生物信息分析常用数据库与分析软件

常用生物医学数据库与分析软件介绍宫滨生生物信息科学与技术学院第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨生物医学数据库核酸数据库核酸序列数据库GenBank、dbEST、dbGSS、RefSeq、GOLD、CCDS、UniGene非编码RNA数据库miRBase核酸结构数据库NDB、BNASDB蛋白质数据库蛋白质序列数据库Swiss-Prot、trEMBL、PIR、PRF蛋白质结构数据库PDB表达谱数据库基因表达谱数据库GEO、SMD、ArrayExpress遗传变异数据库SNP与CNV数据库dbSNP、HGMD、SCAN、DGVHapMap功能和通路数据库功能注释数据库GO通路数据库KEGG、BIGG、BioCarta、Reactome蛋白质互作数据库HPRD、DIP、BIND、I2D转录调控数据库TF结合位点数据库TransFACmicroRNA靶基因数据库microCosm、TargetScan、Pictar、TarBase疾病和表型数据库OMIM、GAD、CGAP、DO、ICD新一代测序数据库DNA-seq、RNA-seq、ChIP-seqSRA、GEO、hmChIP整合数据库EnsemblUCSC其他数据库文献数据库PubMed、MeSH实验相关数据库dbGaP同源数据库COG/KOG、CDD小分子数据库DrugBank、cMAP、PubChem第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨生物医学数据库概览生物医学数据库核酸数据库核酸序列数据库GenBank、dbEST、dbGSS、RefSeq、GOLD、CCDS、UniGene非编码RNA数据库miRBase核酸结构数据库NDB、BNASDB蛋白质数据库蛋白质序列数据库Swiss-Prot、trEMBL、PIR、PRF蛋白质结构数据库PDB遗传变异数据库SNP与CNV数据库dbSNP、HGMD、SCAN、DGVHapMap第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨生物医学数据库概览生物医学数据库功能和通路数据库功能注释数据库GO通路数据库KEGG、BIGG、BioCarta、Reactome蛋白质互作数据库HPRD、DIP、BIND、I2D转录调控数据库TF结合位点数据库TransFACmicroRNA靶基因数据库microCosm、TargetScan、Pictar、TarBase疾病和表型数据库OMIM、GAD、CGAP、DO、ICD第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨生物医学数据库概览生物医学数据库表达谱数据库基因表达谱数据库GEO、SMD、ArrayExpress新一代测序数据库DNA-seq、RNA-seq、ChIP-seqSRA、GEO、hmChIP整合数据库EnsemblUCSC其他数据库文献数据库PubMed、MeSH实验相关数据库dbGaP同源数据库COG/KOG、CDD小分子数据库DrugBank、cMAP、PubChem第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨序列比对（单机版）序列比对（网络版）三维结构可视化保守结构域搜索NCBI编程接口网页NCBI序列提交工具图形命令行蛋白质同源家族基因组映射序列浏览和分析工具PCR引物设计蛋白质比对工具化合物结构搜索SNP提交cDNA或剪切体向基因组比对工具载体搜索工具第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨Ensembl:BioMart第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨UCSC第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨UCSC:GenomeBrowser第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨复杂疾病数据库•OMIM、GAD、CGAP等复杂疾病数据库主要基于文献、关联分析及生物学实验的结果，记录了疾病表型、相关的染色体区域、候选基因等多方面的信息。第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨人类孟德尔遗传在线（OMIM）•MIM(MendelianInheritanceinMan)与OMIM•OMIM的发展史•目前，OMIM的发布以及相关软件的开发由NationalCenterforBiotechnologyInformation(NCBI)负责。•OMIM数据库的访问第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨OMIM主页()第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨OMIM数据的下载•其中包含全部的OMIM的文件（omim.txt.Z），OMIM中的基因文件（genemap）及其解释文件（genemap.key），以及疾病信息（morbidmap）•OMIM还提供genemap和morbidmap的网络查询形式第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨(1)thedisorderwaspositionedbymappingofthewildtypegene;(2)thediseasephenotypeitselfwasmapped;(3)themolecularbasisofthedisorderisknown;(4)thedisorderisachromosomedeletionorduplicationsyndrome.第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨遗传关联数据库（GAD）•GAD(GeneticAssociationDatabase)•GAD的发展史由美国国立卫生研究院（NationalInstitutesofHealth，NIH）开发和维护•可以通过访问该数据库第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨选择“BrowserAll”链接可以得到如下结果第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨从数据库获取糖尿病相关基因第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨癌症基因数据库（CGAP）•CancerGenomeAnatomyProject，癌基因组解剖计划是一项由美国癌症研究所（NationalCancerInstitute，NCI）于1996年发起并建立和主持的交叉学科计划•用户可以通过进行访问•CGAP的创建目的及总体目标第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨下载页面图所示，其中包含了人和小鼠两个物种的基因注释、基因表达以及相关的一些文库中的数据。第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨WHO规范的疾病分类标准（ICD）•国际疾病分类，简称ICD（InternationalClassificationofDiseases），是目前国际上共同使用的统一的疾病分类方法。•ICD的目的是对不同国家或地区在不同时间收集到的死亡和疾病数据进行系统地记录、分析、解释和比较，其中包括对各人群组一般健康状况的分析，疾病发病和患病的监测以及其有关的其他健康问题。第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨ICD-10编码查询(国际疾病分类编码）第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨DiseaseOntology•2003年在Northwestern大学启动的Nugene计划的一部分•提供一个与人类疾病相关的整合的生物医学数据集的开源Ontology体系•促进各种疾病及相关健康状况向特定医学代码的映射•期望构建成一个具有正确的Ontology体系结构并且在语义上可计算的结构形式第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨DO的构成DO是将不同数据库通过疾病概念整合到一起的开源的疾病体系：MedicalSubjectHeadings（MeSH）UniversalMedicalLanguageSystem（UMLS）InternationalClassificationofDisease（ICD）SystematizedNomenclatureofHumanVeterinaryMedicine—ClinicalTerm第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨呼吸系统疾病肺系统性硬化症第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨DOSim:AnRpackageforsimilaritybetweendiseasesbasedonDiseaseOntology第二期生物信息学培训班2011年8月中国·哈尔滨