整体方案-带您玩转肿瘤免疫治疗研究.compressed教学提纲

Theworldleaderinservingscience整体方案，带您玩转肿瘤免疫治疗研究肿瘤治疗进入了免疫治疗的时代传统疗法•手术切除(中早期首选)•化疗•放疗•针对---癌细胞•相对便宜•放、化疗副作用相对大靶向疗法•小分子靶向药（中晚期、有药敏位点的病人）•单抗•针对---癌细胞•价格贵•出现耐药免疫疗法•调动机体的免疫系统，增强肿瘤免疫力•针对---免疫系统（免疫细胞）•超贵！•疗效长，有效比例低联合治疗•未来新方向•多种联合手段；如多种免疫治疗联用；免疫治疗+靶向治疗等ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.2肿瘤免疫治疗方法一览治疗性疫苗2,3强化免疫细胞功能1细胞输注2,3抗肿瘤单克隆抗体2,3利妥昔单抗曲妥珠单抗西妥昔单抗过继性细胞输注3（如CAR-T、TCR-T疗法）调节T细胞功能2,3细胞因子1TG40104Belagenpumatucel-L5Racotumomab6DRibbles7免疫检查点治疗CTLA-4抑制剂2PD-1抑制剂2PD-L1抑制剂2被动(获得性)1,2靶向肿瘤，基于免疫机制抗击肿瘤主动1直接作用于患者自身的免疫系统免疫治疗抗原依赖2非抗原依赖2CSCO2017ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.4肿瘤免疫治疗难点？？？哪些患者适用于免疫治疗？有哪些Biomarker适用于免疫治疗人群筛选？是否有单一Biomarker进行评估？如何对免疫治疗预后进行监测？……ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.5肿瘤免疫治疗获益肿瘤免疫原性肿瘤微环境免疫组库肿瘤免疫治疗标记物的研究思路•MMR/MSI•肿瘤突变负荷•PD-L1表达•肿瘤微环境表达谱•T细胞浸润（TIL）•T细胞组库1.肿瘤免疫原性•微卫星不稳定性•肿瘤突变负荷2.肿瘤微环境•PD-L1表达•肿瘤微环境表达谱肿瘤免疫环境复杂，如何评估/预测免疫治疗疗效？——肿瘤免疫的标记物研究3.免疫组库•免疫淋巴细胞浸润TIL•T细胞组库（TCR测序）ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.6微卫星不稳定性（MSI/MMR）—肿瘤免疫治疗的“广谱”标记物FDA批准第一个“广谱抗癌药”Keytruda所有dMMR/MSI-H实体瘤•结直肠癌•子宫内膜癌•胃癌•…MSI检测方法：PCR+毛细管电泳微卫星不稳定性常规检测方法MMR：IHC（MLH1/MSH2/MSH6/PMS2）ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.7微卫星稳定性并非肿瘤免疫治疗的万能biomarker肿瘤突变负荷（TMB/TML）可能是更好的肿瘤免疫标记物？•MSI-H患者普遍(83%)具有高肿瘤突变负荷•并非所有肿瘤都是dMMR/MSI-H，如该类型肺癌的比例很低子宫内膜癌、胃癌、结肠癌、直肠癌ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.8肿瘤突变负荷TMB/TML——肿瘤免疫治疗焦点•肿瘤突变负荷(TMB/TML)肿瘤每Mb基因组序列中的体细胞非同义突变累积数量；TMB越高，新抗原产生越多，肿瘤免疫原性强，T细胞反应和抗肿瘤反应越强，越适合I-O治疗ESMO2017,POPLAR&OAK.BettersurvivalCheckmate227——•首次证实无论PD-L1表达水平如何，I-O/I-O一线联合治疗能够为TMB高表达的NSCLC患者带来PFS显著获益的III期临床研究；•使用组织TMB检测；组织TMB与临床获益有关组织TMB与血液TMB一致性不高ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.9赛默飞提供可靠、快捷、节省样本的肿瘤突变负荷TML方案OncomineTumorMutationLoad解决方案•优化设计，为组织TMB检测提供更可靠数据——1.7MB，409基因；•肿瘤ONLY，无需癌旁，节省样本&精力——20ngFFPEDNA，强大的数据分析流程定位体细胞突变；•更全面的数据报告——提供突变负荷，突变位点报告，FFPE样本质量和癌症突变诱因等多方位信息；•兼容全自动化或手动流程，节省人工——样本到数据仅需45分钟手动操作时间；ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.10赛默飞TML方案数据分析流程一览赛默飞IonReporterTML胚系突变过滤链：•只关注SNV•基于1000基因组数据的过滤*（dbSNP数据库）•基于5000外显子组的过滤*•基于ExAc的过滤*•去除来源于大于7bphomopolymer序列的突变*只关注未注释突变或MAF(MinorAlleleFrequency)≤10-6IonReporter使用的PopulationDatabase——dbSNP(1000Genomes)EVS(5000Exomes)ExomeAggregationConsortium11赛默飞提供可靠、全面的肿瘤突变负荷TML报告每Mb基因组的突变负荷ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.12分析参数样本信息QC指标体细胞&体细胞+胚系突变情况突变模式分析突变诱因分析(吸烟、UV、FFPE质量等)赛默飞肿瘤突变负荷方案客户应用示例（IPATIMUP）“我们曾在一个结肠癌回顾性队列研究中使用了OncomineTumorMutationLoadAssay。结果显示，该试剂盒能将高突变负荷和低突变负荷的样本有效分离，其结果与肿瘤微卫星不稳定性具有很好的相关性。