MeV 4.9.0手册-2016.1.8

MeV4.9.0手册-热图绘制主要是进行热图的绘制、基本调整、高级调整以及小部分拓展。一、导入数据如：导入mirna在样本中的表达量数据File---LoadData---Browse(选择输入文件)---Load这样就可以导入表达量文件了，导入后的结果如下图所示：横向为miRNA，纵向为样本二、聚类分析以HCL（分层聚类为例）Clustering---HierarchicalClustering选择分层聚类后，在弹出来的对话框（如下图）里，可以选择是否基因聚类、是否样本聚类以及聚类时的度量，默认为PearsonCorrelation。我们这里基因与样本均聚类。点击OK后，就会发现左边指示栏里多出HCL（1）双击HCL（1）图标，可展开该目录，点击HCLTree可查看聚类结果。如下图所示：三、聚类结果调整由上图发现结果不是很好看，需要对结果对图形进行调整：⑴数据的调整(AdjustData)可以对表达量数据横向标准化（Row）、纵向标准化（Columns）或者取log值。我们一般选择横向标准化，选择完这个标准后，结果如下：⑵结果的展示(Display)发现调整完数据后，结果不是很好看，我们需要将展示的结果进行调整。主要包括可热图颜色的调整(ColorScheme)、标尺范围的改变(SetColorScaleLimits)、标签字体大小(SetFontSize)、标签字体样式（SetFontType)以及热图里每一个小方格的尺寸(SetElementSize)。比如：标尺范围的调整在弹出来的对话框中，可将方框里面的数值调整成与前面指示的数值相同：点击确认后，结果如下：可见，这时结果已经比较好了，再调整字体大小样式即可。四、高级调整⑴对聚类结果主要是样本树、基因树的细微调整：在图形显示区右键，可选择GeneTreeproperties或SampleTreeproperties随便选择一个properties，假设选择SampleTreeproperties，弹出如下所示对话框，可选择样本树的高度、分支，节点高度标尺是否显示等。我们可以将两个对勾均去掉。结果如下图所示，可以发现显示树高度的标尺没有了，图会显得更美观。修改前修改后⑵给样本或基因添加标尺有时样本量太大，我们无法一个一个看样本名称看是什么样本，这时我们可以将同一类型的样本添加上同一标尺。同理，同种类型的基因也可以标识同样的标尺。例：给样本添加标尺选中同一类型的样本（被选中的树杈会变成红色），之后右键，选择StoreCluster。选择StoreCluster后会弹出如下对话框：我们可将这个Cluster命名为Control_Sample，颜色选为蓝色。点击确认之后，会发现图中样本名称下方多了蓝色标尺，名称为Control_Sapmle，对于基因也可以采取同样操作。⑶ClusterManager还有另外一种方法给基因或者样本添加标尺，就是ClusterManager。以样本聚类为例。我们将同一类别的样本前面的空行选中，之后点击StoreRowsasCluster，在弹出的对话框里命名并选择颜色。点击确认后可以得到如下结果：我们将所有样本都分类后，可以得到以下结果：样本分成了两类，一类Case，一类Control样本分类好后，就可以分类查看其表达量了。回过头去看之前做好的热图，会发现热图上方多了样本分类的标尺。回到ClusterManager的Sampleclusters，你会发现这个下拉框里有许多功能。是以各种不同的方式查看表达量。有热图、折线图、箱线图等等。以箱线图为例：选中所有类别样本（图中1、2类），再选中ExpressionChart。之后就会自动出现单个基因在不同类别样本中表达量的箱线图可以切换ID查看其它不同基因的箱线图：总：主要是热图数据的输入以及图形的调整。这是自己摸索的主要功能，其它功能不常用，也没有摸索，等待后续添加。