Start_your_IGEM

目录目录.....................................................................................................................................11.为什么我要开始一支IGEM队伍.....................................................................................31.1IGEM简介.........................................................................................................................31.3IGEM比赛流程................................................................................................................41.4IGEM比赛获奖要求.......................................................................................................51.5IGEM能给你什么?..........................................................................................................61.6比赛要求.........................................................................................................................72.我很想开启一支IGEM队伍，需要做什么准备工作...................................................102.1知识储备——分子生物学...........................................................................................10基因操作..............................................................................................102.2选定题目........................................................................................................................112.3资金准备........................................................................................................................112.4队员准备——如何组件一支有效率的队伍...............................................................123.专访天津大学2012年IGEM金奖队员——张金来.....................................................134.优秀队伍项目展示...........................................................................................................164.12011年伦敦帝国理工学院启发和设想.......................................................................164.2华盛顿大学免疫学项目...............................................................................................214.3格罗宁根大学................................................................................................................274.4.剑桥大学的生物荧光E.coli..........................................................................................401.为什么我要开始一支IGEM队伍1.1IGEM简介iGEM全称为国际遗传机器大赛（InternationalGeneticallyEngineeredMachine），是一项主要面向本科学生（在2011和2012年，iGEM又分别增加了高中组和企业组的比赛），代表合成生物学领域最高水平的赛事，大赛每年一届，由iGEM基金会举办。iGEM的前身是麻省理工学院在2003年一月开始的一门为期一个月的课程，参加课程的学生被要求设计生物系统是细胞闪光。2004年，这门设计课程演变成为夏季校内的一项比赛，有五支来自校内的队伍参赛。2005年，这项比赛成为国际赛事，有13支队伍参赛。2006有32支团队，2007年54支，2008年84支，在2011年有165支队伍参赛，并首次出现地区大赛。