LAMMPS

Minimize命令Minimize命令使用格式：minimize（命令名）tolerance（误差限）maxiter（）maxeval（）说明：tolerance＝stoppingtolerance停止公差、容差maxiter＝优化器的最大叠代次数（maxiterationsofminimizer）maxevel＝总的（力/能）评估值的最大个数（maxnumberoftotalforce/energyevalutions）例子：minimze1.0e-41001000描述：该命令用来执行一个系统的能量的最小化（energyminimization），通过调整每个原子的原子坐标。使用的优化算法由命令min_style设置。能量最小化命令可以被和run命令交替使用(interspersed)，在松弛和动力学之间分布（Minimizecommandscanbeinterspersedwithruncommandstoalternatebetweenrelaxationanddynamics.）。最小化器areimplementedinarobustfashion坚固的方式thatshouldallowforsystemswithhighlyoverlappedatoms(largeenergiesandforces)tostillbeminimizedbypushingtheatomsoffofeachother.(通过推开每个原子，使得即使有重叠的原子（具有高的能量和力）仍然可以优化，因为算法是很强壮的。不知道这样翻译对不对，这句太难理解了。最优化器involves包括一个外部迭代循环outeriterationloop（用以设置搜索迭代方向，在这个方向上坐标被改变），内部的迭代使用一个线搜索算法（Aninneriterationisthenperformedusingalinesearchalgorithm.T）。线搜寻专门评估力和能量（几次），以设置新的坐标。最小化器在满足下列的任何一个准则的时候停止：*thechangeinenergybetweenouteriterationsislessthanthetolerance*外部迭代的能量的改变小于容许限的时候*thenumberofouteriterationsexceedsmaxiter*外部迭代超出最大迭代次数*thenumberofforceevaluationsexceedsmaxeval*力评估次数超限*the3Ndimensionalforcevectorgoes(nearly)tozero*三维力矢量接近与零对第一个准则，指定的误差是无单位的。当能量delta（即能量之差吧）对能量的幅度magnitude的比等于容差限的时候满足。（e.g.在上面的例子中为onepartin1.0e4，某分之一）在优化期间，外层的迭代次数被当做一个时间步。输出是被这个时间步触发的。即动力学输出或者dump和restart文件等。Outputistriggeredbythistimestep,e.g.thermodynamicoutputordumpandrestartfiles.Foroptimalconvergence对优化收敛性，pair_style最好在能量和力的截断距离上是光滑到零的，尽管不是必须的，但是是最好使用。例子包括了pair/lj/charmm/coul/charmmandpair/lj/charmm/coul/long.。如果一个软势函数被使用，则Astop值用来做预先因子（不和时间有关）IfasoftpotentialisusedtheAstopvalueisusedfortheprefactor(notimedependence).有点晕户，希望明白的后面之解释一下。在优化期间，只有施加了力约束的fix（操作）才被调用。目前的执行表列出：Thelistofthecurrentlyimplementedonesincludefixaddforce,aveforce,enforce2d,indent,lineforce,planeforce,setforce,andwall/lj93。注意indent和wall/lj93有一个联合势能。如果你希望这个能量被包括在系统的总势能中，（属性量正在优化的系统），你必须使得fix_modify命令的能量energy选项对这个fix有效。youmustenablethe[url=file:///D:/My%20Documents/桌面/lammps-11Sep06/doc/fix_modify.html]fix_modify[/url]energyoptionforthatfix.接着优化器的是一个统计的特征总结被打印出来，其中有能量的变化，收敛准则信息等。限制：这里列出来的两个特征还不能做。万一，以防，incase，有些人知道怎么写代码。两个不能被最优化器调用的fix分别是fix_shake和fix_rigid。Itisanerrortousefixshakewithminimizationbecauseitturnsoff（关闭）bondsthatshouldbeincludedinthepotentialenergyofthesystem（应当被包括在系统势能汇总的键）.Theeffectofafixshakecanbeapproximated（近似）duringaminimizationbyusingstiffspringconstantsforthebondsand/oranglesthatwouldnormallybeconstrainedbytheSHAKEalgorithm.Fixrigidisalsonotsupportedbyminimization.Itisnotanerrortohaveitdefined（？？？？？）