Geneious使用

Geneious使用安装--exe--打开geneious初始界面如下图：Alignment可用于比对，tree建树，assembly拼接。序列拼接右键点击local，创建新文件夹，测序公司提供*.abi格式文档，可直接拖动，或者file-import。导入完成后结果如图：为了准确可再次导入一个参考序列。选择需要拼接的序列和参考序列进行assembly，（示例：DTH8和DTH8-13F/R），弹出窗口参考序列为DTH8（自动识别），选择不要剪切----ok。拼接完成图按住ctrl，向上滚动鼠标即可放大，与参考序列一致颜色不变与参考序列不一致颜色蓝色此时选择上面的峰，第一个不一致处，多出一个G，点击allowediting，光标变为绿色，将其放在consensus上，删除“-”，下面一行的G则被删除，序列校正过后再点击allowediting，如图--下一处不同竖着看--A--A---,选择A，不需要修改。整个序列校正完毕后，点击save。若需要导出序列选择consensus，全选该序列，点击file-export-selecteddocuments如何比对？将之前导出的fasta再导入，如图：全选后alignment，得到结果颜色不是灰色的即为有SNP的地方，放大后结果如图其他功能：Tools--FindORF,结果如图：