使用GenGIS、Mothur根据地图、物种分布树

使用GenGIS构建地理、物种分布图陈文峰2014年8月8日•需要4个文件：1）site.csv2）map.shp3）Sequence.csv4）tree•需要4个软件：1）R2）Rstudio3）Mothur4）GenGIS1.Site文件2.Map文件•从网站搜索并下载文件：bou2_4p.shp，它是一个中国地图。3.Sequence文件保存为csv格式4.Tree文件•生成它相对复杂些，主要步骤为：•1）用R语言生成相似性矩阵•2）用mothur生成树文件•3）用mega软件将树文件另存为Newick格式#以下内容在Rstudio中运行：setwd(C:/GenGISDATA/example)x-read.csv(file=siteandSpRatio.csv,header=T)x#y-read.csv(file=rowNamesSite.csv,header=T)#rownames(x)-paste(AD,1:33,sep=)rownames(x)-c(AD1,AD2,AD3,E1,E2,E3,K1,K2,K3,Y1,Y2,Y3,dx1,dx2,dx3,JX1,JX2,JX3,PY1,PY2,PY3,NY1,NY2,NY3,CZ1,CZ2,CZ3,SF1,SF2,SF3,JZ1,JZ2,JZ3)d-dist(scale(x))#dist()中默认参数method=euclidean,hc5-hclust(d,average)#UPGMA法plot(hc5,hang=-10)class(hc5)tree-plot(hc5,hang=-10,axes=F,ylab=,main=,ann=F)d1-dist(scale(x),upper=T,diag=T)print(d1)class(d1)d2-as.data.frame(as.matrix(d1))write.csv(d2,file=dist.csv)得到这个数据表：第一行为物种名：Sp1,Sp2……下面为某个采样点内，某个物种的所占的比例。rownames()函数是将每一行命名。最后得到一个dist.csv的文件。4.1使用Rstudio生成距离文件这是得到的dist.csv文件，在A1的位置转入多少个采样点，这里为33个。第一行其它地方不能有任何东西。严格按照这个格式，得到这个文件：将上述dist.csv中的内容复制上表到txt中，改文件名为：abrecovery.fn.jclass.0.10.lt.dist扩展名txt要去除，使用dist为扩展名。结果如下：需要先到下载并安装mothur软件。将此文件abrecovery.fn.jclass.0.10.lt.dist复制到mothur.exe软件所在的文件夹下。在mothur中输入以下命令：mothurtree.shared(phylip=abrecovery.fn.jclass.0.10.lt.dist)之后回车。在mothur程序文件夹下，生成：abrecovery.fn.jclass.0.10.lt.tre即为树文件。将此树用Mega或Treeview打开。4.2使用mothur软件生成树文件用Mega打开的树。在Mega中，将该树另存为Newick格式文件。用treeview软件打开的树5使用GenGIS做图从这里下载GenGIS，，搜索时总是搜索到成吉思汗，是由于，GenghisKhan与GenGIS的发音类似。真是可笑。依次：1）导入地图2）导入地点3）导入序列4）导入树1）2）3）4）将上面的四个文件另存到一个英文文件目录下，中文目录下可能不用使用。切记！6生成的地图及物种分类、聚类图B.pachyrhiziB.sp.I.M.huakuiiM.septentrionaleM.sp.IM.sp.II“P.sophorae”R.lusitanumR.mongolense“R.sophorae”R.sophoriadicisR.sp.IR.sp.IIR.spp.IIIR.spp.VR.yanglingenseS.fredii6.1增加图例，在ppt中，以插入不同颜色矩形的方式得到致谢•Dr.XingXingZHANG•Mr.YinShanJIAO更多设置见：