,buttheenergyminimizationwillnotkeepthedefinedbody(s)rigid（不能保持定义的刚体？？？）duringtheminimization.Notethatifbonds,angles,etcinternaltoarigidbodyhavebeenturnedoff(e.g.vianeigh_modifyexclude),theywillnotcontributetothepotentialenergywhichisprobablynotwhatisdesired（可能就不符合实际情况的意思吧）.Thevolumeofthesimulationdomainisnotallowedtochange（不许改变）duringaminimzation.Ideally理想的wewouldallowafixsuchasnpttoimposeanexternalpressurethatwouldbeincludedintheminimization(i.e.allowtheboxdimensionstochange),butthishasnotyetbeenimplemented.88888888888888888888888888888888888888下面的是老版本文字的说明Theeffectofafixshakecanbeapproximated近似duringaminimizationbyusingstiffspringconstants刚性弹簧常数forthebondsand/oranglesthatwouldnormally通常，正常beconstrainedbytheSHAKEalgorithm.在最小化期间，模拟域的体积是不容许改变的。理想的，我们容许诸如npt的操作fix来施加一个外部的压力（将被包含在优化器中），即容许模拟盒子的纬度改变，但是这个部分还没有实现。（）Thevolumeofthesimulationdomainisnotallowedtochangeduringaminimzation.Ideallywewouldallowafixsuchasnpttoimposeanexternalpressurethatwouldbeincludedintheminimization(i.e.allowtheboxdimensionstochange),butthishasnotyetbeenimplemented相关命令min_modifymin_stylerun_style默认：无min_stylecommand最小化类型命令格式：min_stylestyle*style=cgorcg/frorsd例子min_stylecgmin_stylesd描述：选择一个最小化算法，为minimize命令的执行。类型cg是共轭梯度算法（CG）的Polak_Ribiere(PR)版本）Ateachiteration在每个叠代中，theforcegradientiscombinedwiththepreviousiterationinformation联合前一个叠代的信息tocomputeanewsearchdirection以计算一个新的搜索方向，perpendicular(conjugate)toprevioussearchdirections.和前一个方向是正交的（共轭）。ThePRvariant变化（变量）affectshowthedirectionischosen方向如何选择andhowtheCGmethodisrestartedCG方法如何被重启，whenitceasestomakeprogress当为了进一步而停止的时候.ThePRvariantisthoughttobethemosteffectiveCGchoice.Stylecg/fristheFletcher-Reevesversionoftheconjugategradientalgorithm.共轭梯度算法的另一个版本Stylesdisasteepestdescentalgorithm最速降线法，.Ateachiteration,thedownhilldirection下降方向correspondingtotheforcevector(negativegradientofenergy)issearchedalongbya1dlinesearch沿一个一维线查找.Typically,steepestdescentwillnotconverge不收敛asquicklyasCG,butmaybemorerobustinsomesituations.限制无相关命令min_modifyminimize默认：min_stylecgmin_modifycommand格式：min_modifykeywordvalues...*oneormorekeyword/valuepairsmaybelisted（变量）·keyword=linestyleordminordmaxorlineiter·linestylevalue=secant正割orscan·dminvalue=min·min=minimumdistanceforlinesearchtomove(distanceunits)·dmaxvalue=max·max=maximumdistanceforlinesearchtomove(distanceunits)·lineitervalue=N·N=maxnumberofiterationsinalinesearchExamples:min_modifylinestlescandmin0.001dmax0.2min_modifylineiter5Description:Thiscommandsetsparameters设置参数thataffecttheminimizationalgorithms.Thevarioussettings不同的设置mayeffectth