文献信息分析软件RefViz的使用与实践

文献信息分析软件RefViz的使用与实践云南大学图书馆陈强2011年11月16日“金钥匙讲坛”文献管理软件系列之四前言：科研工作者的四项信息修炼图书馆资源检索基本知识常用数据库RSS订阅搜索引擎EndNoteX4NoteExpress2.6QuosaHistCiteTDACitespaceRefVizOmniVizMendeleyZotero共享协作平台…………导入：数字化时代科研人员的“困扰”传统的文献存储方式：遗忘丢失，重复下载低效的文献阅读方式：耗力费时，无法整合落后的论文写作方式：手工编排，枯燥易错“困扰”的根源和解决方案内容提要RefViz简介、作用、适用人群RefViz工作原理软件下载与安装主界面介绍从EndNote、ReferenceManager无缝导入数据关键词分析其他功能（同义词定义工具）上机实习小结1.1RefViz简介RefViz是由Thomson公司和ominiviz公司合作开发用于文献信息分析的软件。网络可以帮助我们获取大量的信息，当信息多到一定的程度的时候，我们不可能逐一阅读；另外，即使文献的数量不是太多，可以阅读，也会耗费大量的时间，同时也会大幅降低我们获取信息的效率。怎样从这些信息中快速找到相关的信息，怎样快速把握这些信息的主要内容，是当今每位科研工作者都面临的问题。1.2RefViz的作用RefViz可以帮助我们分析、组织和管理大量的文献。通过采取与我们阅读文献类似的方式：通读所有文献、找出关键信息，然后进行归类，并以可视化的图形方式将归类的结果展示出来。可以帮助我们发现研究热点，找出文献间的相互关系，快速了解某一领域的整体情况等。可以帮助我们确定研究方向，开拓研究思路，寻找新的解决方案和突破口等。不管你是初涉科研的学生，还是一位资深的研究人员，我们都建议你去学习和掌握这款软件。它可以帮助你快速处理海量信息，让你在竞争中领先一步。1.3RefViz的适用人群第一次接触陌生课题研究生撰写开题报告老板突发奇想，让我们做一些“开创性的工作”平时有文献管理需求的师生想要读博或继续深造的师生不想淹没在科研大军中，一辈子“默默无闻”，如何出奇制胜，增加文章的被引次数，投稿到影响因子较高的期刊……2.1RefViz工作原理与平时阅读文献的过程类似，reading-finding-dividing并不是单纯通过词频来统计，而是通过一种数学模式找出哪些词是最重要的，哪些是次重要的，哪些是无关紧要的，然后利用这两种词对每篇文章进行标识，再通过标准的聚类方法将这批文献分成若干组(Group)2.2RefViz的软件架构2.3RefViz能告诉我们什么？通过图示的方式将这些组的文献根据相互间的关系呈现出来，每个文件夹图标表示一组文献，每组文献之间根据相互的类似程度进行排列图标的大小代表文章数的多少，分布的位置靠得越近，内容越相似；文件夹越密集，说明这些方面的文献越多，是这批文献中研究的热点方向Galaxy图示Pop-up浮动窗口3软件下载与安装EndNoteX4超级试用版RefViz2.1超级试用版安装运行比较简单，从网站()下载试用版，或购买正式版，点击RVINSTALL.EXE即可进行安装。第一次运行会提醒你输入序列号4RefViz主界面介绍第一次运行软件，程序会自动打开sampleview的文件主界面分为四部分：1—显示分析结果的窗口，有两种视图显示方式，Galaxy视图和Matrix视图2—topic区域，从左往右是majortopic、minortopic、descriptiveterms3—当前选择的所有文献列表4—软件的提示区域，帮助信息5.1三种来源文献的分析执行联网检索File-newview-createnewview-searchingdatebase(s)usingreferenceretriever直接分析文献管理软件中的数据库(推荐)EndNote7以上的版本、ReferenceManager11以上的版本利用文件进行分析File-newview-createnewview-Usingreferencefile(s)选择预存的文件从EN或RM无缝导入数据RefViz可以实现与Endnote和RM的无缝连接，即我们可以将手头的Endnote数据库和RM数据库直接导入。RefViz的PDFHelp中介绍了通过下载多种数据库文件后建库的方法，不再赘述。从EN或RM无缝导入数据这里介绍一下与参考文献管理软件之间嵌入的方法。在RM或Endnote的安装目录下，均有一个文件ConfigureDataViz.exe，运行此文件后，按照Wizard的提示，找到RefViz安装目录下的RefViz.exe文件，然后按照提示就可建立链接。打开RM，可以看到工具栏中已经出现RefViz的链接工具，点击该工具栏，RefViz会开始自动建立相关数据库（注意此时新建的数据库自动保存在X:\RefViz\datasets文件夹中）。此外，可以通过导出RM或Endnote数据库为RIS格式的文本文档，然后在RefViz中导入。