AutoDock-分子对接步骤

Discoverystudio:File-New-moleculewindow:出现如下窗口，将所要处理的分子*.sdf文件拖入，Chemistry-hydrogens-dele去掉所有氢，选中质子化的氮原子选中质子化的氮原子，Chemistry-charge:+1.Chemistry-hydrogens-add.（加上所有氢，包括质子化的氢原子）Pdbqt格式准备（pymol）：4M48-DAT.pdb用pymol读入：点右下方S键,在左上方显示序列，选中21B，右侧显示有sele后，file-savemolecular:sele-OK-重命名ligand.pdbFile-open-Duloxetine_3d.sdfSavemolecular:Duloxetine-3d.pdb受体准备：1.Pymol软件：pymol打开两个蛋白分子的pdb格式，将SERT-model叠合到4M48-DAT上，保存叠合后的SERT-model.pdb。（此步骤是重新定义SERT-model的坐标）2.AutoDockTools:file-ReadMolecule:SERT-moldel-align.pdbEdit-Hydrogens:polarOnly-OkGrid-Macromolecule-choose:SERT-moldel-align.保存为:SERT-moldel-align.pdbqt配体准备：Ligand-input-open:(*.pdb)ligand.pdb|Duloxetine-3d.pdbLigand-Output-SaveasPDBQT:保存为*.PDBQT文件。找活性位点，计算格点：Grid-Macromolecule-open:SERT_model_align.pdbqt弹出对话框：NO、确定、确定Ligand-input-open：ligand.pdbqt弹出对话框：确定Grid-setmaptypes-chooseligand:ligandGrid-GridBox-center-centeronligand:存图片或outputgriddimensionsfile|closesavingcurrentLigand-input-open：Duloxetine_3d.pdbqt弹出对话框：确定Grid-Macromolecule-choose:SERT_model_align弹出对话框：NO、确定、确定Grid-setmaptypes-chooseligand:Duloxetine-3dGrid-output-saveGPF:SERT-Drug.gpfRun-AutoGrid提交成功，呈现如下对话框：生成一系列*.map文件和SERT-Drug.glgDocking:Docking-Macromolecule-setrigidfilename:SERT-moldel-alignDocking-Ligand-choose:Duloxetine_3d弹出对话框：AcceptDocking-Output-GeneticAlgorithm(4.2)|LamarckianGA(4.2):SERT-Drug-dock.dpfRun-AutoDock提交后呈现：结果分析：Analyze-docking-open:*dlg(SERT-Drug-dock-GA.dlg|SERT-Drug-dock-lamarkianGA.dlg)Analyze-conformationsplay:可看各个构型。（Ligand-input-open:ligand.pdbqt两个相比，可以看到哪个构型与样本配体结构最相似）