生物信息学数据库NCBI的检索与利用

生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库的分类NCBI概况NCBI的检索和利用(GenBank/PubMed/MyNCBI/Blast)摘要生物信息学数据库NCBI的检索与利用核酸序列数据库蛋白质序列数据库蛋白质结构数据库基因组数据库生物信息学数据库的分类生物信息学数据库NCBI的检索与利用欧洲分子生物学实验室的EMBL美国生物技术信息中心的GenBank日本国立遗传研究所的DDBJ核酸序列数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用国际上最权威的核酸序列数据库国际核酸序列数据库合作组织数据每天交换Accessionnumber、序列数据和注解相同生物信息学数据库NCBI的检索与利用SWISS-PROT蛋白质序列数据库PIR蛋白质序列信息资源库PROSITENCBI蛋白质数据库蛋白质序列数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用蛋白质序列数据库EuropeanBioinformaticsInstituteSwissInstituteofBioinformaticsProteinInformationResourceTheUniversalProteinResource生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用PDB蛋白质数据仓库（ProteinDataBank）SCOP蛋白质结构分类数据库（Structuralclassificationofproteins）蛋白质结构数据库生物信息学数据库NCBI的检索与利用蛋白质数据库ExpertProteinAnalysisSystem生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用基因组学数据库主要内容：基因组结构、基因单位、基因组图谱等（遗传图、叠连群图、放射杂交图等）分布：由各国基因组研究中心组建，分布在世界各地的信息中心、研究机构。代表性的基因组学数据库有：人类基因组数据库GDB中国水稻基因组数据库=cn.csdb.ricegeneNCBI基因组数据库Genome的检索与利用截至2009-10-10共收录了5865个物种的基因组信息，其中病毒类2276个，真核生物2117个，细菌1310个，古生菌84个，类病毒40个，质粒38个共收录基因组信息11080条真核生物EntrezMapView生物信息学数据库NCBI的检索与利用概述Entrez检索平台GenBankPubmed(PubMed/MeSH/GoPubMed)MyNCBIBlastNCBI生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用NationalCenterforBiotechnologyInformationNCBI是美国国立卫生研究院（NIH）的美国国立医学图书馆（NLM）的一个分支。1988年国立生物技术信息中心（NCBI）成立。WhatdoesNCBIdo?conductsresearchincomputationalbiology,developssoftwaretoolsforanalyzinggenomedata,anddisseminatesbiomedicalinformation-allforthebetterunderstandingofmolecularprocessesaffectinghumanhealthanddisease.生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用NCBI-Entrez检索平台①词间默认逻辑关系为AND②短语检索加引号“”;③使用的逻辑运算符有AND、OR和NOT;④支持截词检索,截词符用*表示生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用序列存取号基因定义数据库标识符（GI）GenBank信息来源：gb_GenBankemb_EMBLdbj_DDBJsp_SWISS-PROTpdb_ProteinDatabasepir_PIRprf_PRFref_RefSeq生物信息学数据库NCBI的检索与利用物种来源特性专业评论座位号PLN子库:plant,fungal,algal生物信息学数据库NCBI的检索与利用蛋白质序列碱基序列序列开始标志序列终止标志生物信息学数据库NCBI的检索与利用字段含义解释LOCUSIdentifier序列名称、性质描述ACCESSIONAccessionnumber序列接受号DEFINITIONDescription序列定义KEYWORDSKeywords关键词SOURCEOrganism(species)来源种属ORGANISMOrganism(classification)来源分类REFERENCEReferencenumber参文条目AUTHORSReferenceauthors参文作者TITLEReferencetitle参文题目JOURNALReferencelocation参文出处COMMENTSDatabasecross-reference交叉索引MEDLINEMedlinenumberMEDLINE号FEATURESFeaturetableheaderdata序列性质表头数据BASECOUNT碱基数目ORIGIN序列开始标志//Terminationline序列终止标志GenBank的主要字段及其含义生物信息学数据库NCBI的检索与利用检索字段限制分子类型选择基因位置限定序列片段限定数据更新日期限定检索框/功能键信息来源生物信息学数据库NCBI的检索与利用提供用户预览检索结果和索引检索、修改检索式的方便生物信息学数据库NCBI的检索与利用PubMed生物信息学数据库NCBI的检索与利用允许用户根据不同的数据库，进行特殊字段的检索生物信息学数据库NCBI的检索与利用提供用户预览检索结果和索引检索、修改检索式的方便生物信息学数据库NCBI的检索与利用点击History可以浏览检索历史，并能进行组配检索生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用MeSH生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用PubMedgoPubMed检索助手NCBISearchToolbar生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用GoPubMed生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用MyNCBIWhatIsMyNCBI?GettingStartedSavingandManagingSearchesCollectionsMyBibliographyUsingPreferencesWorkingwithFiltersUsingMyNCBItoSetUpLinkOutOtherResourcesatMyNCBITutorialsMySavedData生物信息学数据库NCBI的检索与利用MyNCBI-WhatIsMyNCBI&GettingStartedAtoolthatretainsuserinformationandpreferencestoprovidecustomizedservices.Itallowsyoutosavesearches,selectfilteringoptions,andsetupautomaticsearchesthataresentbye-mail.SetupaMyNCBIaccount生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用MyNCBI—SavingandManagingSearchesSavingaSearchinMyNCBISettingUpAutomaticE-mailUpdatesRunningSavedSearchesandCheckingforNewResultsSortingSearchesDeletingaSearch生物信息学数据库NCBI的检索与利用SavingaSearchinMyNCBIValidate–要先确认邮箱Note:YourMyNCBIaccountwillnotsendemailtoanyemailaddressthathasnotbeenvalidated.Thismeansthatautomaticupdatesforsavedsearcheswillnotbeemailed.So,itisimportanttowatchforthisemailandrespondtoit.SettingUpAutomaticE-mailUpdates生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用RunningSavedSearchesandCheckingforNewResultsSortingSearchesDeletingaSearch生物信息学数据库NCBI的检索与利用MyNCBI—UsingPreferences生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用MyNCBI—WorkingwithFilters生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用BLASTAssembledGenomesBasicBLASTSpecializedBLASTBlast-BasicLocalAlignmentSearchTool生物信息学数据库NCBI的检索与利用Blast-BLASTAssembledGenomes生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用Bit分值：分值越高，比对越好E值：序列比对的统计学显著性指标。E值越低，则比对就更有可能具有显著性。生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用blastn-提交核酸序列tblastn-提交蛋白质序列blastp-提交蛋白质序列blastx-提交核酸序列tblastx-提交核酸序列Blast-BasicBLAST生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用生物信息学数据库NCBI的检索与利用Blast-Speci