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1.采用Centos6.4光盘安装系统。安装系统时,将有如下几个配置可供先择:(1)Desktop,(2)MinimalDesktop,(3)Minimal,(4)BasicServer,(5)DatabaseServer,(6)WebSever,(7)VirtualHost,(8)SoftwareDevelopmentWorkstation。任选一个选项即可。选择一个选项后,对系统进行配置。语言配置只选英语。除语言配置外,其余所有配置全部选上。选上所有其它配置之原因,是使系统文件更全面,以减少后续安装软件时由于软件依赖所带来的麻烦。所有安装软件都在/home目录下。安装目录可以任意,但在/home目录下容易管理。为使安装软件时拥有最大的系统操作权限,用root身份安装。2.安装Python。版本为Python-2.5.2。在/home下建Python文件夹,则安装命令如下:#tar–jxvfPython-2.5.2.tar.bz2’解压#cdPython-2.5.2’进入解压后的文件目录#./configure’配置文件,不要指定路径,直接覆盖#make’编译#makeinstall’安装检测是否安装成功:在任意目录下的命令行输入python,如果出现python的解析器,则表示已正确安装,如未出现,则未正确安装,需重新安装。安装Python是为了系统能够识别后续将要安装的mpich编译器。3.GCC编译器采用Centos6.4系统自带的即可,不用安装。对于Centos6.4系统,安装系统时,除语言配置外,如果选择了其余全部系统配置软件,并且第2步已正确安装Python的话,安装完Python时,在命令行输入python以检验是否安装成功时,如果Python已安装成功,则可同时显示Python和与之本匹配的GCC版本信息。对于Centos6.4系统内已预定安装的所有GCC版本中,与Python相匹配的版本为GCC4.4.7(RedHat4.4.7-3)。如果在任意目录下的命令行输入rpm–qa|grepgcc,则可列出系统内所有已安装的GCC的信息。预安装的GCC版本较多。4.安装MPI编译器。此步骤极为关键,即使已安装好MPI后,路径配置不正确的话,将会导致后续安装的VASP不能正常运行。采用mpich-3.2.1版本。首先在/home下建一个mpich的文件夹,将mpich-3.2.1.tar.gz放入mpich文件夹中。安装时,由于需要配置安装文件的路径,因此,安装后的软件不一事实上在mpich文件夹中,这由安装过程具体配置的路径确定。本安装的mpich文件配置路径为/home/mpichexe,则安装命令如下:#tar-zxvfmpich-3.2.1.tar.gz’解压#cdmpich-3.2.1’进入解压后的文件目录#exportF90=ifortFC=ifort’引入环境变量#./configure--prefix=/home/mpichexe/--enable-f90--enable-f77’指定安装路径,并指定可使用mpif90及mpi77编译器红色的是解压目录#make’编译#makeinstall’安装#vi~/.bashrc’修改环境变量,在bashrc文件的最后加入以下三行后,保存退出exportPATH=/usr/local/mpi/:$PATHexportLD_LIBRARY_PATH=/usr/local/mpi/lib/:$LD_LIBRARY_PATHulimit-sunlimited#source~/.bashrc’永久保存#exportPATH=$PATH:/opt/mpich3/bin’添加环境变量#exportLD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/mpich3/lib#source/etc/profile然后,在/etc/目录中新建一个名为mpd.conf的文本文件,在里面填写上:MPD_SECRETWORD=mr45-j9z,最后保存退出#chmod600/etc/mpd.conf’增加权限安装完毕后,检查环境变量是否正确:#whichmpicc’显示路径则表示正确#whichmpirun’显示路径则表示正确以下为网上某安装mpich的方法,复制于下,以作参考:安装mpich3:将mpich3压缩包解压,然后进入,执行:[root]#./configure--prefix=/opt/mpich3--enable-fortran=all--enable-cxxF77=ifortFC=ifortFCFLAGS=-O2-xHostFFLAGS=-O2-xHost\CC=iccCXX=icpcCFLAGS=-O2–xHostCXXFLAGS=-O2-xHost\--enable-threads=multiple--enable-fast=all--enable-mpit-pvars=all[root]#make-j8[root]#makeinstall然后添加环境变量:exportPATH=$PATH:/opt/mpich3/binexportLD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/mpich3/lib然后在终端执行:[root]#source/etc/profile注意,安装完并行库(不论是openmpi还是mpich)后,都要设置一下:在/etc/目录中新建一个名为mpd.conf的文本文件,在里面填写上:MPD_SECRETWORD=mr45-j9z然后保存退出,给这个文件加上权限:[root]#chmod600/etc/mpd.conf5.安装Intel编译器。文件为parallel_studio_xe_2018_update1_composer_edition_for_fortran.tgz。安装不难,按网上各年的版本安装即可,但中间涉及的文件很长很长,不写于下。