autodock-vina.

生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology张丽杰北京市计算中心[e-mail]-Vina生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology提纲：一、AutoDock-Vina介绍二、Vina安装三、对接准备及操作四、生成晶格文件五、分子对接六、对接结果分析生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology一、AutoDock-Vina介绍AutodockVina，它是继Scripps实验室的Autodock4对接程序之后由OlegTrott等人推出的使用新的打分函数、预测准确率更高并支持并行化的更高效易用的对接程序。它的使用方法和Autodock4类似，只是少了调用AutoGrid程序（原Autodock4中需要用到）这一步。Vina是一个命令行程序，它可以和AutodockTools配合使用，因为AutodockTools提供了一个GUI界面接口，但是同时，我们也可以在Windows的命令提示符程序或Linux或是Mac的终端中执行这个程序。生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology安装软件选择autodock_vina_1_1_2_win32.exe,安装过程中软件初始位置及安装路径均不能含有中文二、Vina安装注意安装路径！生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology环境变量的设置：在“计算机-属性-高级系统设置”中打开“环境变量”设置：二、Vina安装生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology（2）环境变量的设置将autodock的路径添加到环境变量中，64位系统默认的安装路径为：C:\ProgramFiles(x86)\TheScrippsResearchInstitute\Autodock\4.2.6，并在dos中测试程序是否能够正常运行一、软件安装生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology（3）mgltools的安装一、软件安装生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology（3）mgltools的安装安装成功后会出现下面的界面一、软件安装生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology二、ADT介绍生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology三、对接准备及操作本练习以HIV蛋白1HSG.pdb及其生物活性抑制剂ind.pdb作为实例进行分子对接演示：（1）将默认的工作路径调整到当前操作的文件夹下（便于程序的运行）在File-Preferences-set中设置生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology（2）准备受体分子在“File-ReadMolecule”中加载1hsg.pdb文件三、对接准备及操作生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology删除受体中的水分子，在PMV菜单中选择select-selectfromstring,并在弹出的对话框中输入下面的参数，并选择edit-delete-deleteselectedatoms三、对接准备及操作生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology（3）受体中添加H原子并保存受体分子在PMV菜单中选择Edit-Hydrogens-Add三、对接准备及操作生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology（4）准备配体分子隐藏受体分子在PMV菜单中选择display-show/hidemolecule”,在弹出的对话框中隐藏受体分子。在ADT菜单栏中选择ligand-input-open,加载配体文件ind.pdb，弹出的警告点击确定即可。三、对接准备及操作生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology（4）准备配体分子在Ligand-TorsionTree-ChooseTorsions中可以设置配体中可以旋转的键。同时指定在活动键时需要移动的最少的原子数目为6,在Ligand-TorsionTree-SetNumberofActiveTorsions“中设置。三、对接准备及操作生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology（5）将配体文件保存为pdbqt文件在ADT菜单中选择Ligand-Output-SaveasPDBQT文件名称命名为ind.pdbqt。（6）准备受体中的柔性残基文件在ADT菜单中选择FlexibleResidues-Input-ChooseMacromolecule选择1hsg作为设置柔性残基的大分子，然后在PMV菜单中选择Select-SelectFromString将ARG8作为需要编辑的残基。三、对接准备及操作生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology（6）准备受体中的柔性残基文件在ADT菜单中选择FlexibleResidues-ChooseTorsionsinCurrentlyselectedResidues选项，将两个残基中CA，CB之间的键设置为非扭转的（non-rotatable，紫色），这样两个残基中共有6个可旋转的键，点击close关闭对话框。三、对接准备及操作生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology（7）保存受体文件分别将受体中的柔性残基和刚性残基进行保存，在ADT菜单中选择FlexibleResidues-Output-SaveFlexiblePDBQT/SaveRigidPDBQT柔性残基和刚性残基分别保存为1hsg_flex.pdbqt和1hsg_rigid.pdbqt。（8）准备大分子在ADT菜单中选择Grid-Macromolecule-Open打开之前保存的1hsg_rigid.pdbqt。三、对接准备及操作生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology（9）准备AutoGrid参数文件在ADT菜单中选择Grid-SetMapTypes-ChooseLigand,选择之前准备好的ligand分子ind在ADT菜单中选择Grid-GridBox将格子大小设置为x,y,z:60,60,66,格点之间的默认值为0.375Å,将格子的中心设置为2.5,6.5，-7.5，并保存为文件1hsg.gpf。三、对接准备及操作生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology四、生成晶格文件在ADT菜单中启动Run-RunAutoGrid,将1hsg.gpf文件加载到ParameterFilename选项中，并确认其他文件的路径均正确，如下图所示：打开1hsg.glg文件确认程序运行中没有错误生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology五、分子对接（1）准备对接参数文件1在ADT菜单中选择Docking-Macromolecule-SetRigidFilename设置对接中的刚性分子为1hsg_rigid.pdbqt2在ADT菜单中选择Docking-Ligand-Choose设置对接中的配体分子为ind3在ADT菜单中选择Docking-Macromolecule-SetFlexibleResidueFilename设置对接中的柔性残基为1hsg_flex.pdbqt4在ADT菜单中选择Docking-SearchParameters-GeneticAlgorithm...并按照下面的参数进行设置：生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology（1）准备对接参数文件五、分子对接生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology（1）准备对接参数文件在ADT菜单中选择Docking-Output-LamarckianGA（4.2）...输出拉马克遗传算法对接参数文件，文件命名为ind.dpf。可以在ADT菜单中选择Docking-EditDPF来打开保存的对接参数文件。五、分子对接生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology（2）运行autodock确认参数文件及其他文件的文件路径设置正确：五、分子对接生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology六、对接结果分析（1）读取对接日志文件在ADT菜单中选择Analyze-Docking-Open打开对接日志文件ind.dlg,在弹出的对话窗中会弹出对接结果的数目：生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology（2）观察对接分子构象在ADT菜单中选择Analyze-Conformations-Load将对接结果及分子构象载入图形窗口。六、对接结果分析生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology（2）观察对接分子构象在ADT菜单中选择Analyze-Conformations-Play...会弹出配体的播放控制对话框，这样可以选择观察不同的配体分子的构象，还可以将所有的对接构象以动画的方式进行播放，在播放控制对话框中点击按钮可以设置播放时的信息。六、对接结果分析生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology（3）在受体分子中观察对接结果在ADT菜单中选择Analyze-Macromolecule-Open载入受体的刚性部分1hsg_rigid.pdbqt六、对接结果分析生物计算事业部DepartmentofComputationalBiology（3）在受体分子中观察对接结果六、对接结果分析