clustalx的应用讲解

Clustalx简介•Clustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具，由HigginsD.G.等开发。有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版，DOS版的clustlw，clustalx（clustalw的PC版本）等。Clustalx的工作原理Clustalx输入多个序列快速的序列两两比对，计算序列间的距离，获得一个距离矩阵。邻接法(NJ)构建一个树（引导树）根据引导树，渐进比对多个序列。多序列比对的意义•用于描述一组序列之间的相似性关系，以便了解一个分子家族的基本特征，寻找motif，保守区域等。•用于描述一组同源序列之间的亲缘关系的远近，应用到进化分析中•其他应用，如构建profile，打分矩阵等。数据的输入1.输入输出格式。---输入序列的格式比较灵活，可以是FASTA格式，还可以是PIR、SWISS-PROT、GDE、Clustal、GCG/MSF、RSF等格式。---输出格式也可以选择，有ALN、GCG、PHYLIP和NEXUS等，用户可以根据自己的需要选择合适的输出格式。2.注意：---需要比对的多条序列可以保存在一个TXT文件中，选择load载入；也可以分别保存，选择append分条载入（此情况下选择load载入会自动覆盖前一序列）。---文件中每条序列必须以“”号和注释开头，序列部分则另起一行，其中注释部分就是软件操作过程中序列的标识。---clustal软件及相关的序列文件要保存在纯英文文件夹下，否则无法载入序列。实例操作：Step1clustalx的下载Step2执行完全序列比对Step3输出aln和dnd文件Step4treeview软件制作进化树•Step1clustalx的下载••Step2-执行序列比对实行序列比对操作执行序列比对命令后的界面EMBL-EBIHelpToolsClustalOmegaFAQ可以选择输出任意几条序列的比对打分并保存。文件形式如左图所示，默认保存在clustal所在文件夹下。打开此文件后选择写字板显示如左图。其中五条序列相应位置上残基的比对得分在右侧显示，当五个残基完全一致时，分值为100分；当有不同残基时，根据选择的矩阵打分方式，不同的残基种类和不同的个数，其得分也不尽相同。•Step3-输出aln和dnd文件Clustalx的输出结果•.aln格式文件–这个文件是默认输出，可以转换成各种格式，而且很多软件都支持这种格式。•.dnd格式文件–引导树。就是根据两两序列相似值构建的一个指导后面多重联配的启发树–不能做进化分析。进化分析要考虑的所有同源位点的一个综合效应，因此应该用.aln格式文件专门做进化分析。输出Aln文件dnd文件写字板打开Treeview软件打开DOcompletealighment后弹窗点击browse可以自行选择文件存放位置不选择的话自动保存在此文件夹下•Aln文件打开Aln文件可以用于保存序列比对结果，可用专门的多序列比对着色软件如着色，并进一步做功能分析等操作。•Step4-treeview制作进化树dnd文件用treeview打开。Treeview软件可以将多序列比对结果以进化树的形式展示，其默认前提是所有蛋白源自同一祖先。枝的长度代表进化距离。在其中两种树状图的左下角有标尺，可根据它来计算进化距离。Dnd文件载入方式自动列出所有的dnd文件，选中目标文件直接可以载入采取open的方式载入dnd文件：浏览dnd文件存放位置并打开载入文件后默认以第二种树形图展示只表现进化关系，不可计算进化距离根据进化树可以分析其进化关系和进化距离。可以选择保存为emf图形文件，用画图程序打开。