安装完毕后,配置环境变量如下:#vi~/.bashrc’修改环境变量,在bashrc文件的最后加入以下三行后,保存退出exportPATH=/usr/local/mpi/:$PATHexportLD_LIBRARY_PATH=/usr/local/mpi/lib/:$LD_LIBRARY_PATHulimit-sunlimited#source~/.bashrc’永久保存跟配置MPI的配置一样即可。安装完毕后,#rpm–qa|grepmpi’出现版本号即表示安装成功6.安装fftw傅里叶变换库。安装目录为/home/fftw。命令如下。#tar-zxvffftw-3.3.4.tar.gz#cdfftw-3.3.4#./configure--prefix=/home/fftwCC=ifortF77=ifort--enable-mpi#make#makeinstall至此,fftw安装完毕。7.编译vasp。此过程分两部分。所用vasp版本为vasp.5.3.5。此处,由于vasp编译过程繁锁,且编译文默认的引用库路径为相对路径,因此,把vasp.5.3.5.tar.gz和vasp.5.3.5.lib.tar.gz解压后,放在同一目录下,且目录的路径尽量浅。本安装将vasp.5.3.5.tar.gz和vasp.5.3.5.lib.tar.gz解压后共同放在/home/vasp下面。下面是安装过程。7.1编译vasp.lib。#tar-zxvfvasp.5.3.5.lib.tar.gz’解压,并把解压文件放在/home/vasp下面。因此,文件路径为/home/vasp/vasp.5.3.5.lib#cdvasp.5.3.5.lib’进入解压目录。由于文件解压后经过移动,具体进入的命令会不同#ls’显示所有文件的列表#cpmake.linux_ifort_P4makefile’复制make.linux_ifort_P4文件,并重命名为makefile#vimakefile’修改编译文件,文件主要内容及修改如下:#C-preprocessor’此处的#是文件中的注释,不执行CPP=gcc-E-P-C$*.F$*.fFC=ifc将FC=ifc修改为FC=ifort,保存退出。#make’编译7.2编译vasp主程序。#tar-zxvfvasp.5.3.5.tar.gz’解压,并把解压文件放在/home/vasp下面。因此,文件路径为/home/vasp/vasp.5.3.5#cdvasp.5.3.5’进入解压目录。由于文件解压后经过移动,具体进入的命令会不同#ls’显示所有文件的列表#ls’显示所有文件的列表#cpmake.linux_ifort_P4makefile’复制make.linux_ifort_P4文件,并重命名为makefile此时,将/hom/fftw-3.3.4/api/fftw3.f拷贝到解压后的VASP安装源代码文件夹下(/home/vasp/vasp.5.3.5)。#vimakefile’修改makefile文件。具体修改过程非常复杂,需要很细致的过程。下面是第二次安装vasp时的makefile文件。红色的为执持语句,#为注释,不是执行语句。Makefile修改完毕后,输入如下操作:#make’编译过程需要大约半小时,编译过程会出现多次错误,导致编译无法继续进行,需要不断修改makefile并不断make,直到提示make:‘vasp’isuptodate.,则表示已成功编译。编译成功后,在安装目录生成可执行的二进制文件,文件名为vasp。测试vasp是否可用:将典型物质的或正确的INCAR,POSCAR,KPOINTS,POTCAR放于同一文件中,并将可执行的vasp复制后与INCAR,POSCAR,KPOINTS,POTCAR放置于同一文件中,在命令行输入:#./vasp’单机单核运行或输入#mpirun–npy./vasp’y为想让vasp运行的cpu核数目,例如,mpirun–np4./vasp为单机四核运行vasp能正常运行则表明已真正成功编译。以下是第二次成功地在手提电脑安装vasp的vasp.5.3.5的makefile的全部内容:.SUFFIXES:.inc.f.f90.F#-----------------------------------------------------------------------#MakefileforIntelFortrancompilerforPentium/Athlon/Opteron#basedsystems#werecommendthismakefileforbothIntelaswellasAMDsystems#forAMDbasedsystemsappropriateBLAS(libgoto)andfftwlibrariesare#howevermandatory(whereastheyareoptionalforIntelplatforms)#ForAthlonwerecommend#)tolinkagainstlibgoto(andmklasabackupformissingroutines)#)oddenoughlinkinlibfftw3xf_intel.a(fftwinterfaceformkl)#feedbackisgreatlyappreciated##ThemakefilewastestedonlyunderLinuxonIntelandAMDplatforms#thefollowingcompilerversionshavebeentested:#-ifc.7.1worksstablesomewhatslowbutreliably#-ifc.8.1failstocompilethecodeproperly#-ifc.9.1recommended(bothfor32and64bit)#-ifc.10.1partiallyrecomm
本文标题:vasp5.3安装方法
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