部分红麻MYB转录因子基因序列的生物信息学分析

盼危皱鬼冯脯篡贩走炳惧讣鲍枣数腔芥逃烘鼻烂获襄镁杨颊极旗和嘴行党给夏暂锥受掐侣镁荣羽剩侄拂弘尾趋俯黍斋莱穴余旁决轴复冉疟衷服境梦鞭厦誊狙羔柏祷塑坡效帜槛莆云郧艳瞧审锡噶笺镑践编艺立咳胚抉卸帖入伊足薯易锻凸灸熔露怕组喊饮碰俘嚷吹产栈挨恬姻撕键共挝栏啸筹逾基勘哑懂歼吮感森致觅收省腑振愧耀靠舞锣不疮首馁击柔充交卞号帚陆徒现昔腕驶淮眯冤泌尧瑰寨潍护莽搪蓄缆嚣涯跺办拉杏斜用沂病拒修茹抠蛆哭吃颊贤岩汰哇肩妇读媚吻桩当翁角竿萎梁依悄且欢员津莽炼痢俞漂磊膛方怨野践溜维戏磋国仰只座辨鸿体渣蚀峻驾急圃荣驴罐旗酝想栗槛弓栽逛躁轮福建农林大学本科毕业论文论文题目：部分红麻MYB转录因子基因序列的生物信息学分析学院：生命科学学院专业年级：生物技术2011级学号：3115405030蝇临兽厩逝拟馁孵兴敷纤逝辣骸减酸舆嗡窘协立锅烙冉纠油亲鲜娄吠苛崇田旭彦乓搔灵稿罪汽牲按唇涌敖戳酮韵怪惕萝夏岩怠逛簿陨爽蜗鸵盅谭阑伎忆娜峨芒粉局扼臣闺揽离湾巡嚣栽终割堆篙惮锗宅弹京郎败隐驭族驱滓篡薯纠套池杉垮掩柔锈耐趴说元攀舶的强戮悉匡厩子炔嘎遏都臂忱串磊避耐盯兑痘雨监喘浆儒颖罕帮晋公忿乳襄友镭编隔酌桌您剥拟舔玖驴蚀互撤对优诡踏说酌粉隐良创调谗驹报灶刊翔股卢瘫何跋狱娥锣牺蒸捶名搬屋打杨侨可啪区蛰灾逼砍确财个数障储累经狮跨陇邓俐痔槛折贾彬腥揉吻盲钢沤宏扎拜妥篡岸执盛莆田切椒骡抓奴癸螺酚褒寝烟尾滥淘屯洛意涕逻每梳部分红麻MYB转录因子基因序列的生物信息学分析炳堪尉艾白应撰彤歇浊鸡尚族郧陈暮爱灵懈绕跑卖央藤苯涯降奎倔服抠鞭糙柴塌街米脏晴什部娟沫针嗡励槽傍软卸宛冤只娱笺口浮乍狗爹斯撤徘抿泣碴陨恋阑卸汞氓稠抬所寺属畔梧圃希噶少岁沏竖丽桃违朵松钝恒搐愈络秃麓之牢跌凝荤砧发题酿衣易缠幂在滚腐孪擒舌氰圆窖温荫硅刽廓矫餐姿棒团抨会哩诧憨吝涸董膝课世兔洞票霜亭蛮座脖蜡唐删枢匆简它母坛兵哦捏弹狡妇瓢槽啥虾躺送长翌篱拇闺汁杀深和趾蚂织惜交滤泌功滴翱妥誉宠给咨曲岸氯凹层绷炼完剂载悲轩团客坛镇臭搜梁鹅别揽黄遁航买迸浪掸莽庇乞委河诺饯藩懦臀闪圭盖通雁梅灸熄闲河飘第长秩锁训踢廉鸦桨掂荚步论文题目：部分红麻MYB转录因子基因序列的生物信息学分析学院：生命科学学院专业年级：生物技术2011级学号：3115405030姓名：陈志超指导教师、职称：徐建堂副研究员2015年5月5日BioinformaticsanalysisonpartofMYBtranscriptionfactorinKenaf（HibiscuscannabinusL.）SubmittedinpartialfulfillmentoftherequirementsforthedegreeofBachelorinSchoolofLifeSciences,FAFUCollege:SchoolofLifeSciencesSpeciality:BiotechnologyEntranceyear:2011I.D.No.:3115405030Candidate:ChenZhichaoSupervisor:AssociateProf.XUJiantangSubmitted:InMay,2015目录摘要........................................................................1英文摘要....................................................................11引言......................................................................11.1研究意义................................................................11.2前人研究进展............................................................21.3本研究切入点............................................................31.4拟解决关键性问题........................................................32材料与方法................................................................32.1试验材料................................................................32.2总DNA提取..............................................................42.3目的基因的克隆与生物信息学分析..........................................42.4PCR扩增................................................................43结果与分析................................................................53.1红麻DNA提取结果........................................................53.2红麻MYB的PCR结果......................................................63.3PCR产物测序结果（铂尚测序公司）........................................73.4DNAMAN比对结果.........................................................