同年，iGEM基金会从麻省理工学院分离，成为独立组织，并创办第一届高中组比赛。2012年，企业组比赛出现，同时190支大学团队和40支高中团队参加了当年的iGEM大赛。iGEM大赛致力于促进和提高合成生物学的标准化，其要求各支参赛队伍——往往代表自己的学校——在暑假期间利用partregistry数据库中现有的，或自己重新设计的标准化生物学模块组装表达载体，构建生物系统，并在活细胞内实现可控的表达和操纵。各团队还需对自己设计的生物系统或模块的各个性质进行测定，并注册在partregistry数据库中，成为新的标准模块。在项目完成后，各队将会参加被称作jamboree的聚会，展示各自的成果，并进行交流。iGEM大赛具有很高的自由度，大赛对于各团队所进行的生物系统工程内容没有做限定，不过各队所构建的人工生物系统通常可以被归入以下几个大类：新的应用；食物/能源；基础性的进步；健康/医学；环境；制造；信息处理；软件工具。除了工程项目之外，iGEM大赛还要求各支团队的项目中包含Humanpractice和Safety两块内容，目的是在项目中体现人文关怀，讨论合成生物学对于社会和公众的影响，普及和宣传合成生物学知识，并客观的讨论其潜在的安全威胁。1.3IGEM比赛流程iGEM大赛日程如下，各支团队通常会在每年五月完成注册，并收到一个份包含所有注册在partregistry上的标准生物模块库，以此开始运作自己的项目。各队需要利用暑假在自己的学校或实验室中实现自己的设计，并在十月的地区大赛（Regionaljamboree）到来之前完成实验和网站（作为项目成果的展示）的制作。地区大赛分为欧洲、亚洲、拉丁美洲、美国东部、美国西部五个赛区，各支队伍将在自己所属的赛区参加比赛（亚洲赛区比赛地点位于香港），评出基本奖项并决定个大洲晋级决赛的团队名单。决赛（Worldjamboree）会于十月或十一月在马萨诸塞州剑桥举行，决定iGEM最终大奖和其它各奖项的归属。1.4IGEM比赛获奖要求IGEM的大奖跟一般的竞赛有所不同，分为金奖银奖和铜奖。这里就为大家解释下IGEM比赛的具体奖项设置：铜奖铜奖是IGEM比赛的末等奖，这里是给出的要求的最基本的要求，如果你认真投入，也是最容易满足的要求。我们需要满足一下几个环节铜牌：需要满足下面五个要求：1.注册队伍；2.完成“判断表格”；3.队伍wiki；4.在iGEM比赛中展示海报，描述项目。5.在项目中，至少用到一个新的BioBrickPart或者Device，并将其提交到iGEM注册中心(提交方式依据注册指南)。对一个已经在注册中心存在了的BioBrick有新的应用和优秀的文档(显示Part或者Device功能的定量数据)也很重要。你必须向iGEM注册中心提交这个新的part。银牌：在铜牌要求的基础上，还需满足四个要求：1.实验验证至少一个由你自己设计并构建的新的BioBrickPart或者Device。2.在主页上Part’s/Device’sRegistry入口处，用文档描述part的特性。3.向iGEM注册中心提交这个新的part(提交方式依据注册指南)。4.你的项目可能对环境、安全、道德、所有权、分享等方面都有影响。在你的项目里描述一个或多个方法证明这些或其他更广泛的影响方面被考虑并且执行了。金牌：在铜牌及银牌要求的基础上，同时满足下面任意一个或多个要求：1.改善现有的BioBrickPart或Device(由另一个队伍创建或你在之前的比赛中创建过的)的功能，输入这个信息在注册表中(在主页上Part’s/Device’sRegistry入口处)，创建一个新的注册页面，并提交改进的part，并将其提交到iGEM注册中心(提交方式依据注册指南)。注册表的增长取决于一个有广泛的基础可靠的零件。这就是为什么改善现有的part与创造一个新的part是一样重要的。一个“改进”可以是改善任何关于part的功能和易用性，使其能更好地被别人应用。例如:通过DNA序列变异加强一个part的表达；在构建中修改一个或几个part，以便它执行其预定的工作更好；改善一个克隆和表达载体,可以方便地让更多人用的。强烈推荐有改进前后的对比实验数据。2.帮助任何注册iGEM的团队。例如，构建一个part，调试一个构造，或者为他们的系统建模和模拟。3.你的项目可能对环境、安全、道德、所有权、分享等方面都有影响。描述一个新颖的方法，你的团队已经用来帮助你和其他人考虑这些方面的设计和对合成生物学有所帮助。请证明其新颖性和这种方法供他人使用的方式。1.5IGEM能给你什么?这里不是专业的学术实验室，我们完成的不是毕业论文，我们要做的就是充分的释放自己对科学的热情。我们需要的是一切有可能的想法，需要的是无拘无束的创意。如果你对微生物感兴趣，那还等什么呢！随着合成生物学的快速发展，越来越多的大学生希望能够对这方面的知识有所了解。我们都知道数理化都有相应的竞赛，那属于生命科学人的竞赛大体就是IGEM吧。大学里，有些人没拿奖却学会了如何组建团队、如何团结队友、如何提高凝聚力；有些人拿了奖也无非只是多了一张证书，多了一些荣誉，多一个保研的机会，让他上台去讲去传承他讲不出什么实际的东西。真正有用的东西是那些真是的积累，是你苦思冥想的创新精神、是你寒暑不辍的意志培养，是你代代传承的人脉积累，是你们永不放弃的患难与共！要想做好学科竞赛，先要了解充分，如网上历届优秀作品，你们获奖的师姐师兄。接下来是要有识人之智和聚人之能组建好的团队。创新上要有大量的头脑风暴和文献积累，以及专业人士的指导。过程中要能够不断激发大家的斗志和勇气，坚持下去。最后的结果很重要，但不是最重要的，过程是你一生最宝贵的财富！这不就是IGEM该你带来的么？1.6比赛要求生物模块是指一段具有特定功能的DNA序列，例如启动子；编码蛋白的序列。一个基本的生物模块通常是不可再进行分割的。基本生物模块可以被用来组装成更复杂的模块，并在活细胞中表达和操纵。IGEM比赛就是以生物模块的构建为依托，鼓励更多的大学生点燃对工程菌构建的兴趣。iGE