第二部分 ChemDraw

1化学绘图软件•ChemDraw•ChemWindow•ISISDraw•ChemSketch•主要功能：绘制二维和三维化学结构式、化学反应方程式、化工流程图、实验装置图以及相关文本的编辑｝｝商业软件免费软件一.概述2•ChemDraw：当前最常用的结构式编辑软件，除了以上所述的一般功能外，其ultra版本还可以预测分子的常见物理化学性质如：熔点、生成热等；对结构按IUPAC原则命名；预测质子及碳13化学位移等。•ChemWindow：最突出的特点是与光谱结合，它的6.5Spectroscopy版本包括了一个约五万张13CNMR的数据库(达250兆)，因而其预测更加精确；除了根据化合物的结构预测13CNMR化学位移外，还能预测红外图谱、质谱等，更可以读入标准格式的NMR、IR、Raman、UV及色谱图。3•ChemSketch：功能没有ChemDraw和ChemWindow强大，但操作方便、界面友善。•ISISDraw：老牌绘图软件。界面简单，操作方便。4软件选择•简单化学结构----4个软件都能满足需要•复杂化学结构----ChemDraw或ChemSketch•处理光谱和色谱---DrawIt或ChemWindow•3D模型----ChemDraw+Chem3D•ChemOffice功能强大•ChemSketch部分版本免费5•美国CambridgeSoft公司的重要产品之一•专业的集成化学桌面办公软件•标准界面的菜单简明，易于操作；方便快捷•具有化学计算、化学分析和化学建模等实用功能二.ChemOffice6•(1)ChemDraw是一个化学结构绘图软件，可绘制和编辑高质量的化学结构图，识别和显示立体结构，将结构和名称进行转换。(2)chem3D是一个用于设计化学模型的应用软件，可将二维平面的有机分子结构图形转化成三维的空间结构，可辅助计算分子半径的几何构象和单个点的能量以及相关的性质，例如优化模型、构象搜索、分子动力学和计算分子的单点能量等。(3)ChemInfo是基于国际互联网络技术开发的智能型数据管理系统。可以建立分子结构的数据库。(4)chemFinder是一个化学信息管理系统，可以用它来管理化学信息。7ChemOffiee的安装89Chemdraw简介•Chemdraw是一个方便快捷的化学绘图工具，可以迅速画出各种各样的化学结构及化学反应式，以及与化学有关的其它图形表示。•具有多种输入输出功能，可以直接将所绘制的图片等以常见的格式输出,可由word等文字处理器识别的，便于一般的文档处理10Chemdraw简介•具有计算1HNMR和13CNMR(核磁共振)谱图的功能，不仅可以生成图谱，还可以直接计算出各个峰的位置和面积(高度)，为化学研究带来了极大的方便。•CheroDraw已经成为化学工作者撰稿和进行学术交流公认的化学结构输入软件。化学软件的泰斗11•ChemDrawUltra8．0(超级版)•ChemDrawPro8．0(标准版)•ChemDrawStd8．0(专业版)•ChemDrawLtd8.0（受限版）•四种版本功能由强到弱。12ChemDraw起始界面13图形工具板状态/信息栏编辑区滚动栏菜单栏工具栏1415套索实键双键虚键切割键切割楔键黑体键黑体楔键空心楔键波浪键表格长链环丙烷环环戊烷环环庚烷环环己烷椅式环戊二烯环蓬罩橡皮文本笔箭头轨道绘图元素基元化学符号弧形原子反应模板环丁烷环环己烷环环辛烷环环己烷椅式苯环1617键工具模板工具箭头工具轨道工具画图工具基元工具符号工具弧形工具原子反应工具18画碳链1920•模板按钮氨基酸(AminoAcids)，芳族(Aromatics)，双环(Bicyclics)，生物与胶体(Bioart)，仪器1(Clipware,part1)仪器2(Clipaware,part2)构型(Conformers)，五元环(CpRings)，环烃(Cycloalkanes)，DNA(Templates)，功能团(FunctionalGroups)，杂环(Hexoses)，苯环(PhRings)，多方体(Polyhedra)，RNA(Templates)，立体异构体(Stereocenters)，超分子(Supramolecules)21模板工具氨基酸模板工具17类22模板工具芳香化合物模板工具23模板工具双环模板工具24模板工具生物模板工具25模板工具玻璃仪器模板工具(I)26模板工具玻璃仪器模板工具(II)27模板工具构象异构体模板工具28模板工具环戊二烯模板工具29模板工具脂环模板工具30模板工具DNA模板工具31模板工具官能团模板工具32模板工具己糖模板工具33模板工具苯环模板工具34模板工具多面体模板工具35模板工具RNA模板工具36模板工具特殊符号模板工具立体中心模板工具3738394041424344快捷键命令灰色表示命令未激活小三角表示子菜单省略号表示新对话框45文档设置页面规划46页眉页脚47绘图48标题49原子标记NOH50颜色设置背景颜色51优选项52优选项显示设置错误警告53优选项打开/存盘默认路径默认打开文件格式默认存盘文件格式54国外化学刊物默认文档格式55元素周期表5657符号窗口58符号窗口59打开文件不同文件格式60文件格式介绍1CDTemplate(*.ctp,*.ctr)——用于保存模板文档2ChemDraw(*.cdx)——ChemDraw原本格式，是一个公共标记的文件格式，易被其它程序建立和解释。常用格式3ChemDrawSteylSheet(*.cds)——用于存储文件设置和其它物体4ConnectionTable(*.ct)——一种实例格式，存储关于原子与元素、系列编号、X和Y轴、键序、键类型等的连接和联系的列表。