重组蛋白表达系统的选择

重组蛋白表达系统的选择、表达策略和方法学研究张宁1.前言在生命科学的很多研究和应用领域中，如何获得大量、均一、高纯、有活性的蛋白质都是一个关键问题。现代重组蛋白表达技术为我们提供了多种选择：传统的大肠杆菌、酵母、昆虫和哺乳动物细胞表达系统以及较新的植物和体外表达系统。每种表达系统都有很多成功的例子，但重组蛋白的个性不尽相同，没有任何一个系统和方法是普遍适用的，为目的蛋白选择一个恰当的表达系统也就成为表达工作的重中之重。关于目的蛋白的一切信息，对表达系统的选择都是有帮助的，有几个最基本的问题一定要在表达之前回答清楚：目的蛋白的来源是原核还是真核生物？具有什么样的功能？分子量和聚合状态？是膜蛋白还是水溶蛋白？胞内表达还是分泌表达？是否需要以及需要何种翻译后修饰？有没有配体、底物或产物类似物可以利用？对蛋白酶是否敏感？有多少分子内及分子间二硫键？对目的蛋白的表达量、活性、表达速度和成本有怎样的要求？除了摸清目的蛋白的脾性，还要清楚各个表达系统的特点、优势和局限性，才能找到表达工作的大略方向，要获得最适合目的蛋白的表达方案，还需要在具体实验中调整优化。表1比较了目前常用的表达系统的特点，并给出了粗略的适用范围。大肠杆菌酵母昆虫细胞哺乳动物细胞流程简单简单复杂复杂培养基简单简单复杂复杂成本低低中高产率高中中低表达量高高较高较低蛋白折叠中较好较好好胞外表达周质空间分泌至培养基分泌至培养基分泌至培养基细胞增殖周期30min90min18H24H折叠常有错误折叠偶有不当折叠正确折叠正确二硫键难以形成有有有N-糖基化无甘露糖残基，高无唾液酸，简单复杂O-糖基化无有有有磷酸化无有有有酰化无有有有γ-羧基化无无无有适用原核蛋白、简单真核蛋白真核蛋白、分泌表达蛋白真核蛋白、分泌表达蛋白复杂高等真核生物蛋白表1：常用表达系统比较2.原核表达系统原核表达系统发展完善、流程简单快速、成本低、产量高，对大部分蛋白来说都值得一试，尤其适宜于表达原核来源的以及不需要翻译后修饰的真核蛋白。表达菌株原核表达系统刚用的宿主菌有E.coli，Bacillus等。其中革兰式阳性的Bacillus更适宜在其周质空间分泌表达重组蛋白；革兰氏阴性的E.coli能够广谱表达异源蛋白。大肠杆菌表达系统是目前发展最完善的重组蛋白表达系统。常用大肠杆菌菌株有BL21（DE3）、BL21（DE3）Star、B834（DE3）等，这些菌株都敲除了蛋白酶，并溶源了噬菌体DE3。DE3是的一种衍生λ噬菌体，带有噬菌体21抗性区和lacI基因，lacUV5启动子，以及T7RNA聚合酶基因。这一区段被插入int基因，因此阻止了DE3在没有辅助噬菌体时整合到染色体上或从染色体切出。一旦形成DE3溶原状态，就只有受IPTG诱导的lacUV5启动子指导T7RNA聚合酶基因转录，在溶原培养体系中加入IPTG诱导T7RNA聚合酶生产，继而质粒上的目的DNA开始转录。同时，还有一些特殊设计的菌株以表达有特殊需要的重组蛋白，如甲硫氨酸营养缺陷型表达硒代甲硫氨酸蛋白，溶解性增强的菌株表达毒性蛋白，补充了稀有密码子的菌株表达真核蛋白等，表2给出了常用的大肠杆菌表达菌株。常用表达菌株应用抗生素抗性B834met营养缺陷性，对照株，不能使用T7启动子，蛋白酶敲除无B834(DE3)met营养缺陷性，蛋白酶敲除无BL21对照株，不能使用T7启动子，蛋白酶敲除无BL21(DE3)常规表达宿主菌，蛋白酶敲除无BL21(DE3)高严紧表达宿主菌，蛋白酶敲除氯霉素（34μg/ml）BL21trxB(DE3)常规表达宿主菌，在胞质中形成二硫键，蛋白酶敲除卡那霉素（15μg/ml）BL21trxB(DE3)pLysS高严紧表达宿主菌，在胞质内形成二硫键，蛋白酶敲除卡那霉素（15μg/ml）氯霉素（34μg/ml）Origami对照株，不能使用T7启动子四环素（μg/ml）卡那霉素（15μg/ml）Origami(DE3)常规表达宿主菌，更好的在中形成二硫键四环素