Circos-中文

Circos中文教程前言最近在用Circos画一些典型的基因组物理图，也在适当的用circos的这种展示方式来表示一些其他的联系，比如遗传图谱marker之间的关系、遗传图谱与物理图谱的对应关系等。所以感觉一步步的把circos的英文教程翻译出来，是对自己的一个锻炼也方便与大家一起交流。废话不多说了，开始吧！！！一、目录结构与配置1.1UnixVSwindows如果你在安装perl或者一些模块时有困难，你可以使用网上的一些资源来解释如何去下载perl，如何去在Linux、MacOSX和Windows上工作以及如何去安装模块。如果你任然有困难，你可以把你的问题提交到Circosgroup。需要去安装模块吗？去了解模块安装指导和Windows用户教程。关于libgd和GD模块有困难？去了解Perllibgd/GD教程或者PauloNuin'sInstallingCircosonMacOSX.需要在Windows上运行Bashshell批处理文件吗？你将需要安装一个UNIX命令行shell，比如Cygwin。被错误困住?一个好的策略是去在Google上搜索错误信息（比如说mkdir权限问题）。想去更多学习perl吗？试试这个网站learn.perl.org。UNIXVSWINDOWS要运行Circos，你需要Perl.Perl是一个解释性语言，这意味着你不需要去编译Circos来运行它。Perl代码是可执行的，这涉及到解释、编译、运行。Circos已经被设计成适合UNIX用户：没有用户界面，文本配置和命令行工具。Windows用户刚开始将发现有些不适应，但是相对来说很快就能熟悉。这部分的教程包含安装，配置，和Perl模块讨论Circos使用在UNIX和Windows上的差异。你不必去知道Perl怎么运行Circos，你只需要去熟悉：目录和文件的概念在命令行下切换目录在命令行下创建和删除目录相对路径和绝对路径的概念不熟悉DOS命令行的Windows用户应该阅读下面的这些教程。WindowscommandlinetutorialWindowscommandlinepromptin15minutesPERL安装Windows用户应该不熟悉Perl。这没什么好担心的，仅仅像是你安装过的其他应用程序一样。你必须在DOS命令行下使用它，但是这很快就能学会。UNIX默认是安装了Perl的，除非你的系统很古老（用perl–v去显示你的Perl版本，如果低于5.8，那么该更新了），那你已经拥有了一个最近的版本。Windows用户应该安装StrawberryPerl或者ActiveStatePerl。两者都有包管理器它可以帮助你安装，更新和卸载模块。如何可能的话，使用管理器去取代CPANshell来安装模块。细节可以去用看PerlandModulessection。CIRCOS安装UNIX用户可以用tar来解压Circos（比如tarxvfzcircos-0.54.tar.gz）。Windows用户应该使用Windows内置的解压软件或者免费的工具像7-Zip或者其他的WinRAR或者WinZip来解压。你将需要首先将文件解压成.tar，再抽取其中的文件。Circos安装的细节在DistributionandInstallation部分。在命令行中，你需要去想下面的参数来运行perl和使用circos脚本perlbin\circos-conftutorials\2\2\circos.confWindows可能不知道该去如何处理bin\circos文件Circos教程在一个分开的包里你需要去另外下载。路径分隔符Windows使用\作为目录分隔符，但是UNIX使用/。在教程中将使用UNIX的习惯。所以当你看到下面的格式：tutorials/2/2/circos.conf配置因为UNIX和Windows的目录结构不一样，所以你可能需要去调整教程例子的输出路径。例如，在UNIX上/tmp被用作一个临时目录（可以创建临时文件比如教程图片）。在Windows上这种目录是不存在的。你可以用-outputdir和-outputfile参数来重新定义输出的目录和文件。#在windows上可以这样执行perlbin\circos-conftutorials\2\2\circos.conf-outputdir.-outputfiletutorial_image.png细节可以看RuntimeParameterssection。批处理文件在有些工具和教程的目录中你将发现UNIX批处理文件，比如下面的这样：#tools/tableviewer/makeimage#!/bin/bash...catsamples/table-$n.txt|bin/parse-table-confsamples/parse-table-$n.conf|bin/make-conf-dirdata...这是使用BASHshell写的不能在Windows上运行。你可以去安装个Cygwin来运行UNIXshell。1.2DISTRIBUTIONDIRECTORYSTRUCTUREANDINSTALLATION在UNIX上检查Perl对于UNIX和MacOSX用户来说，Perl作为一个基本的安装程序在系统上已经安装好了。去检查这个，你可以在终端运行下面的这个命令whichperl如果你安装了perl并且执行目录在PATH下，那么将返回这样的结果。whichperl/usr/bin/perl或者whichperl/usr/local/bin/perl或者其他位置，这依赖于你的安装。如果which没有返回任何结果，那你可能没有安装likely检查已经安装的perl的版本：perl-vThisisperl,v5.10.0builtfor...在WINDOWS上检查PERL如果你运行windows，那么你可能没有安装perl，perl的安装在PerlandModules部分。