该试剂盒利用其简单的信息学，能够产生快速稳定的结果。结合其他的Oncomine试剂盒，我们确实拥有了全面的肿瘤样本检测方案。”——JoséCarlosMachado教授，博士IPATIMUP董事会成员兼集团协调人ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.13赛默飞TML方案与全外检测一致性高，助力临床获益的预测研究409genescovering1.7Mbforexcellentcorrelationwithexomewidedata•COSMICv80•21,056exomesPan-cancerr2=0.986赛默飞TML方案与全外检测一致性高ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.14数据分析发现，赛默飞方案可以对免疫治疗获益人群有效分类肿瘤免疫治疗获益肿瘤免疫原性免疫组库肿瘤免疫治疗标记物的研究思路•MMR/MSI•肿瘤突变负荷肿瘤微环境•PD-L1表达•肿瘤微环境表达谱•T细胞浸润（TIL）•T细胞组库1.肿瘤免疫原性•微卫星不稳定性•肿瘤突变负荷2.肿瘤微环境•PD-L1表达•肿瘤微环境表达谱ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.15肿瘤免疫环境复杂，如何评估/预测免疫治疗疗效？——肿瘤免疫的标记物研究3.免疫组库•免疫淋巴细胞浸润TIL•T细胞组库（TCR测序）PD-L1表达不足以准确判断免疫治疗的获益人群PD-L1表达越高，临床获益越明显但表达1%仍有获益人群NSCLCPD-L1（单靶点）效果不好肿瘤微环境的可量化检测免疫组化（IHC）方法不准ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.16肿瘤微环境中的基因表达谱助力肿瘤免疫的疗效与机理研究肿瘤微环境(tumormicro-environment，TME)肿瘤细胞生活的特殊环境，由肿瘤间质、邻近的各种组织细胞、微血管、多种免疫细胞和免疫分子组成。•Nivolumab获益病人治疗前的TME表达谱明显不同•病人治疗前后的TME表达谱变化PreResponseOnCell171,934–949,November2,2017BritishJournalofCancer(2017)117,1–7|doi:10.1038/bjc.2017.136赛默飞肿瘤免疫微环境表达谱方案——OncomineImmuneResponseResearchAssay(OIRRA)多靶点代替单靶点，分子检测代替传统IHC；助力肿瘤免疫治疗的疗效与机理研究ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.17赛默飞肿瘤微环境表达谱方案（OIRRA）检测内容一览OIRRA选定的基因和通路ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.18肿瘤微环境方案OIRRA数据可靠、可高灵敏度检测低表达基因13例卵巢癌样品（OncomineImmune-Chef/Proton;TaqmanqPCR）•OIRRA可高灵敏度地检测低表达基因，有助于研究肿瘤微环境中重要而表达量较低的通路•OIRRA的基因表达检测结果与qPCR，IHC一致，数据可靠13例卵巢癌样品（OncomineImmune-Chef/Proton;TaqmanqPCR）ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.19赛默飞肿瘤微环境客户应用示例（RoswellParkCancerCenter+OmniSeq）ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.20赛默飞肿瘤微环境客户应用示例（RoswellParkCancerCenter+OmniSeq）获益预测打分•高获益：人数占比26%，91.3%准确率；•灰区：人数占比25%；•低获益：人数占比49%，93%准确率。•TrainingDataset：88位患者，包含黑色素瘤，肾癌，膀胱癌，头颈癌，非小细胞肺癌；•治疗方案：一种或多种FDA-approvedCPIs；•64基因免疫表达谱分型：PredictivevalueoftheImmuneScoreforresponsetoCheckPointInhibitors。ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.21肿瘤免疫治疗获益肿瘤免疫原性肿瘤微环境免疫组库肿瘤免疫治疗标记物的研究思路•MMR/MSI•肿瘤突变负荷•PD-L1表达•肿瘤微环境表达谱•T细胞浸润（TIL）•T细胞组库1.肿瘤免疫原性•微卫星不稳定性•肿瘤突变负荷2.肿瘤微环境•PD-L1表达•肿瘤微环境表达谱肿瘤免疫环境复杂，如何评估/预测免疫治疗疗效？——肿瘤免疫的标记物研究3.免疫组库•免疫淋巴细胞浸润TIL•T细胞组库（TCR测序）ForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.22T细胞组库（TCR测序）—肿瘤免疫治疗研究重要方向“使用T细胞受体（TCR）测序检测T细胞组库，发现Nivolumab肿瘤免疫治疗响应与T细胞组库变化相关”Cell171,934–949,November2,2017•T细胞组库研究的应用方向：•肿瘤免疫检查点治疗的机理研究、标记物开发、基于TCRβ的免疫治疗副作用研究•免疫细胞治疗、其它免疫相关疾病（病毒类疾病、自身免疫疾病）赛默飞免疫组库分型方案——IonAmpliSeq™ImmuneRepertoireAssayPlus,TCRbetaForResearchUseOnly.Notforuseindiagnosticprocedures.23样品制备文库制备模板制备、测序数据分析赛默飞