核酸提取送检样品要求

样本类型穿刺的新鲜组织蜡块高盐浸泡的组织甲醛浸泡或固定的组织外周血（有核细胞）胸腹水骨髓穿刺血浆实体瘤血液病ctDNA循环肿瘤DNADNACTC循环肿瘤细胞融合基因&VEGFR2RNA送检样本优先级别：现有技术流程下1）、首选病理组织和穿刺组织（适合所有生物标志物biomarker）2）、其次为胸腹水（鉴定含肿瘤细胞后检测为宜，不能检测MSI）3）、最差用外周血（有核细胞能检测SNP；血浆/血清能检测ctDNA、融合基因、VEGFR2mRNA）外周血送检样本1）、抽提有核细胞→检测SNP；2）、抽提血浆→检测突变类（检测ctDNA、融合基因、VEGFR2mRNA）样本类型穿刺的新鲜组织蜡块高盐浸泡的组织甲醛浸泡或固定的组织外周血（有核细胞）胸腹水骨髓穿刺血浆（分离好的）切片样本量2～4根穿刺3um×20片黄豆大小黄豆大小5ml（EDTA抗凝管-紫色）100ml以上2～4根穿刺600ul1×1cm×10片抽提用量DNA1～2根穿刺10片芝麻大小芝麻大小5ml（EDTA抗凝管-紫色）6ml1～2根穿刺300ul3～5片抽提用量RNA1～2根穿刺10片芝麻大小芝麻大小5ml（EDTA抗凝管-紫色）6ml1～2根穿刺300ul3～5片新鲜组织（包括手术和活检组织）价值：肿瘤新鲜冷冻材料可提取出最高品质的DNA、RNA。在手术现场取样的情况也比较多，但需要在显微镜下确认肿瘤细胞含量。周围炎症严重的肿瘤、黏液产生过高的肿瘤、病变中心广泛纤维化的肿瘤细胞不能采集，以免产生假阴性结果。鉴定：切割后取其中一半，并利用另一半切面制作组织标本，然后在显微镜下确认肿瘤细胞含量。保存：理想的保存方法是迅速置于液氮中，然后保存于液氮罐或-80℃冰箱，这一过程应在手术样本离体后30分钟内完成。或者保存在组织保存液中；也可保存在核酸提取液中。石蜡包埋组织（formalin-fixedparaffin-embedded，FFPE）10%中性福尔马林固定手术切除样本，按病理学操作规范进行取材。DNA容易受固定的影响，长时间（1周以上）浸泡在福尔马林中的样本的DNA会被片段化，不能检出突变。活检材料的固定时间一般是24小时，对于穿刺等活检样本，固定时间控制在6~24小时为佳。价值：石蜡包埋组织易长期保存。鉴定：制作石蜡切片后，切取5片连续切片，其中1片进行HE染色，确认肿瘤细胞的含量。在高灵敏度检测方法中，可考虑使用活检标本。保存：15摄氏度~28摄氏度。胸腹水等细胞学样本用胸腹水中的肿瘤细胞用于基因检测时，必须确认肿瘤细胞，穿刺获得胸腹水样本提交给细胞病理检查之后，剩余液体冷藏/冷冻保存，由于细胞学样本的肿瘤细胞含量较低，因此必须使用高灵敏度检测方法。价值：取样方便。鉴定：制作石蜡切片后，切取5片连续切片，其中1片进行HE染色，确认肿瘤细胞的含量。保存：离心收集后冷冻保存；也可在含有细胞成分的离心沉淀中加入含有蛋白质变性剂的缓冲液（AL缓冲液，Qiagen公司）等室温保存。外周血样本价值：取样方便。用途：ctDNA、CTC检测保存：取样时应使用一次性密闭EDTA抗凝真空采血管，采集6~10ml全血，冷藏运输，6小时内分离血浆，提取游离DNA，保存到-80℃冰箱中，并避免反复冻融。如外周血需长时间运输，建议用商品化的游离DNA样本保存管，在常温条件下，cfDNA在全血中可稳定保存7天。血清或血浆离心收集后冷冻保存；有核细胞检测CTC的冷藏保存，检测SNP的冷冻保存。实体瘤即有形瘤，可通过临床检查如x线摄片、CT扫描，B超、或触诊扪及到的有形肿块称实体瘤。非实体瘤即X线、CT扫描、B超及触诊无法看到或扪及到（摸到、按到）的肿瘤，如血液病中的白血病就属于非实体瘤。血液病是原发于造血系统的疾病，或影响造血系统伴发血液异常改变，以贫血、出血、发热为特征的疾病。造血系统包括血液、骨髓单核一巨噬细胞系统和淋巴组织，凡涉及造血系统病理、生理，并以其为主要表现的疾病，都属于血液病范畴。循环游离DNA(circulatingfreeDNA，cfDNA)是存在于血浆中的游离DNA，它们有的来自于正常细胞，有的来自于异常细胞（如肿瘤细胞），肿瘤来源的DNA占血浆游离DNA的比例在不同肿瘤及病例中相差悬殊（0.01~93%），从而限制了外周血在肿瘤分子检测时的应用。目前已有多篇文献证实可利用从血浆游离DNA检出突变，但需要使用ARMS法等灵敏度非常高的检测方法。循环肿瘤细胞（circulatingtumorcell，CTC），是存在于外周血中的各类肿瘤细胞的统称。循环肿瘤DNA（circulatingtumorDNA,ctDNA），是指肿瘤细胞体细胞DNA经脱落或者当细胞凋亡后释放进入循环系统的DNA片段，是一种特征性的肿瘤生物标记，通过ctDNA检测，能够检出血液中的肿瘤踪迹。ctDNA检测很少出现假阳性，因为ctDNA来自肿瘤细胞基因组突变。在几乎所有种类的癌症中，都检测到了ctDNA所带有的标志性突变，并且肿瘤越晚期，病情越严重，肿瘤的恶性程度越高，ctDNA特有突变的频率就越高。