网络药理筛选方法简介

网络药理虚拟筛选方法简介刘培2013-2-25什么是网络药理学？从系统生物学和生物网络平衡的角度阐释疾病的发生发展过程；从改善或恢复生物网络平衡的整体观角度认识药物与机体的相互作用并指导新药发现。在高通量组学数据分析、计算机模拟计算及网络数据库检索的基础上，进行生物网络的构建及分析，进而进行药物作用机制的研究及创新药物的发现2网络药理学的研究思路思路一：根据公共数据库和公开发表的已有数据，建立特定药物作用机制网络预测模型，预测药物作用靶点/机制，从生物网络平衡的角度解析药物作用的药理学机制；思路二：利用各种组学技术以及高内涵/高通量技术，观察药物对模型(分子、细胞、组织或/和动物)的作用或模型对药物的作用，针对所产生的大量数据，采用生物信息学的手段分析和构建药物-靶点-疾病网络，建立预测模型，进而解析所研究药物的网络药理学机制。3虚拟筛选步骤一、准备待筛选分子二、靶点筛选三、通路筛选四、网络药理图4一、准备待筛选分子Chembiooffice2008以上版本作图，文件格式须为sdf5二、靶点筛选点击此处上传分子结构，每次只能投入1个分子结构6JodID是下载结果的“密码”7下载结果8Fit为分子和靶点的匹配度，越高代表越匹配。靶点名称与人类相关的靶点代码9三、通路的筛选将前面工作中得到的与人类相关的靶点代码全部换成类似于P00517的形式，以投入博奥数据库得到与靶点相关的通路。以靶点PDPK1_HUMAN为例：此为蛋白编号靶点蛋白名称10将得到靶点编号投入到博奥数据库注册并登陆上传project建议自己申请！11选择与人类相关的12靶点填于此处1314靶点-通路一般选择p值小于0.01的通路15将选择的靶点在uniprot上查的蛋白名称16四、网络药理图将化合物对应靶点，靶点对应通路于同一EXCELL中。注意：要做成两列即：化合物靶点靶点通路然后将表格导入Cytoscape软件（官方下载地址：），也可使用其他作图软件。17点击对形状和背景进行更改节点连线背景18为了方便对图进行编辑和更改，我们可以导入attributes。令通路等于2，化合物名称等于3。可在此处专一的对化合物、靶点。通路进行更改颜色19也可以专一性的进行形状的更改20网络药理学与实验相关的环节基于实验结果构建网络所需基本数据的获取对所建立的网络预测模型进行实验验证目前网络药理学研究在实验研究水平所涉及的相关技术除了组学(基因组、蛋白质组、代谢组和糖组等)技术外，主要包括3个方面:高通量/高内涵技术、双高通量基因表达检测技术和分子相互作用技术。21感谢南开大学药物化学生物学国家重点实验室白钢教授及其团队指导帮助！