代谢组学样品指引

代谢组学-样品指南鹿明生物技术部代谢组样品准备指南样品类型非靶向最低送样量靶向最低送样量样本收集参考步骤动物组织200mg200mg1.如果组织上有血，先用用生理盐水漂洗掉；2.根据具体实验设计取特定的部位，200mg/管装入标记好的离心管中；3.迅速放入液氮中冷冻处理至少15min；4.-80℃冰箱冻存。足量干冰寄送。注意：对于类似斑马鱼大脑组织、小鼠海马组织等单个实验动物组织重量远低于100mg的情况，可混样。粪便或肠道内容物200mg200mg1.收集到新鲜粪便或肠道内容物样本；2.添加一滴（约10uL）质量体积比为1/100（w/v）的叠氮化钠，分装样本200mg/管；3.迅速放入液氮中冷冻处理至少15min；4.-80℃冰箱冻存。足量干冰寄送。注意：1.叠氮化钠的作用是防腐杀菌，有毒，请万分小心；2.由于粪便/肠道内容物中有非常多的微生物，微生物代谢速度非常快，所以反复冻融会对代谢水平有非常大影响。强烈建议样本收集后，分装冻存。尿液1ml1ml1.晨起中段尿（临床）或晨间1h尿（动物）直接分装到离心管中，每管1mL；2.添加质量体积为1/100（w/v）的叠氮化钠，3.-80℃冰箱冻存，足量干冰寄送。注意：1.动物1h尿量不够，可分多次收集，如果需要收取24h尿液，请使用带有低温装置的代谢笼收取，并添加叠氮化钠；2.叠氮化钠的作用是防腐杀菌，有毒，请万分小心。微生物10^810^81.准备淬灭试剂：配制60%甲醇水（v/v，需要2mL/管，可根据样本数量来计算所需总量），-40℃预冷备用2.淬灭：取2mL预冷的甲醇水置于5mL离心管中（建议干冰上操作），取出2mL菌液迅速加入到淬灭试剂中，手摇动混匀5s（不要用涡旋）；3.将淬灭好的菌液进行离心，3000rpm，10min，4℃；4.去除上清；5.足量干冰寄送（如需长期保存请冻存到-80℃冰箱内）。注意：1.微生物代谢速度非常快，所以所有的步骤需要尽快完成；2.菌体数量不同样本间需要保持一致；3.一般OD600≈0.6时，细菌处于生长指数，其浓度为10^8cells/mL。此标准为经验值，需根据自己实验室具体情况进行调整。植物根200mg1-2g1.取整株植物的根部，迅速用1×PBS漂洗掉根上的泥土；2.根据具体实验设计取植株根特定的部位，200mg/管装入离心管中；3.标号后迅速放入液氮中冷冻处理至少15min；4.-80℃冰箱冻存。足量干冰寄送。注意：1.PBS漂洗时间要尽快；2.由于大部分根部组织比较脆弱，被挤压后会变成浆糊状，所以推荐保存至离心管中，而不是锡箔纸包裹。微生物培养液1ml1ml方法一：培养好的菌液混匀后，取10mL菌液，用0.2μm孔径的过滤膜进行快速抽滤，去除菌体。将滤液按1mL/管进行分装，冻存到‐80℃冰箱内，足量干冰寄送。方法二：培养好的菌液混匀后，取2mL菌液，3000rpm，4℃离心10min，取上清，冻存到‐80℃冰箱内，足量干冰寄送。果实、种子200mg1-2g1.对于含多汁、块头较大的果实（番茄、西瓜、苹果等）需要先用锋利的刀分割成“均匀”合适的小块（≈200mg/管）分装至2mL离心管中，标号后迅速放入液氮中冷冻处理至少15min。2.对于细小的颗粒种子（拟南芥种子、谷物种子等），可以先将同一组的植株种子混匀后再分装（≈200mg/管）至1.5mL离心管中。标号后迅速放入液氮中冷冻处理至少15min。3.对于要求对整个果实进行提取的（整粒葡萄等），需要把果实装在50mL离心管中/自封袋中，标号后（同时放入自封袋中标签纸，注明样本信息）迅速放入液氮中冷冻处理至少15min。注意：1.对多汁的果实进行取样很难保持均一性（如番茄、皮、果肉、果瓤、籽的占比），强烈建议将整个果实进行研磨、冻干，对粉末进行称重分装。2.不推荐用锡箔纸包裹。贴壁细胞10^710^71.快速倒掉培养基，倒入PBS（若用移液枪加，则靠着培养皿壁加入，以免将细胞冲起），清洗一次，倒掉PBS。2.用移液器吸尽残余的PBS，将培养皿底部（外壁）接触液氮，淬灭细胞，3.