检查已经安装的perl的版本：C:perl-vThisisperl,v5.10.0builtfor...安装perl模块即使你已经有了Perl，你将需要一些额外的模块去运行Circos。安装circos要去大致了解安装过程和UNIX与Windows上的不同，请参考UNIXvsWindowssection。首先下载Circos（downloadCircos）。内容描述如下：在UNIX上安装CIRCOS在UNIX系统上，用tar工具去抽取Circos文件。tarxvfzcircos-x.xx.tgzcdcircos-x.xx到了这一步，你可以去运行Circos测试下bin/circos-man你应该得到一个帮助手册页面，另一方面，如果你得到像下面的错误：-bash:/bin/env:Nosuchfileordirectory在你系统上env这个二进制文件的位置不是一个标准的位置（例如MacOSX）。到这里你需要在文件中或者系统中去做适当的调整。首先检查你的env文件在哪。whichenv/usr/bin/env现在要么把bin和tools/*/bin下面所有脚本的第一行改成#!/usr/bin/envperl或者更好的方法是做个链接/usr/bin/env到/bin/envsudosucd/binln-s/usr/bin/envenv在WINDOWS上安装CIRCOSWindows用户应该使用Windows内置的解压软件或者免费的工具像7-Zip或者其他的WinRAR或者WinZip来解压。你将需要首先将文件解压成.tar，再抽取其中的文件。你不需要去移动或者编辑任何文件。去运行Circos，你需要去调用perl和使用命令行将circos脚本作为参数传递给perl。C:perlC:\path\to\circos\bin\circos[anycommand-lineparameters]任何时候你看到下面这种格式去运行脚本：tools/bin/binlinks...用这种方式代替C:perltools\bin\binlinks...同样要注意在UNIX文件路径用/最为文件分隔符(例如/bin/env)在Windows上用\(像C:\perl\bin\perl)。Windows用户应该安装StrawberryPerl或者ActiveStatePerl。两者都有包管理器它可以帮助你安装，更新和卸载模块。如何可能的话，使用管理器去取代CPANshell来安装模块。细节可以去用看PerlandModulessection。circos内容当你下载和解压了Circos，你将得到下面的目录结构：circos-x.xxCHANGESREADMETODObin/etc/fonts/lib/tiles/tools/教程内容如下：data/tutorials/BIN/Circos脚本就在这个目录。Circos是用perl写的并且是作为一个单独的可执行程序(bin/circos)。DATA/这个路径包含大量的数据文件，这些是教程所需要的。大部分这些数据文件是解析过的UCSCGenomeViewerTableBrowser的输出。下部分数据文件时包括一些随机产生的数据。ETC/Circos全局配置文件在这里，想colors.conf和fonts.conf。这些文件是被导入到其他配置文件（像教程中的配置文件）。颜色和字体配置文件在ConfigurationFilesection有描述。教程配置文件在tutorials/。FONTS/Circos使用TTF。这些字体在etc/fonts.conf中有描述。Circos只支持TTF而不支持Postscript或者OTF。LIB/代码库，这个你不用去看它。TILES/磁贴填充。在教程的8.15有讲解。TOOLS/各种帮助工具来为Circos进行操作（像连接的计数用binlinks）和解析data(想tab格式的可视化用)。TUTORIALS/教程是单独的作为Circos的文档。每个教程都将图像和对应的配置文件关联起来。教程是按组和章节组织的。每个组展示了circos的一些特征，并且每个独立的章节展示了配置文件的语法与特别的特征集。tutorials/...2/1/2/circos.confticks.confideogram.conf3/......不是所有的教程有.conf文件。有些教程，像Configuration描述一些内容（像关于circos的分布，配置语法，数据文件等），但是没有一些举例的图像所以也没用.conf文件。所有的教程配置文件将从etc/中导入全局配置文件，比如fonts.conf,colors.conf和其他。1.3配置文件-语法，颜色，字体和单位Circos产生静态图片。这些图片的产生过程是通过一个配置文件的实现的。这个文件通常会导入其它的配置文件，例如全局的颜色和字体设置。Circos没有图形界面。典型的流程如下：觉得数据该如何被显示（这是最难的部分）将数据解析成Circos格式构建一个配置文件，自己写或者用教程中的模版运行circos来产生PNG和SVG格式文件按发布文章的要求去适当编辑图片文件（像添加图例、文字等）配置语法配置文件是用Config::General模块来解析的。所有相关的特征像下面这样描述，但是对于那些倾向于参考module'smanpage来学习语法的细节和解析那些文件。在配置文件中用这种格式来定义设置：variable=value（变量名=变量值）注意及时Config::General支持用空白符作为一个分隔符，但是Circos需要你用=来定义变量。有些设置是在一个块里面的，来创建一个分级结构。ideogramthickness=30pfill=yes.../ideogram有些块能够拥有多个实例，例如数据区。典型的，它们被附在另一个块上，这里比如links。linkslinkfile=data/