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MEGA6构建系统发育树MEGA全称是MolecularEvolutionaryGeneticsAnalysis即分子进化遗传分析MEGA可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。下载网址:分子进化分析介绍分子进化研究的目的:从物种的一些分子特性出发,从而了解物种之间的生物系统发生的关系。•蛋白和核酸序列•通过序列同源性的比较进而了解基因的进化以及生物系统发生(即生物系统如何行使功能)的内在规律。分子进化研究的基础•基本理论:在各种不同的发育谱系及足够大的进化时间尺度中,许多序列的进化速率几乎是恒定不变的。(分子钟理论,Molecularclock1965)•实际情况:虽然很多时候仍然存在争议,但是分子进化确实能阐述一些生物系统发生的内在规律。(用于分子进化分析中的序列必须是直系同源的,才能真实反映进化过程。)系统发生树系统发生树(英文:Phylogenetictree)又称为演化树(evolutionarytree)。以树的表现形式,描述被认为具有共同祖先的各物种间演化关系。系统进化树分有根(rooted)和无根(unrooted)树。有根树反映了树上物种或基因的时间顺序,而无根树只反映分类单元之间的距离而不涉及谁是谁的祖先问题。有根树与无根树两个临近的分支的连接处称为节点(node)表示推断祖先的现存类群在树最底部的分支点成为根节(rootnode)分支(branches)分类(taxa,thesingularformistaxon)一、参考序列选择原则:a,不选非培养(unclutured)微生物为参比;b,所选参考序列要正确,里面无错误碱基;c,在保证同属的前提下,优先选择16SrDNA全长测序或全基因组测序的种;d,每个种属选择一个参考序列,如果自己的序列中同一属的较多,可适当选择两个参考序列。界门纲目科属种二、序列比对1、打开txt或fasta格式的序列2、用ClustalW做多序列比对,比对结果输出为meg文件MEGA只能打开meg格式的文件,但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来,用.aln格式(Clustal的输出文件)转换.meg文件。点File:ConverttoMEGAFormat,打开转换文件对话框,从目的文件夹中选文件,点击打开。转换好的meg文件,会弹出一个提示信息,点击ok。三、构建进化树主菜单File:openafile打开比对结果.meg的文件,主窗口举例选择邻位相连法(Neighbor-joining)建树。结果输出:这个过程所耗时间和序列的数量和长短成正比,程序就会产生一个树。四、进化树的优化1、利用该软件可得到不同树型2、为了美观,也是为了满足发表文章的要求,需要对进化树进行树形、字体、字号的修改:点击View,选择Options。弹出窗口中,在Tree标签中可以修改枝与枝之间的距离(TaxonSeparation)、枝长(BranchLength)和树宽(TreeWidth),调整至美观即可。Branch标签中,可以选择勾选“Hidevalueslowerthan%”,一般隐藏50%以下的数值。其他的参数可以自行研究,一般默认即可。点击主菜单栏里的Image,保存成.pdf等,这之后用其他软件编辑图片。即可更改字体字号再导成图片就可以了。五、总结构建系统进化树的一般原则1、可靠的待分析数据;2、准确的多序列比对;3、选择合适的建树方法:序列相似程度高,MP最大简约性法(MaximumParsimonymethods)首选;序列相似程度较低,距离法即除权配对法(UPGMAM)和邻位相连法(Neighbor-joining);其他,ML最大可能性法(MaximumLikelihoodmethods)一般采用两种及以上方法构建进化树,无显著区别可接受。评估系统发育树:bootstrap,使构建的tree有统计上的意义。
本文标题:mega 6 构建系统发育树
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