（μg/ml）卡那霉素（15μg/ml）Origami(DE3)pLysS高严紧表达宿主菌，更好的在中形成二硫键四环素（μg/ml）卡那霉素（15μg/ml）氯霉素（34μg/ml）Rosetta对照株，不能使用T7启动子，蛋白酶敲除氯霉素（34μg/ml）Rosetta(DE3)常规表达宿主菌，lac透性酶突变，可以控制表达水平，提供稀有密码子tRNAs，蛋白酶敲除氯霉素（34μg/ml）Rosetta(DE3)pLysS高严紧表达宿主菌，lac透性酶突变，可以控制表达水平，提供稀有密码子tRNAs，蛋白酶敲除氯霉素（34μg/ml）Rosetta-gami对照株，不能使用T7启动子四环素（μg/ml）卡那霉素（15μg/ml）氯霉素（34μg/ml）Rosetta-gami(DE3)常规表达宿主菌，更好的在胞质内形成二硫键，提供稀有密码子tRNAs四环素（μg/ml）卡那霉素（15μg/ml）氯霉素（34μg/ml）Rosetta-gami(DE3)pLysS高严紧表达宿主菌，更好的在胞质内形成二硫键，提供稀有密码子tRNAs四环素（μg/ml）卡那霉素（15μg/ml）氯霉素（35μg/ml）表2：常用E.coli表达菌株质粒载体：大肠杆菌表达系统采用质粒为表达载体，质粒上的重要元件包括复制子，启动子，终止子，多克隆位点，信号肽，融合标签，筛选标记等（图1）。原核表达载体已经发展得比较完善，有多种质粒可供选择(表4)。复制子：复制子决定着质粒载体在宿主中的拷贝数。通常情况下质粒拷贝数越高，重组蛋白的表达量就越高，但是高拷贝的质粒也会严重影响宿主的生长，质粒本身也不稳定，容易丢失和突变。克隆载体常采用拷贝数低、严谨复制的复制子，如pSC101；表达载体通常选用高拷贝的复制子，如pCoE1，pMBI（pUC），等。如果需要进行多个质粒的共转化，就要根据复制子的相容性选用不同复制系统的复制子，如pSC101和pUC共表达。启动子：表达重组蛋白时，我们需要考虑启动子的强弱、作用方式、调控方式和本底表达水平。表达载体通常选用强启动子以提高表达量，但弱启动子也有其优点，如降低本底表达、增加可溶表达、表达小量伴侣蛋白等。按照作用方式，启动子可以分为两类：组成型表达的启动子使宿主不停地表达重组蛋白，常用于工业生产，如σS等；诱导型表达的启动子使宿主仅在受到诱导（诱导剂、温度等）时表达目的蛋白，诱导型启动子使重组蛋白的表达容易控制，同时降低了外源蛋白对细菌生长的影响。图1：大肠杆菌表达质粒pET-22b(+)图谱及多克隆位点早期大肠杆菌表达体系中，常见的启动子是lac和lacUV5。lac是一个弱启动子，很难使外源基因得到高表达。目前使用的含有需要小量共表达的蛋白(如分子伴侣，蛋白抑制剂等)的载体，有很多都采用了经典的lac启动子。强启动子中，tac和trc是lac启动子的变体，其重组蛋白产率能够达到细胞总蛋白量的15-30%。araBAD启动子的诱导剂是便宜无毒的L-阿拉伯糖，本底表达量低，启动能力比tac稍弱。T7则是目前原核表达系统中最高效的启动子，pET表达系统即是以它为中心构建的。T7启动子来源于λ噬菌体，专一与T7启动子结合的T7RNA聚合酶则被整合在宿主菌的基因组中。在λ噬菌体溶源的表达宿主菌，如BL21（DE3）中，lacI抑制T7RNA聚合酶的表达，IPTG的加入可以解除这种抑制。当受到诱导时，T7RNA聚合酶开始表达并结合在T7启动子上，启动重组蛋白的表达。T7RNA聚合酶活性很高，转录速度比大肠杆菌RNA聚合酶快5倍，使其下游的重组蛋白得到高效表达，其产率可以达到细菌总蛋白量的50%以上。T7lac启动子则在T7启动子下游加入了一个lac操纵子，其中带有一个常规启动子和lac阻遏蛋白的编码序列。lac阻遏蛋白可以抑制宿主合成T7RNA聚合酶，并阻断T7RNA聚合酶导致的目的基因转录，从而降低重组蛋白的本底表达水平。PL、cspA启动子使宿主菌能够进行温度依赖型的表达。