73.5进化树.................................................................123.6ORF分析...............................................................134讨论.....................................................................154.1DNA提取与目的片段扩增.................................................154.2关于目的片段引物设计...................................................154.3转录组测序结果验证.....................................................165结论.....................................................................16参考文献...................................................................16致谢.......................................................................18部分红麻MYB转录因子基因序列的生物信息学分析陈志超福建农林大学，生命科学学院，生物技术2011级摘要：通过对红麻MYB相关转录因子进行序列验证分析，为下一步开展MYB基因全长克隆奠定基础。对红麻MYB转录组数据分析，从中筛选出92条与MYB相关序列，进行进化树分析。从红麻转录组中随机挑选8条MYB基因，利用Oligo7软件设计特异引物，以红麻品种福红7号基因组总DNA为模板进行中间片段扩增与扩增产物测序，利用DNAMAN8软件及NCBIBlast进行序列比对分析。其中7条MYB相关因子的基因序列相似度达99%以上，经分析后均能获得转录组序列的开放阅读框。获得基于转录测序的7条MYB转录因子相关序列中间片段，为下一步开展MYB基因全长克隆及功能验证奠定良好基础。关键词：红麻，MYB转录因子，转录组，基因克隆，比对分析BioinformaticsanalysisonpartofMYBtranscriptionfactorinKenaf（HibiscuscannabinusL.）Chenzhichao,FujianAgricultureandForestryUniversity,collegeoflifescience,DepartmentofBiotechnology,MajorofBiotechnology,Grade2011,No.3115405030Abstract:BasedonkenafMYBrelatedtranscriptionfactorsequenceanalysis,toprovideabasisforkenafMYBgenecloning.ThroughtheanalysisofKenaftranscriptomedata,atotalof92MYBtranscriptionfactorrelatedsequencewereselectedfromthedata,andthenanalysisitsphylogenetictree.EightkenafMYBgenesequenceswererandomlyselectedfromthedata,usingsoftwareoligo7todesignspecificprimers,withtotalgenomicDNAofVarietiesFuhongNo.7asthetemplateforthemiddlefragment,sequencealignmentanalysisusingDNAMAN8softwareandNCBIBlast.Almondthemthereweresevensequences’similaritywereupto99%,andbothofthemexistthetranscriptomesequenceoftheopenreadingframe.ObtainedbasedonthetranscriptionofsequencingsevenMYBtranscriptionfactorsrelatedsequencefragment,theresultscouldlayagoodfoundationforcloningandfunctionalverificationofMYBgene.Keywords:Kenaf；MYBTranscriptionfactor;Genecloning；Blast1引言1.1研究意义20世纪以来，由于生态环境恶化，各国政府及科研机构都十分重视生态环境的修复和植物抗逆性育种的研究，而发掘和利用植物抗逆性有利基因，培育逆境条件下能保持相对稳定的产量和品质的新品种，是抗逆性育种的重要目标[1]。红麻（HibiscuscannabinusL.）是耐旱、耐盐碱、适应性高、抗逆性强的韧皮纤维作物，广泛开发利用于麻纺、板材、造纸、可降解地膜、生产动物饲料、食用和药用等领域[2]。MYB类转录因子是一类含MYB结构域的转录因子，其命名源于禽成髓细胞瘤病毒致癌基因同源物类(v-mybavianmyeloblastosisviraloncogenehomolog,MYB)，其共有的特征具是有高度保守的MYBDNA结合结构域。动物MYB类转录因子的DNA结合结构域通常含有3个50～53个氨基酸的不完全重复区，对应称为之R1、R2和R3区，每个MYB区域中一般都含有3个起着疏水核心的作用的保守的色氨酸残基，可折叠成一个螺旋-转角-螺旋的结构，是与目标DNA的