是用于多类应用程序间互换信息的通用格式615DARC-F1(*.fld)——QuestelDARC系统中存储结构的原本文件格式7ISISReaction(*.rxn)——MDL开发的格式，用于存储元素反应信息8ISISSketch(*.skc)——在Windows或Macintosh环境下，存储并传输到另外的ISIS应用程序中6DARC-F1Query(*.flq)——QuestelDARC系统中存储查询的原本文件格式629MDLMolFile(*.mol)——MDL(分子设计有限公司)MolFile文件格式用于其它一些在Windows、Macintosh和Unix环境下的化学数据库和绘画应用软件11JcampSpectra(*.jdx，*.dx)——图谱文件格式，可读入紫外、质谱、红外、核磁等数据文件12MSIChemNote(*.msm)——一种ASCII文本文件，可以用于像ChemNote一类的应用程序10GalacticSpectra(*.spc)——银河图谱文件格式6313SMD4.2(*.smd)——ASCII文本文件，一般用于检索化学文摘数据库14WindowsMetafile(*.wmf)——图片文件格式，可以将ChemDraw图片传输到其它应用程序中，如Word。WMF文件格式含有中ChemDraw的结构信息，可被ChemDraw早期版本编辑64点位：移动鼠标直到鼠标的光标放到所要进行操作的位置，如果选择的位置在图形结构中的键、原子、线等的上面，一般出现黑方块，称之为光标块，选择块或操作块。光标块常用术语65单击：快速按下鼠标键(左或右键)，然后快速抬起；双击：快速操作两次单击；拖动：由三部分动作组成——按下鼠标左键选择对象，移动鼠标，将被选的对象移动到指定位置后抬起鼠标；选择：用鼠标的光标选中某种选择，使对象产生光标。选择对象并不意味着动作，只是标记要操作的对象和点位；66“键＋单击”：按下特殊的键和单击鼠标键同时进行。如，“Shift＋单击”意思是按下”Shift”键和单击鼠标键；“键＋拖动”：按下特殊的键和鼠标键，移动鼠标。如，“Shift＋拖动”意思是按下”Shift”键和拖动鼠标光标。67示例1：阿司匹林的结构OOHOO68•优化结构[CleanUpStructure]；•旋转和缩放；•图形存盘；粘贴至word或ppt；•检查结构错误[CheckStructure]OOHOO键点上按O69示例2：根据化合物名称得到结构式•[Structure]/[ConvertNametoStructure]-----[InsertStructure]•输入：阿司匹林可输入2-acetoxybenzoicacid或aspirin•EDTA;•吗啡morphine70示例3：根据结构得出化合物命名•绘制肾上腺素的结构式，•选中结构，执行【sturucture】/【convertstructuretoname】HOHOOHNH4-(1-hydroxy-2-(methylamino)ethyl)benzene-1,2-diol71将名称转化成结构72NNHHNOOOO2-(1,3-dioxo-1,7a-dihydro-1H-isoindol-2(7aH)-yl)-N1,N3-diphenylmalonamide示例：三肽分子的绘制73示例4：预测核磁共振化学位移ONHOH1-(isopropylamino)-3-(naphthalen-1-yloxy)propan-2-ol心得安结构式741HNMR预测1HNMR位移751HNMR预测结果76预测结果ProtocoloftheH-1NMRPrediction:NodeShiftBase+Inc.Comment(ppmrel.toTMS)CH23.121.37methylene0.631alpha-C=C1.121alpha-C(=O)-CCH23.711.37methylene1.221alpha-1:C*C*C*C*C*C*11.121alpha-C(=O)-CCH7.067.261-benzene-0.201-CCH7.147.261-benzene-0.121-CCH7.077.261-benzene-0.191-CCH7.147.261-benzene-0.121-CCH7.067.261-benzene-0.201-CCH33.760.86methyl2.901alpha-OC(=O)-C=CH5.975.251-ethylene0.801-C(=O)O-Rgem-0.081-CC=OcisH7.125.251-ethylene1.181-C(=O)O-Rcis0.691-CC=Ogem7713CNMR预测13CNMR位移7813CNMR预测结果79部分预测结果80ONHOH7.357.367.668.177.297.236.644.22;3.973.962.83;2.582.02.971.052.01.05ChemNMRH-1EstimationEstimationQuality:blue=good,magenta=medium,red=roughProtocoloftheH-1NMRPrediction:NodeShiftBase+Inc.Comment(ppmrel.toTMS)CH7.357.321-naphthalene0.031-OCCH7.367.321-naphthalene0.041-OCCH7.667.671-naphthalene-0.011-OCCH8.177.671-naphthalene0.501-OCCH7.297.671-naphthalene-0.381-OCCH7.237.321-naphthalene-0.091-OCCH6.647.321-naphthalene-0.681-OCCH24.22;3.971.37methylene2.611alpha-O-1:C*C*C*C*C*C*10.151beta-O-0.041beta-CCH3.961.50methine1.731alpha-O0.501beta-O-1:C*C*C*C*C*C*10.231beta-NCH22.83;2.581.37methyle