在温度敏感型突变体菌株中，PL等启动子使得宿主在30℃时抑制重组蛋白表达，而在42℃时诱导重组蛋白表达；cspA启动子则被高温（37℃）抑制，低温（10℃）启动。温度诱导型的启动子避免了诱导剂的引入，降低了使用成本，同时也降低了诱导剂对细胞的伤害。终止子：转录终止子按照是否依赖和不依赖ρ因子的作用分为两类，这两类终止子均在终止点前含有一段7-20bp的回文序列。终止子可以保护mRNA在核外不被降解，显着延长mRNA的寿命，由此提高重组蛋白的表达量。但是对于T7系统来说，由于T7RNA聚合酶效率极高，宿主中随时都有充足的mRNA以供翻译，因此大部分在T7系统中表达的重组蛋白并不在意质粒上是否有终止子，只有一些自身带有翻译起始信号的外源基因需要终止子。启动子受细胞类型的限制，在不同的细胞系中有很大不同，因此需根据宿主细胞（尤其是真核宿主）的类型选择不同的启动子以便于目的基因的高效表达。融合标签：融合标签是与目的蛋白共表达的一段多肽，方便重组蛋白的纯化、固定和检测，表3给出了常用的重组标签。如果不需要对重组蛋白进行纯化，尽量不要引入融合标签，以免影响蛋白性质；如果重组蛋白本身能够结合某种亲和柱，如某些金属结合蛋白可以结合Ni-NTA，某些糖结合蛋白能够特异识别糖类，也不必引入标签。融合标签的引入能够大大简化重组蛋白的纯化流程，并提高蛋白溶解度。商业化表达质粒，如pET、pGEX等提供了各种纯化标签和融合蛋白供选，应根据蛋白具体情况进行选择。His-tag是最常用的纯化标签，它具有很多优点：标签较短（10-20个氨基酸残基），不带电（），免疫原性差，通常不影响重组蛋白的结构和功能，Ni2+亲和力高，能够通过一步纯化达到60%-90%的纯度。如果蛋白质溶解度不高，导致折叠困难、表达量低，可以选择较大的融合标签（GST、MBP、Trx等）帮助重组蛋白表达和折叠，提高重组蛋白溶解度，从而提高表达量。较大的融合标签有时也会导致翻译困难甚至提前中止，纯化后发现大部分都是标签蛋白也是常见现象。翻译的提前中止会大大影响重组蛋白产率和后续纯化，所以在短标签能够达到目的的时候，尽量不要选择大的融合标签。标签位置的选择也很重要：N端标签（短的或长的）自身带有启动子和适应宿主偏好的密码子，可以帮助目的蛋白表达，提高表达量，但是提前中止翻译的蛋白片段也会被一并纯化出来，降低重组蛋白纯度，对蛋白酶敏感的、自身容易降解的以及一级序列中有集中的疏水残基区的蛋白尤其要避免使用N端标签；C端标签则可以保证只有完整蛋白得到纯化。另外，如果蛋白的近N端或近C端有重要功能区，如酶活中心、配体结合位点、二硫键、多聚体稳定界面、相互作用界面等，则要避免纯化标签位于该末端，以免影响重组蛋白的结构和功能。如果融合标签对蛋白性质有较大影响，但又是纯化所必须的，就可以考虑在纯化过程中去除标签。主要有三种方法：化学裂解，如溴化氰（CNBr）、羟胺（NH2OH）等，能够简单有效地去除标签，但反应条件苛刻（羟胺需要在下反应），特异性较差，而且会引入不必要的修饰，除包含体蛋白的处理外已经很少使用了；酶解，如PPase等，其底物一般是一段比较长的肽链，特异性强，是目前比较常用的方法，缺点是酶切反应需要较长的时间，也增加了蛋白纯化的步骤，使纯化变得繁琐；IMPACT质粒，该质粒在纯化标签和目的蛋白之间插入了一个蛋白质内含子（intein），intein具有可诱导的自切割活性，使用IMPACT质粒表达的重组蛋白，只需要改变缓冲液的pH和温度，即可切掉融合标签。标签N/C端或内部（I）大小（氨基酸残基）鉴定/纯化原理T7-TagN，I11单克隆抗体S-TagN，I15S-蛋白亲和His-TagN，C，I6金属螯合层析HSV-TagC11单克隆抗体pelBlampTN20细胞周质定位KSIN125疏水区Trx-TagN109提高细胞质可溶性，单克隆抗体PKAsiteI5蛋白激酶A识别位点CBDclos-TagN156纤维素结合CBDcenA-TagN114纤维素