方法一：在EndNote(版本7以前)文件下，找到ConfigureDataViz.exe，然后按照提示建立链接方法二：EndNoteX4-Tools-DataVisualization5.2视图创建的过程词库的创建移除终止词(about/either/also/very/who/these等)安装目录下stopwords文件夹，default.stop.txt是设置终止词的默认文件，一行一词主词提取计算不同词的权重，确定主词和辅词分辨同义词，识别主词之间的相互关系主词仅由标题和摘要中的词决定，若无摘要则调用Notes中的内容作者不会出现在主词中创建文件组(根据标准聚类分析的方法创建文献组)视图展示(根据文献亲近关系，排列在Galaxy视图和Matrix视图中)5.2.1Galaxy视图打开Galaxy视图Galaxy视图中的信息Galaxy视图中的操作选择文献和文献组(Edit-SelectAll、Ctrl+A)取消选择(Edit-ClearSelections、Ctrl)显示文献和文献组信息基本操作(移动、放大缩小、全窗口、复位到初始状态)利用Galaxy视图挖掘信息创建子视图(File-CreateSubsetView)反选除掉边缘文献(Edit-invertselections)直接检索(topic窗口，searchtool)直接阅读文献信息(referenceviewer窗口，双击打开详细信息)个性化设置(Edit-Preferences，设置Galaxy视图的颜色)5.2.2Matrix视图Matrix视图显示的是文献组与主词或主词与主词之间的相互关系列总是代表主词，而行既可以代表文献组也可以代表主词可以快速了解到主词在不同组中被讨论的情况，快速发现哪些概念通常在一起讨论，哪些概念之间有相似性等5.2.2Matrix视图当行代表文献组时(默认设置)，Matrix视图提供的信息是每个概念会在哪些组中被讨论可以选择颜色代表相关性，也可以用颜色代表文献的数量默认设置用颜色代表相关性，即主词与每组所有文献之间或主词之间相关联的程度红色表示关联性强，蓝色表示没有关联如果用颜色表示数量，则白色表示零，黑色表示最大。白色表示没有相关性，黑色表示强相关性5.2.2Matrix视图Matrix视图的排序Matrix视图的操作利用指示窗浏览Matrix视图判断行列主题间的相关性6.1RefViz的其它功能分类之后，还可以通过一系列的工具去影响它的分类，如通过调整majortopic，或者定义同义词thesaurus等，可实现交互式的分类。也可以通过辅助工具找出某些概念之间的相互关系，以及与某篇文章相关的其它文献等。6.2RefViz的其它功能主词工具(topictool)通过主词影响文献分类搜索工具(searchtool)如何进行检索快速检索(quicksearch)同义词(tool-thesaurus)终止词和其它词汇同义词定义工具例1：利用RefViz分析“转基因食品”的研究趋势7.1实例演示(I)1.从EndNote中导入题录Note：可能有部分文献因无题名或无摘要而无法导入（默认设置，ViewCreationPreferences中可修改）导入完成后，进入RefViz1975-2011年转基因食品研究趋势1975-1999年1975-2009年1975-2011年例2：利用RefViz分析SELEX的发展趋势7.2实例演示(II)例2结果解读由上图中可以看出，红色椭圆选中的区域是2007年明显占优势的区域，2007年在该领域发表的文章远远超过了1992-2006年文章的总和。分别查看红色框中的主题词分布和所有文献的主题词分布，如下图所示：例2：利用RefViz分析SELEX的发展趋势例2结果解读比较排列在前面的主词，可以发现2007年排在1、2位的主词在所有文献中分列3、1位，变化不大；2007年排在3、4位的主词，在所有文献中列在11、12位，有较大提前；比较明显的变化是2007年排在第五位的detection，在所有主词中排在很靠后的位置；这表明detection是2007年这些文献中的一个热点。进一步查看文献信息发现2007年发表的文章中有相当大的一部分是关于检测（detection）的。可以通过以下途径验证以上判断，分别检索2007年发表的文章共181篇，所有关于detection的文章81篇，包含detection或2007年发表的文章共计215篇，由此可以得出2007年发表的关于detection的文章有181+81-215=47篇，占47/81=58%，即关于detection的文章2007年发表的文章占总detection文章数的58%。所以通过以上途径，我们可以很快把握科学发展的动向。知道哪些是当前比较热门的方向，从而为自己确定研究方向服务。8小结RefViz简介、工作原理、软件下载与安装主界面介绍三种来源文献的分析及其视图创建的过程RefViz其它功能2个实例的演示答疑上机实习谢谢！欢迎大家继续关注文献管理软件系列讲座[e-mail]