信息：ToolsServerConsolGateway的权限控制（任务提交权限）：IP控制和用户控制IP控制（只允许特定网址的客户端提交任务）：修改allow.conf用户控制（用户须输入帐户密码才能提交任务）：gwauthenticationminimum|passwordminimum:不需要输入帐户密码password:需要输入帐户密码gwusers–addID添加用户gwusers–removeID删除用户gwusers–updateID修改ID的密码gwusers–list列出所有用户传输协议控制：gwtransportsslon|ssloff