加入500微升甲醇-水（4：1，V/V），用细胞刮刀将细胞刮下，用移液枪转移至1.5mL的离心管中，4.再向培养皿中加入500微升甲醇-水（4：1，V/V），将剩余的细胞尽量全部转移至1.5mL的离心管中，-80度冻存。悬浮细胞1.连同培养基转移到进口的15毫升的离心管中，低速离心，使细胞沉淀于离心管的底部（1*107个细胞为宜）。2.倒掉培养基（尽量倒干净）后（可以用PBS快速清洗一次，再次离心，倒掉PBS（尽量倒干净））。3.将离心管的尖端插入液氮中，淬灭细胞，然后-80度冻存，干冰邮寄，每个样品最好准备两管。（注意，可以先拿空离心管的尖端插入液氮中试试离心管的质量，如果不破则没问题，如果插入液氮中就破了，那么就省掉淬灭这一步，倒掉PBS后，直接-80度冻存，操作尽量迅速，培养基尽量倒干净，如有滤纸，那么用滤纸条将底部残留的培养基吸尽是最好。）血清200ul200ul1.用离心管收集血液，37℃（或室温）静置1h进行凝固分层；2.3000rpm室温离心10min，取上清转至干净的离心管中；3.12000rpm4℃离心10min，取上清分装到1.5mL离心管中，每管0.2mL；4.-80℃冰箱冻存。足量干冰寄送。注意：1.取血时如用酒精消毒，请擦干擦拭部位，待酒精完全挥发后再取样。2.取血时如用麻醉剂，建议用异氟醚，防止在NMR血清谱图中出现干扰峰。3.血清参考产率：30%~50%（例如：1mL全血大约能得0.3~0.5mL血清）。4.采全血时如使用真空采血管，请务必使用无预加抗凝剂的凝血管。5.强烈推荐尽量多的收集样本并分装冻存（这样可以用于多个实验，且避免反复冻融）血浆200ul200ul1.用肝素钠抗凝管采集全血，并尽快进行血浆分离；2.3000rpm室温离心10min，取上层，0.2mL/管分装至1.5mL离心管中；3.-80℃冰箱冻存。足量干冰寄送。注意：1.对于抗凝管的选择：推荐使用肝素钠抗凝管（因为柠檬酸是TCA循环中的重要物质，使用柠檬酸钠抗凝剂会引入外源污染。而EDTA会影响NMR采谱。但肝素钠会对RNA相关实验有负面作用，主要是因为会抑制反转录酶活性。请根据自身具体情况选用合适的抗凝管）。2.最后分装保存推荐使用1.5mL离心管，因为螺口冻存管管帽内有一个橡胶垫圈，目的是为了密封。但是长期在-80℃/干冰低温下，橡胶圈会变硬脆，易脱落，导致密封不严，样本泄露。3.血浆参考产率：≈50%（例如：1mL全血大约能得0.5mL血浆）。叶片、茎、花200mg1-2g1.取整片叶片/一段茎/一朵花，用锡箔纸包裹并标记后，迅速放入液氮中冷冻处理至少15min。2.取出后迅速放入自封袋中（每组一袋），在自封袋中放入标签纸注明样本信息。3.迅速放入-80℃冰箱冻存。足量干冰寄送。注意：1.采集叶片样本时，最好在中午光照好的时间收集。2.要根据实验设计，采集样本时保持样本一致性，尤其是同一组样本（颜色、衰老程度、叶脉占比、光照、位置等）。3.由于锡箔纸上marker笔标记容易模糊，所以需要在自封袋中放入标签纸注明。送样说明1.在允许的条件下，可以多准备一份样品备用。2.收集样品时做好分装标记，并尽快放在液氮中冻存或转移至-80度冰箱长期保存，避免反复冻融。远距离寄样时建议用顺丰运输。3.生物学重复的样品一定要标记清楚，建议可以用：-1、-2、-3的方式来标记。4.如果样品成分含有毒性或腐蚀性物质，必须事先声明，并在样品登记表和样品标签上注明。5.如果样品为病原性微生物或者具有侵染性的病变组织必须严格灭活后再送样并在样品登记表和样品标签上注明。销售在接该类项目之前一定要和技术确认后方可接单。6.客户需要采用特殊方法处理样品时，请在送样登记表中备注说明，并尽量提供方法或者文献。7.除以上所列样品之外的其它或特殊样品样品的准备要求量可视具体情况进行沟通后确认。8.植物激素的项目，要求植物组织的样品量大于1g9.所有样品分组的编号，务必用英文字母+数字（CK-1、Control等），避免使用中文名（如：对照组、处理组、加药组等），此项是为方便后续写SCI文章。