pubmed检索方法

美国医学文献数据库PubMed肖婷芳[e-mail]昌大医图文检教研室0791-863611912013.3授课内容一、数据库概况二、检索体系三、结果处理四、PMC一、数据库概况：NationalInstitutesofHealth（国立卫生研究所）NLM：NationalLibraryofMedicine（国立医学图书馆）NCBI：NationalCenterforBiotechnologyInformation（美国国立生物技术信息中心）NCBI是目前国际上几个重要分子生物信息网站之一，其成立的原因是为已故的参议院议员ClaudePepper发现计算信息处理方法对生物医学研究的重要性，因此，在1988年11月4日成立NCBI。NCBI是NIH底下的NLM的部门之一。Pubmed是NCBI数据库搜索与存取系统Entrez的可检数据库之一。在entrez上可获取单一数据库或多个数据库的整合数据，例如Entrez蛋白质数据库除了可查询蛋白质信息，同时亦可连结到生物分类数据库查询生物分类信息。目前，NCBI提供的公开（OpenAccess）数据库包括如下：医学文献数据库全文电子期刊库人类孟德尔遗传基因图谱DNA与蛋白质序列3D蛋白质结构NCBI分类学（一）主办单位：NLM创建的生物医学文献书目型数据库（二）收录范围：年限：1949-今文献量：-收录全球80多个国家和地区的5200多种生物医学期刊，大都经美国卫生健康研究院的文献选择技术评估委员会LiteratureSelectionTechnicalReviewCommittee(LSTRC)评估挑选,由NLM和各专业协会的数据协作采集专家推荐。-累积了2200多万篇文献，年收录文献约40万篇，涉及37个语种，回溯至1950年的数据涉及60个语种。数据库47%为美国本土出版的文献，90%为英文文献，79%的文献有著者撰写的英文摘要。-是一个免费的生物医学文摘数据库，约10%论文提供全文（PMC），大部分论文提供指向全文提供者（付费或免费）的链接。学科范围：-主要收录生物医学和健康科学以及生命科学相关领域的文献。-包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工艺学，基础研究和临床、护理、公共卫生、卫生政策发展或相关教育活动的内容。-2000年起增加了生物、环境科学、海洋生物、植物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学方面的研究内容。（三）PubMed与MEDLINEMEDLINEIndexed1966toprensent的MEDLINE已标引数据，有MeSH字段和摘要，每条记录标有[PubMed-indexedforMEDLINE]OldMDENLINE1949-1965年间的MEDLINE数据，没有MeSH字段和摘要，每条记录标有[PubMed-OLDMEDLINE]（三）PubMed与MEDLINEMEDLINEInprocess1996年8月开始，PubMed每天收录由Medline的期刊出版商提供的尚未经规范处理的数据，该库中的记录只有简单的书目信息和文摘。该库中的数据每周一次转入MEDLINE，同时从PreMedline中删去。当进入MEDLINE时就会被标引MeSH词、文献类型及其它数据。每条记录标有[PubMed-inprocess]。（三）PubMed与MEDLINENotMEDLINE出版商提供的电子文献中MEDLINE不收录的数据。出版商一般提供的是整本期刊的信息，一部分数据每日将被添加到PreMedline中去,若有部分没有被MEDLINE收录，PubMed仍保存。每条记录标有[PubMed-assuppliedbypublisher]。Pre-MedlineNewDataPubMedProcessMedlineCollectNotMedlineOldMedlinePubMed数据收录情况基本检索高级检索工具与资源：提供期刊数据库检索、规范词数据库检索、特定文献检索等二、检索体系•SingleCitationMatcher-单篇引文匹配器•BatchCitationMatcher-多篇引文匹配器•ClinicalQueries-与临床相关的疗法，诊断，病因，预后•Topic-SpecialQueries-专题查询提供专项信息检索服务•MeSHDatabase-主题词库•JournalDatabase-期刊库•Clinicaltrails-对公众提供临床科研的当前信息•E-Utilities-Entrez程序设计公用程序•Linkout-外部链接工具与资源二、检索途径及检索规则检索规则：1、逻辑组配符AND/OR/NOT运算符大写如：asthmaAND(therapyORtreatment)直接输入一个或多个检索词，系统默认空格为AND检索如：asthmatreatment（一）基本检索（一）基本检索检索规则：2、字段限定符：[]空格按词组匹配如：Stemcelltransplantation[ti]ALLallfields所有字段TWtextword文本词TItitle题名TTtransliteratedtitle翻译题名TIABtitle/abstract题名和摘要TA/SOjounal刊名或ISSN号VIvolume卷IPissue期PGpagination页码AUauthor著者FAUfullauthorname著者全称IRInvestigator主要研究者或合作者1AUfirstauthorname第一著者姓名PSpersonalnameassubject作为文献主题的人名ADaffiliation第一著者单位和地址PTpublicationtype文献类型DPpublicationdate文献出版日期LAlanguage语种MHMeSHtermsMeSH主题词MAJRMeSHmajortopicMeSH主题词SHMeSHsubheadingsMeSH副主题词PMIDUIDpubmed唯一识别号PubMed记录字段说明15文摘第一著者单位地址出版商提供文献识别号著者群版权说明参考评论文献合著者文献参考评论定稿版校样版输入日期输入完成日期电子出版日期16电子出版日期文献出版日期数据加入PubMed日期文献勘误参考文献勘误全部著者姓名全部调研者姓名作为文章主题的著者全称文献相关注释基金编号基因符号期编号资助调研者资助调研单位国际标准期刊号美国立医学图书馆识别号期刊全称17最后修订日期规范词表词规范词确立日期系统组织的文摘版权拥有者题录提供机构的识别号病史相关与原始记录其他关键词提供其他关键词的机构数据提供者机构文章总页数出版商提供数据时间期刊出版国数据库文献编号18作为主题词的个人姓名出版状态文献类型出版模式（纸张或电子）参考文献数已撤回的文献酶或化学物质代码正在撤消中的文章初版文献修订和再版的文章子专题文档太空署提供的数据二次文献数据库以及文章讨论的分子序列访问号原文来源引用了病例的文献内部处理代码标准期刊缩写文献标题翻译标题更新文献文献正在更新期刊卷号（一）基本检索检索规则：著者检索(authors)：-姓全称在前，名首字母在后-以AU作为限定字段如：CooperSL[au]wenym[au]-2002年以后的文章可以查著者全名，字段名为FAU如：Coopersheldonlee[FAU]（一）基本检索检索规则：期刊检索（journals）：-刊名全称检索例：NewEnglandJournalofMedicine[TA]-MEDLINE认可的标准刊名缩写检索例：NEnglJMed[so]-国际标准期刊号检索例：0028-4793[ta]例1：检索JosephLeventhal研究干细胞移植的文献直接输入检索式：Stemcelltransplantation[ti]ANDLeventhalJ[AU]例2：检索《皮肤病研究杂志》上发表的文献直接输入检索式：Journalofinvestigativedermatology[SO]刊名缩写：JInvestDermatol（一）基本检索检索规则：3、自动转换匹配：智能检索•对输入名词自动在规范词表（主题词、副主题词、物质名称）、著者列表、刊名列表中匹配,对于常用医学物质名词默认在所有记录字段中检索。•无论词表或索引中是否找到相匹配的词组，PubMed还会将短语劈开，再重复以上顺序单独分别查找，找到相匹配的词，之后用AND连接起来。•宁滥勿缺如：pressurepoint(pressure[MeSHTerms]ORpressure[AllFields])ANDpoint[AllFields]如：StemcelltransplantationLeventhalJ(“stemcelltransplantation”[MeSHTerms]OR“stemcelltransplantation”[AllFields])OR(stem[AllFields]ANDcell[AllFields]ANDtransplantation[AllFields])AND(LeventhalJ[Author]ORLeventhalJ[Investigator])（一）基本检索检索规则：4、短语限定符：“”严格按输入形式匹配，不再自动转换匹配和扩展检索，常用于词组和专有名词检索。对比：Stemcelltransplantation“Stemcelltransplantation”直接输入stemcelltransplantation(“stemcelltransplantation”[MeSHTerms]OR“stemcelltransplantation”[AllFields])OR(stem[AllFields]ANDcell[AllFields]ANDtransplantation[AllFields])添加限定符：stemcelltransplantation“stemcelltransplantation”[AllFields]（一）基本检索5、SearchDetails显示检索词的详细匹配运算过程用途：-转换、确定规范词如：lowproteindietdiet,protein-restricted[MeSHTerms]-权衡、修改检索式(“stemcelltransplantation”[MeSHTerms]OR“stemcelltransplantation”[AllFields])OR(stem[AllFields]ANDcell[AllFields]ANDtransplantation[AllFields])可直接在此修改检索式该检索式页面链接，可保存在网络收藏夹中（一）基本检索检索规则：6、截词符：*一般只作“后截断”使用，系统最多截取600个匹配的单词如：输入treat*检出treatment、treats、treated、treating等备注：-不执行自动转换检索词功能；-截词检索只限于单词，对词组无效.检索式编制检索式历史其他检索资源（二）高级检索(Advancedsearch)（二）高级检索1、检索式编制(searchbuilder)通过字段限定和索引选词构建复杂检索式例4：研究更年期抑郁症激素替代疗法的非中文文献内容特征激素替代疗法HormoneReplacement更年期抑郁症InvolutionalDepression外部特征非中文NOTchinese输入检索词：hormonereplacement直接编辑检索式执行检索执行检索结果预览（二）高级检索2、检索历史(History)以列表形式显示历次检索式、检索时间和检出篇数。组配、调整检索式。（三）主题词检索（MeSHDatabase）确定规范化主题词查看主题词词义注释、树状结构表选择副主题词、扩展主题词、主要主题词例5：欲查近5年研究肾衰竭饮食疗法并进一步观察其疗效的相关文献。内容特征：renal