药物分子与受体对接

药物分子对接软件元科阳药物化学张丽燕有机化学分子模拟与计算化学课程作业——简介与操作药物分子与受体结合示意图药物分子与受体作用力示意图三个分子对接软件简介Scripps研究所的Olson实验室开发,AutoGrid和AutoDock两个程序组成。其中AutoGrid主要负责格点中相关能量的计算，而AutoDock则负责构象搜索及评价。Autodock:LedockDiscoveryStudio瑞士苏黎世大学（UniversityofZurich），ZhaoHongtao博士开发的跨平台(Win,Linux,MacOS)分子对接软件主要功能包括：蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用）、同源建模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接）、基于小分子的药物设计工具（包括定量构效关系、药效团、数据库筛选、ADMET）和组合库的设计与分析等研究。三种对接方式1)刚性对接：分子构像不发生变化，仅改变分子的空间位置与姿态，简化程度最高，计算量相对较小，适于大分子之间的对接。2)半柔性对接：固定大分子的构像，小分子构像发生一定程度的变化，另外小分子构像的调整也可能受到一定程度的限制，如固定某些非关键部位的键长、键角等，半柔性对接方法兼顾计算量与模型的预测能力，是应用比较广泛的对接方法之一。3)柔性对接：柔性对接方法在对接过程中允许研究体系的构像发生自由变化，由于变量随着体系的原子数呈几何级数增长，因此柔性对接方法的计算量非常大，消耗计算机时很多，适合精确考察分子间识别情况。配体与受体的预处理配体：药物小分子，加极性氢加电荷分子体系能量的优化受体：去除水分子加极性氢设定可扭转位置Autodock•conf_2.txt•receptor=/Users/ywtao/Desktop/rec.pdb（指定受体）•center_x=20.031•center_y=46.672•center_z=-1.889•size_x=64（指定对接区域）•size_y=58•size_z=50•num_modes=9•#!/bin/bash•cd/Users/ywtao/Desktop/inhibitors（指定配体）AutovinaLedock•下载地址：结合位点坐标的获取结合位点坐标的获取运行结果运行结果运行结果运行结果DiscoveryStudio•蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用）•同源建模•分子力学计算和分子动力学模拟•基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互作用•基于小分子的药物设计工具（包括定量构效关系•ADMET（药物代谢动力学）DiscoveryStudio